More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1011 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1011  phosphoglycerate mutase family protein  100 
 
 		 272 aa  559  1e-158  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0720  phosphoglycerate mutase family protein  41.25 
 
 		 232 aa  192  7e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00316433  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0325  phosphoglycerate mutase family protein  37.7 
 
 		 281 aa  144  1e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1638  Phosphoglycerate mutase  40.09 
 
 		 204 aa  125  7e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.198113 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1640  Phosphoglycerate mutase  33.48 
 
 		 225 aa  125  8.000000000000001e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.794665  hitchhiker  0.00334648 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11490  fructose-2,6-bisphosphatase  35.9 
 
 		 226 aa  123  3e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317063 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2249  Phosphoglycerate mutase  34.3 
 
 		 234 aa  119  7e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2273  Phosphoglycerate mutase  34.75 
 
 		 232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000488437  hitchhiker  0.000511721 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5474  Phosphoglycerate mutase  34.93 
 
 		 198 aa  108  7.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7259  Fructose-2 6-bisphosphatase-like protein  32.77 
 
 		 210 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0000614124  normal  0.6022 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2451  phosphoglycerate mutase  31.67 
 
 		 207 aa  104  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.590939  normal  0.0803681 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3448  Phosphoglycerate mutase  33.62 
 
 		 210 aa  103  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7256  Phosphoglycerate mutase  31.43 
 
 		 218 aa  99.8  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2169  putative phosphoglycerate mutase  31 
 
 		 208 aa  97.1  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.376393  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1608  Phosphoglycerate mutase  31.7 
 
 		 243 aa  92  9e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.488896  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3358  Phosphoglycerate mutase  31.91 
 
 		 207 aa  91.7  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0389  Phosphoglycerate mutase  34.27 
 
 		 226 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0252032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18180  fructose-2,6-bisphosphatase  29.74 
 
 		 210 aa  90.5  3e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13343  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0374  Phosphoglycerate mutase  34.27 
 
 		 226 aa  90.1  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3528  phosphoglycerate mutase  28.51 
 
 		 226 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.258109  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3533  phosphoglycerate mutase  28.51 
 
 		 226 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.71775 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3601  phosphoglycerate mutase  28.51 
 
 		 226 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0942551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1199  Phosphoglycerate mutase  30.13 
 
 		 204 aa  84.7  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12447  phosphoglycerate mutase  29.05 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.74264 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1510  Phosphoglycerate mutase  33.19 
 
 		 215 aa  82.4  0.000000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0365184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1556  Phosphoglycerate mutase  31.65 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.063536  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2083  Phosphoglycerate mutase  30.66 
 
 		 412 aa  81.6  0.00000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.244664  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3771  phosphoglycerate mutase  31.84 
 
 		 220 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1105  phosphoglycerate mutase  35.26 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3088  alpha-ribazole phosphatase  30.53 
 
 		 213 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000263977  hitchhiker  0.00177034 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3924  phosphoglycerate mutase  28.51 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.331072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0605  phosphoglycerate mutase  28.92 
 
 		 220 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.338062  normal  0.808152 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0579  phosphoglycerate mutase  29.35 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.763016  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2311  phosphoglycerate mutase  34.33 
 
 		 440 aa  79.3  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.3615 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5889  bifunctional RNase H/acid phosphatase  29.17 
 
 		 427 aa  79  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0202  phosphoglycerate mutase  31.45 
 
 		 221 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326215  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0685  phosphoglycerate mutase  31.45 
 
 		 221 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0652  phosphoglycerate mutase  30 
 
 		 221 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12560  fructose-2,6-bisphosphatase  29 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.834883  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0499  putative phosphoglycerate mutase 2 protein  32.04 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725562  normal  0.192207 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0420  phosphoglycerate mutase  29.53 
 
 		 224 aa  74.3  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.104537 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2806  Phosphoglycerate mutase  26.88 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07200  fructose-2,6-bisphosphatase  30.56 
 
 		 383 aa  74.3  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1298  Phosphoglycerate mutase  30 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000085953  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2655  phosphoglycerate mutase  25.83 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.725658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2558  phosphoglycerate mutase  33.58 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.56106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1226  Phosphoglycerate mutase  27.23 
 
 		 195 aa  72.8  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.129631  normal  0.708444 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6815  Fructose-2 6-bisphosphatase-like protein  31.85 
 
