233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_6363 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
465 aa  930    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  70.15 
 
 
462 aa  652    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  68.25 
 
 
467 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  68.68 
 
 
467 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  68.1 
 
 
467 aa  592  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  62.09 
 
 
476 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  51.74 
 
 
464 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  50.98 
 
 
468 aa  407  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.55 
 
 
466 aa  386  1e-106  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.56 
 
 
456 aa  379  1e-104  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.22 
 
 
448 aa  348  2e-94  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.89 
 
 
455 aa  340  2.9999999999999998e-92  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  37.44 
 
 
453 aa  338  9.999999999999999e-92  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  41.7 
 
 
468 aa  325  1e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  43.87 
 
 
487 aa  317  4e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  40.6 
 
 
459 aa  313  3.9999999999999997e-84  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  41.12 
 
 
446 aa  308  1.0000000000000001e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  42.04 
 
 
467 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.11 
 
 
451 aa  298  1e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.24 
 
 
473 aa  298  2e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.47 
 
 
450 aa  288  1e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.84 
 
 
447 aa  288  2e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.9 
 
 
494 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  39.48 
 
 
461 aa  285  9e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  37.5 
 
 
462 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.64 
 
 
469 aa  281  1e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  37 
 
 
495 aa  272  1e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.67 
 
 
452 aa  260  3e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  34.23 
 
 
493 aa  250  4e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  37.61 
 
 
506 aa  244  3e-63  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  37.42 
 
 
477 aa  238  1e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  37.42 
 
 
477 aa  238  1e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  34.66 
 
 
511 aa  238  1e-61  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.18 
 
 
449 aa  233  7.000000000000001e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  38.87 
 
 
486 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  39.07 
 
 
486 aa  230  4e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  37.76 
 
 
493 aa  219  6e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  35.03 
 
 
496 aa  215  9.999999999999999e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  37.99 
 
 
490 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.26 
 
 
490 aa  203  4e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  34.27 
 
 
843 aa  196  6e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.75 
 
 
479 aa  89.7  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  25.66 
 
 
495 aa  79.7  0.00000000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.35 
 
 
474 aa  80.1  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.18 
 
 
478 aa  76.3  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.72 
 
 
479 aa  76.3  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.7 
 
 
471 aa  75.9  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.12 
 
 
477 aa  72.4  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.76 
 
 
471 aa  71.6  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.13 
 
 
486 aa  71.6  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.93 
 
 
475 aa  70.9  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  23.84 
 
 
471 aa  68.6  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.07 
 
 
483 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.13 
 
 
469 aa  68.6  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  23.35 
 
 
471 aa  68.2  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.47 
 
 
499 aa  67.8  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.23 
 
 
487 aa  67  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.24 
 
 
500 aa  67  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.6 
 
 
454 aa  67  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  26.29 
 
 
472 aa  66.2  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.65 
 
 
481 aa  66.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.15 
 
 
519 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.37 
 
 
486 aa  66.2  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.15 
 
 
519 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.5 
 
 
478 aa  66.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  21.25 
 
 
452 aa  65.5  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  28.64 
 
 
474 aa  64.3  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.12 
 
 
483 aa  62.8  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.16 
 
 
471 aa  62.4  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.13 
 
 
483 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.2 
 
 
474 aa  60.8  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.56 
 
 
442 aa  60.5  0.00000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0430  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.73 
 
 
541 aa  60.1  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.57 
 
 
476 aa  60.1  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.99 
 
 
480 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.33 
 
 
482 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2125  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.93 
 
 
479 aa  59.3  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.32 
 
 
476 aa  58.9  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.52 
 
 
505 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.87 
 
 
499 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.55 
 
 
480 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.64 
 
 
475 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.65 
 
 
476 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30 
 
 
477 aa  57.4  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.5 
 
 
497 aa  57.4  0.0000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0465  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.89 
 
 
541 aa  57.4  0.0000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.82 
 
 
475 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.08 
 
 
504 aa  57.4  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1302  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.41 
 
 
456 aa  57  0.0000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.674491  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.21 
 
 
473 aa  57  0.0000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.03 
 
 
487 aa  56.6  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.32 
 
 
475 aa  57  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.1 
 
 
493 aa  56.6  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.11 
 
 
471 aa  56.6  0.0000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.54 
 
 
486 aa  56.6  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.08 
 
 
483 aa  56.2  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5903  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.87 
 
 
436 aa  56.6  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.76 
 
 
499 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.91 
 
 
481 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.63 
 
 
476 aa  55.8  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>