169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_1078 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008527  LACR_1078  transcriptional regulator  100 
 
 		 132 aa  263  5.999999999999999e-70  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0312133  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  56.6 
 
 		 322 aa  123  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  49.18 
 
 		 304 aa  108  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.49 
 
 		 307 aa  97.1  6e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.64 
 
 		 299 aa  89  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  40.19 
 
 		 311 aa  81.6  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.14 
 
 		 298 aa  80.9  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  47.73 
 
 		 301 aa  80.1  0.000000000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.38 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.5 
 
 		 302 aa  78.2  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36 
 
 		 303 aa  77.4  0.00000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  38.1 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.64 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.83 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.48 
 
 		 323 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.7 
 
 		 328 aa  69.7  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  39.76 
 
 		 326 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.56 
 
 		 324 aa  67.4  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3341  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.28 
 
 		 177 aa  67  0.00000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000205485  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.66 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.77 
 
 		 318 aa  65.5  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  42.42 
 
 		 327 aa  65.1  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.75 
 
 		 322 aa  63.9  0.0000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.73 
 
 		 321 aa  62  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.73 
 
 		 324 aa  58.5  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1895  DeoR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 229 aa  57.8  0.00000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 314 aa  57.8  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.18 
 
 		 327 aa  57.8  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  43.75 
 
 		 313 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  42.19 
 
 		 313 aa  57.4  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  42.19 
 
 		 313 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.09 
 
 		 336 aa  57.4  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.46 
 
 		 317 aa  56.6  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  42.62 
 
 		 314 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42 
 
 		 320 aa  55.5  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.77 
 
 		 321 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 		 332 aa  55.1  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.17 
 
 		 328 aa  54.7  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.75 
 
 		 344 aa  54.7  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.1 
 
 		 328 aa  54.7  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.9 
 
 		 229 aa  54.7  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.71 
 
 		 330 aa  54.7  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  39.06 
 
 		 313 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30 
 
 		 319 aa  54.3  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.76 
 
 		 324 aa  53.9  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.62 
 
 		 323 aa  53.5  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.19 
 
 		 324 aa  53.5  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.64 
 
 		 303 aa  53.5  0.0000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 231 aa  53.5  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.21 
 
 		 321 aa  53.1  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  30.77 
 
 		 327 aa  53.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.55 
 
 		 335 aa  52.8  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.38 
 
 		 321 aa  52.8  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2626  helix-turn-helix, type 11  43.28 
 
 		 230 aa  52  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.182787  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.15 
 
 		 235 aa  52.4  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2670  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.28 
 
 		 230 aa  52  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.750457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2934  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.28 
 
 		 230 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334283 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.45 
 
 		 230 aa  52.4  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.11 
 
 		 315 aa  52.4  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  29.57 
 
 		 326 aa  51.6  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  37.27 
 
 		 229 aa  52  0.000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.31 
 
 		 339 aa  51.6  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  41.67 
 
 		 324 aa  51.2  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.93 
 
 		 324 aa  51.2  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.7 
 
 		 322 aa  51.2  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.4 
 
 		 232 aa  51.2  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0872  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.33 
 
 		 220 aa  50.8  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.919156 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.69 
 
 		 320 aa  50.8  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  26.35 
 
 		 230 aa  50.1  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 230 aa  49.7  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 318 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  24.79 
 
 		 235 aa  49.7  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  26.35 
 
 		 230 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  26.35 
 
 		 230 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.52 
 
 		 327 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.85 
 
 		 317 aa  48.5  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.62 
 
 		 323 aa  48.5  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.35 
 
 		 325 aa  48.1  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  27.2 
 
 		 229 aa  48.1  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.81 
 
 		 228 aa  48.1  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.91 
 
 		 321 aa  48.1  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.88 
 
 		 230 aa  48.1  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  25.17 
 
 		 317 aa  47.4  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  27.68 
 
 		 332 aa  47.4  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  25.17 
 
 		 317 aa  47  0.00009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  24.58 
 
 		 318 aa  47  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  25.17 
 
 		 317 aa  47  0.00009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  29.21 
 
 		 317 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  29.21 
 
 		 317 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  29.21 
 
 		 317 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.81 
 
 		 237 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.81 
 
 		 237 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  24.35 
 
 		 323 aa  46.6  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  29.21 
 
 		 317 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.18 
 
 		 325 aa  46.6  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.81 
 
 		 237 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.41 
 
 		 229 aa  46.6  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.81 
 
 		 237 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  29.21 
 
 		 348 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2336  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.27 
 
 		 230 aa  45.8  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0387558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>