113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0016 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0016  hypothetical protein  100 
 
 		 364 aa  730    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000539047 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0047  permease  37.72 
 
 		 524 aa  224  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000898812  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0584  permease, putative  34.35 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3005  permease  33 
 
 		 524 aa  162  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0045  putative permease  29.63 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.151776  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0044  permease family protein  30.2 
 
 		 297 aa  153  5.9999999999999996e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1777  hypothetical protein  32.43 
 
 		 325 aa  151  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.531787  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3567  hypothetical protein  32.21 
 
 		 325 aa  151  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.705614  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1632  hypothetical protein  31.8 
 
 		 325 aa  149  5e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.426451  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1762  hypothetical protein  31.8 
 
 		 325 aa  149  5e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1837  hypothetical protein  30.27 
 
 		 371 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.249688  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1610  permease  31.67 
 
 		 324 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1812  hypothetical protein  31.67 
 
 		 324 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2648  permease  30.41 
 
 		 288 aa  142  8e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0336  permease  29.35 
 
 		 346 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267605  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1518  permease  31.86 
 
 		 288 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0729  ABC transporter, permease protein, putative  29.64 
 
 		 300 aa  130  5.0000000000000004e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3199  permease  30.21 
 
 		 370 aa  129  7.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1540  permease  30 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000982093  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0714  permease  27.86 
 
 		 300 aa  123  6e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.846704  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4808  permease  28.8 
 
 		 350 aa  122  8e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2041  hypothetical protein  30.13 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0774693  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2084  hypothetical protein  29.43 
 
 		 298 aa  119  9e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2120  hypothetical protein  29.43 
 
 		 298 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.548967  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1904  hypothetical protein  29.43 
 
 		 298 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000637927  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1867  permease  29.43 
 
 		 298 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000789875  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1857  permease  29.43 
 
 		 298 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000013234  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2051  hypothetical protein  29.43 
 
 		 298 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.448592  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1901  permease  29.43 
 
 		 298 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00015094  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2152  hypothetical protein  29.43 
 
 		 298 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0383281  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3268  hypothetical protein  27.27 
 
 		 298 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.685443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4946  permease  30.03 
 
 		 341 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.999953 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1479  permease  27.8 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1506  permease  27.8 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3208  permease  24.85 
 
 		 350 aa  106  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.757693  normal  0.643119 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0434  hypothetical protein  27.81 
 
 		 335 aa  106  5e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.313959 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3807  permease  27.88 
 
 		 362 aa  102  7e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.158248 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1140  permease  28.53 
 
 		 336 aa  103  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.3687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1694  permease  26.38 
 
 		 358 aa  95.9  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000186998  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5330  permease  29.74 
 
 		 332 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1259  permease  29.1 
 
 		 334 aa  95.1  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1859  permease  27.24 
 
 		 342 aa  92  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0804038  hitchhiker  0.00708379 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0187  permease-like protein  28.84 
 
 		 343 aa  90.5  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.346178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1875  hypothetical protein  28.61 
 
 		 357 aa  87.4  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2194  permease  38.54 
 
 		 365 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29321  permease  27.95 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0263  permease  26.6 
 
 		 328 aa  80.1  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2796  permease  28.33 
 
 		 368 aa  79  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.250331  normal  0.1662 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2656  permease  29.59 
 
 		 350 aa  77.8  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000475427  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0261  permease  25 
 
 		 328 aa  77  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  25.45 
 
 		 356 aa  76.6  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4086  permease  26.58 
 
 		 325 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1359  permease  29.67 
 
 		 323 aa  72.8  0.000000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1600  permease  28.91 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0689798 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2851  permease  29.55 
 
 		 352 aa  70.5  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.933802 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0728  permease  29.58 
 
 		 353 aa  67.8  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0132  permease  24.34 
 
 		 363 aa  64.3  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000160751  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1997  permease  21.71 
 
 		 365 aa  63.9  0.000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  25.34 
 
 		 356 aa  63.9  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  24.48 
 
 		 352 aa  63.2  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0757  permease  25.94 
 
 		 367 aa  62.4  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0471  permease  23.28 
 
 		 357 aa  60.5  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632482  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0665  conserved hypothetical integral membrane protein (DUF318 domain protein)  24.6 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0132  permease, putative  22.02 
 
 		 402 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112317  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  23.33 
 
 		 350 aa  57.4  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4253  permease  24.2 
 
 		 342 aa  56.6  0.0000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.261414  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1089  permease  23.72 
 
 		 366 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1027  transporter  23.72 
 
 		 366 aa  54.3  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1469  permease  22.74 
 
 		 358 aa  53.9  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.604132  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  23.88 
 
 		 341 aa  53.5  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0014  permease  28.17 
 
 		 451 aa  52.8  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  26.7 
 
 		 319 aa  53.1  0.000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  21.93 
 
 		 344 aa  52.8  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  20.83 
 
 		 306 aa  52.8  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  23.12 
 
 		 352 aa  50.1  0.00005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03565  permease  24.32 
 
 		 391 aa  50.4  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  23.01 
 
 		 345 aa  50.1  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3722  permease-like  26.61 
 
 		 381 aa  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  24.1 
 
 		 350 aa  49.7  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  23.48 
 
 		 315 aa  49.7  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  23.21 
 
 		 330 aa  49.7  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0816  membrane protein-like protein  29.27 
 
 		 357 aa  48.9  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.435771  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2907  hypothetical protein  21.74 
 
 		 611 aa  48.1  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  21.23 
 
 		 323 aa  48.1  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2555  permease  22.91 
 
 		 349 aa  48.5  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000127833  hitchhiker  0.00212732 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1498  permease  21.75 
 
 		 307 aa  48.5  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2452  putative permease  21.52 
 
 		 304 aa  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  25.3 
 
 		 315 aa  47.4  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0700  permease  27.01 
 
 		 359 aa  47.4  0.0004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  24.34 
 
 		 353 aa  47.4  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  24.55 
 
 		 367 aa  46.6  0.0008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0456  permease  23.24 
 
 		 367 aa  46.2  0.0008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.349904  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0519  permease  23.19 
 
 		 315 aa  45.8  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1783  permease  31.76 
 
 		 362 aa  45.4  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2949  permease  20.93 
 
 		 351 aa  45.1  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1935  permease  22.41 
 
 		 353 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  21.7 
 
 		 348 aa  45.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  21.92 
 
 		 332 aa  45.1  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2549  permease  21.01 
 
 		 368 aa  44.7  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  23.56 
 
 		 354 aa  45.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>