More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4309 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  100 
 
 		 310 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  56.86 
 
 		 302 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  58.5 
 
 		 302 aa  328  8e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  55.44 
 
 		 303 aa  314  9.999999999999999e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  56.23 
 
 		 307 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  55.93 
 
 		 304 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  53.55 
 
 		 314 aa  299  4e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  53.69 
 
 		 305 aa  295  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  52.67 
 
 		 303 aa  287  1e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  49 
 
 		 299 aa  256  2e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  46.58 
 
 		 293 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  48.92 
 
 		 300 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  48.97 
 
 		 292 aa  242  7e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  48.71 
 
 		 275 aa  235  9e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  46.67 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  46.42 
 
 		 301 aa  231  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  42.68 
 
 		 326 aa  230  3e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  45.88 
 
 		 296 aa  229  7e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  42.77 
 
 		 314 aa  226  3e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  47.22 
 
 		 299 aa  225  6e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  44.41 
 
 		 313 aa  225  9e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  44.88 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  42.7 
 
 		 293 aa  215  5.9999999999999996e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  46.4 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  42.5 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.33 
 
 		 348 aa  215  9e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  44.76 
 
 		 294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  41.96 
 
 		 305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  42.81 
 
 		 362 aa  212  7.999999999999999e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  44.64 
 
 		 294 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  41.22 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  41.22 
 
 		 308 aa  208  8e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 303 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  44.41 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  42.5 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  44.15 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  38.95 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  39.51 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  44.81 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  42.76 
 
 		 317 aa  200  3e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 326 aa  199  3e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  38.21 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  40.29 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  40.51 
 
 		 285 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  39.43 
 
 		 312 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  44.23 
 
 		 287 aa  192  5e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  47.79 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  40.63 
 
 		 286 aa  192  7e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  43.27 
 
 		 287 aa  189  7e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  43.27 
 
 		 287 aa  189  7e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  35.25 
 
 		 312 aa  180  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  50.51 
 
 		 206 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  38.74 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40.23 
 
 		 254 aa  168  8e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  38.59 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  31.3 
 
 		 308 aa  119  9e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  29.17 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  29.17 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  28.72 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  33.61 
 
 		 318 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  33.19 
 
 		 323 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  35.38 
 
 		 323 aa  96.3  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  31.93 
 
 		 350 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0410  pseudouridine synthase  29.66 
 
 		 246 aa  93.2  5e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.503733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  32.79 
 
 		 284 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  32.79 
 
 		 284 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  32.02 
 
 		 284 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  26.67 
 
 		 338 aa  87  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  27.97 
 
 		 331 aa  86.3  6e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.05 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0988  pseudouridine synthase  23.01 
 
 		 270 aa  84.3  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  30.3 
 
 		 561 aa  84.3  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  33.04 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  32.89 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  33.04 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  33.04 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  29.67 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  30 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  25.09 
 
 		 328 aa  82.8  0.000000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  29.61 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02735  hypothetical protein  25.42 
 
 		 283 aa  82.4  0.000000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.469687  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  31.11 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  32.27 
 
 		 369 aa  82  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  30 
 
 		 211 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  33.78 
 
 		 270 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  28.97 
 
 		 560 aa  81.6  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  28.47 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  32.6 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  29.68 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  30.6 
 
 		 275 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  29.31 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  27.03 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  29.96 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33477  DRAP deaminase  28.1 
 
 		 585 aa  79.7  0.00000000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.261571 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>