210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03994 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03994  ComF  100 
 
 		 237 aa  489  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4231  amidophosphoribosyltransferases-like  30.49 
 
 		 240 aa  112  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  30.96 
 
 		 246 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  28.57 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  29.17 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  30.08 
 
 		 244 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  27.39 
 
 		 243 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  27.92 
 
 		 246 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  34.71 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  27.7 
 
 		 279 aa  75.5  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3504  competence protein ComF  30.08 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  27.5 
 
 		 263 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  30.99 
 
 		 262 aa  75.1  0.0000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4625  competence protein ComF  27.12 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4198  competence protein ComF  27.64 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  27.08 
 
 		 263 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  29.34 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  26.69 
 
 		 268 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  26.67 
 
 		 263 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0218  competence protein,-like protein  26.89 
 
 		 273 aa  72.4  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0828937  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  29.88 
 
 		 268 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  32.16 
 
 		 253 aa  72  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  29.11 
 
 		 241 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  28.93 
 
 		 243 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  29.94 
 
 		 262 aa  72  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  25.1 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  27.65 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  29.74 
 
 		 264 aa  70.5  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  27.93 
 
 		 268 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  32.86 
 
 		 267 aa  69.7  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  27.7 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  29.96 
 
 		 244 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  31.87 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  27.73 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  30.19 
 
 		 272 aa  68.6  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  30 
 
 		 236 aa  68.2  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  27.68 
 
 		 204 aa  68.2  0.0000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  28.57 
 
 		 259 aa  67.8  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  32.34 
 
 		 246 aa  67.8  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  28.48 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  28.31 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0311  putative amidophosphoribosyltransferase  26.07 
 
 		 222 aa  66.2  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  28.27 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  28.89 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  28.89 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  26.45 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  29.81 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  28.48 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  26.58 
 
 		 247 aa  65.5  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0797  amidophosphoribosyltransferase-like protein  28.66 
 
 		 206 aa  65.1  0.0000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.582256  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  25.79 
 
 		 255 aa  65.1  0.0000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  25.57 
 
 		 255 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  26.84 
 
 		 230 aa  63.9  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  27.6 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3529  competence protein ComF  28.65 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3709  gluconate periplasmic binding protein  32.56 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.604176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  28.84 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0157  competence protein ComF  26.25 
 
 		 274 aa  63.2  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  30.14 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  29.24 
 
 		 252 aa  63.2  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  30.38 
 
 		 271 aa  62.8  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3818  gluconate periplasmic binding protein  31.98 
 
 		 227 aa  62.4  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2141  comFC protein  25.17 
 
 		 219 aa  62  0.000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  27.59 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  27.84 
 
 		 233 aa  62  0.000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  30.82 
 
 		 246 aa  62  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3784  gluconate periplasmic binding protein  31.35 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  29.44 
 
 		 286 aa  61.6  0.000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3880  gluconate periplasmic binding protein  31.98 
 
 		 227 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  28.93 
 
 		 254 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4754  phosphoribosyltransferase  35.65 
 
 		 276 aa  61.6  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000245098  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3712  gluconate periplasmic binding protein  31.98 
 
 		 227 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  26.61 
 
 		 247 aa  60.5  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  28.92 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  31.72 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3415  ComF family protein  29.25 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  28.92 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  27.75 
 
 		 266 aa  60.1  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  25.12 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0351  competence protein F  27.6 
 
 		 255 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0090  phosphoribosyltransferase  22.75 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  31.53 
 
 		 229 aa  58.9  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  29.5 
 
 		 269 aa  58.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  28.3 
 
 		 270 aa  58.5  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  31.03 
 
 		 230 aa  58.5  0.0000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  29.07 
 
 		 266 aa  58.2  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0359  putative competence protein F-related protein  33.53 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.332104 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  26.52 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  31.78 
 
 		 255 aa  57  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  24.04 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  28.08 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  25.11 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0548  amidophosphoribosyltransferase  21.66 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  30 
 
 		 242 aa  57  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0531  hypothetical protein  21.66 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  29.17 
 
 		 261 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3242  phosphoribosyltransferase  32.39 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.284089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  30.64 
 
 		 238 aa  55.1  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3495  amidophosphoribosyltransferase  27.4 
 
 		 236 aa  54.7  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2431  competence protein FC  20.29 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>