 		 452 aa  72.8  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.142428 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02509  phosphoglycerate mutase  31.25 
 
 		 214 aa  71.6  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3192  Phosphoglycerate mutase  25.21 
 
 		 220 aa  70.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1465  alpha-ribazole phosphatase  30.53 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1414  phosphoglycerate mutase  34.65 
 
 		 195 aa  69.3  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14960  fructose-2,6-bisphosphatase  28.21 
 
 		 243 aa  68.9  0.00000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.588171  normal  0.430385 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3955  phosphoglycerate mutase  29.79 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0124021 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0808  Phosphoglycerate mutase  31.22 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0275634 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2989  Phosphoglycerate mutase  30 
 
 		 217 aa  68.9  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.30555e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5074  bifunctional RNase H/acid phosphatase  29.14 
 
 		 378 aa  68.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0171562  normal  0.0167384 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1673  Phosphoglycerate mutase  28.19 
 
 		 378 aa  68.2  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00482153  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3153  alpha-ribazole phosphatase  25 
 
 		 196 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000015335  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0613  phosphoglycerate mutase  27.23 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.496101 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0241  phosphoglycerate mutase  31.67 
 
 		 194 aa  67.4  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3334  Phosphoglycerate mutase  33.83 
 
 		 366 aa  67.8  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0185699  normal  0.415559 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2637  phosphoglycerate mutase  29.95 
 
 		 190 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00707522  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0911  Phosphoglycerate mutase  29.41 
 
 		 214 aa  67.8  0.0000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0479  phosphoglycerate mutase  27.98 
 
 		 229 aa  67  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.364165  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1020  phosphoglycerate mutase  31.39 
 
 		 196 aa  67.4  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05411  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  28.12 
 
 		 442 aa  66.6  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1067  phosphoglycerate mutase  27.89 
 
 		 202 aa  66.6  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000059372  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0621  phosphoglycerate mutase family protein  25.95 
 
 		 222 aa  66.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0960  phosphoglycerate mutase  29.1 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000442989  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1908  phosphoglycerate mutase  28.57 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0771  Phosphoglycerate mutase  25.95 
 
 		 222 aa  66.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05791  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  26.7 
 
 		 442 aa  65.9  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.840151  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1953  bifunctional RNase H/acid phosphatase  31.3 
 
 		 382 aa  65.5  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1079  phosphoglycerate mutase  28.57 
 
 		 214 aa  65.1  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119918  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5245  phosphoglycerate mutase  28.77 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.611969  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1664  phosphoglycerate mutase  28.99 
 
 		 225 aa  65.1  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3348  Phosphoglycerate mutase  27.13 
 
 		 223 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27148  hitchhiker  0.000518506 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3852  phosphoglycerate mutase  28.14 
 
 		 200 aa  65.5  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00254463 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4233  phosphoglycerate mutase  30.22 
 
 		 213 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555446  normal  0.270297 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1900  phosphoglycerate mutase  24.87 
 
 		 188 aa  64.7  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2789  Phosphoglycerate mutase  21.76 
 
 		 212 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2698  phosphoglycerate mutase  28.21 
 
 		 220 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.32804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2647  Phosphoglycerate mutase  30.09 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.372085 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1243  phosphoglycerate mutase, putative  32.7 
 
 		 229 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.348551  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1438  bifunctional RNase H/acid phosphatase  30.3 
 
 		 378 aa  64.7  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.246631  normal  0.0428381 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1555  Phosphoglycerate mutase  29 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3312  Phosphoglycerate mutase  21.76 
 
 		 212 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.176703  normal  0.738547 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0972  Phosphoglycerate mutase  32.59 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1508  Phosphoglycerate mutase  26.94 
 
 		 459 aa  63.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.980913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2039  phosphoglycerate mutase  29.38 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0269  phosphoglycerate mutase  28.06 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0502  Phosphoglycerate mutase  30.05 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.309871  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0769  phosphoglycerate mutase  30.08 
 
 		 197 aa  63.2  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.578842  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0491  phosphoglycerate mutase  30.05 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.407616  normal  0.0732779 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0515  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  27.08 
 
 		 442 aa  62.8  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.85164  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2015  phosphoglycerate mutase  28.65 
 
 		 401 aa  62.8  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.128037  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1238  phosphoglycerate mutase  32.84 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.754918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4036  phosphoglycerate mutase  30.11 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.252948  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05721  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  25 
 
 		 442 aa  62.4  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.169271  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>