201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3600 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG0544  type I restriction-modification system, M subunit, putative  69.15 
 
 		 648 aa  954    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0921  N-6 DNA methylase  48.58 
 
 		 676 aa  635    Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3247  N-6 DNA methylase  51.19 
 
 		 748 aa  768    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3600  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 738 aa  1526    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0689  DNA methylase-type I restriction-modification system  56.06 
 
 		 687 aa  856    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20400  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  28.84 
 
 		 654 aa  238  4e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0518055 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0324  N-6 DNA methylase  26.59 
 
 		 657 aa  209  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00528654  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1457  type I restriction-modification system, M subunit, putative  24.43 
 
 		 684 aa  191  5e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3192  N-6 DNA methylase  26.78 
 
 		 605 aa  115  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1224  N-6 DNA methylase  27.27 
 
 		 796 aa  113  1.0000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.708606 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  23.11 
 
 		 540 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0823  N-6 DNA methylase  21.2 
 
 		 768 aa  102  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0181192  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  25.21 
 
 		 545 aa  97.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  23.81 
 
 		 554 aa  92.8  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  24.3 
 
 		 1005 aa  91.7  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  22.56 
 
 		 570 aa  90.9  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25.07 
 
 		 548 aa  90.9  8e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  23.03 
 
 		 513 aa  90.5  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  25.24 
 
 		 492 aa  87.4  8e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  23.06 
 
 		 481 aa  86.3  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  25 
 
 		 508 aa  82.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  25 
 
 		 544 aa  83.2  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  24 
 
 		 544 aa  82.4  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  21.36 
 
 		 506 aa  82.4  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  21.02 
 
 		 579 aa  81.6  0.00000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  24 
 
 		 544 aa  81.3  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  24.36 
 
 		 492 aa  81.3  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  22.75 
 
 		 484 aa  81.3  0.00000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  24.01 
 
 		 553 aa  77  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3644  type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N)/N-6 DNA methylase  22.7 
 
 		 866 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.550519  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  28.44 
 
 		 504 aa  73.9  0.000000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  23.06 
 
 		 481 aa  72  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  23.53 
 
 		 484 aa  72  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  25.81 
 
 		 527 aa  70.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  22.78 
 
 		 481 aa  70.1  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  23.16 
 
 		 517 aa  69.7  0.0000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  22.61 
 
 		 501 aa  68.9  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  31.82 
 
 		 730 aa  67.8  0.0000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  24.36 
 
 		 496 aa  67.8  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  24.46 
 
 		 524 aa  67.4  0.0000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1145  N-6 DNA methylase  27.78 
 
 		 628 aa  67.4  0.0000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  23.64 
 
 		 493 aa  67  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0972  N-6 DNA methylase  44.93 
 
 		 911 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.91965 
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5290  N-6 DNA methylase  42.17 
 
 		 668 aa  66.6  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1059  N-6 DNA methylase  25.37 
 
 		 516 aa  65.5  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0636  N-6 DNA methylase  24.11 
 
 		 545 aa  65.5  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  19.94 
 
 		 481 aa  65.5  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  23.05 
 
 		 502 aa  65.1  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  40 
 
 		 537 aa  65.1  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  24.29 
 
 		 493 aa  65.1  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  21.19 
 
 		 494 aa  63.9  0.000000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  23.2 
 
 		 488 aa  63.5  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  24.02 
 
 		 503 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  30.16 
 
 		 680 aa  63.2  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0389  N-6 DNA methylase  23.12 
 
 		 818 aa  62.8  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000231606 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  21.74 
 
 		 703 aa  62.4  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  30.37 
 
 		 846 aa  61.6  0.00000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  25.13 
 
 		 775 aa  62  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  26.54 
 
 		 513 aa  62  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  25.12 
 
 		 514 aa  61.6  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  21.77 
 
 		 834 aa  60.8  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  22.47 
 
 		 505 aa  60.8  0.00000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3524  N-6 DNA methylase  23.39 
 
 		 549 aa  60.8  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636426  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  38.75 
 
 		 539 aa  60.8  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  37.5 
 
 		 533 aa  60.1  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2995  N-6 DNA methylase  31.68 
 
 		 707 aa  60.5  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00439445  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  25 
 
 		 512 aa  60.1  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.96 
 
 		 530 aa  58.9  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  23.85 
 
 		 568 aa  58.5  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  30.36 
 
 		 499 aa  58.5  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  25 
 
 		 506 aa  58.5  0.0000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  32.29 
 
 		 489 aa  58.2  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  26.32 
 
 		 489 aa  58.2  0.0000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  32.84 
 
 		 499 aa  58.2  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  33.01 
 
 		 498 aa  57.8  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  37.5 
 
 		 500 aa  57.8  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  37.68 
 
 		 498 aa  57.8  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  36.25 
 
 		 530 aa  57.4  0.0000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  20.28 
 
 		 499 aa  57.4  0.0000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  25.38 
 
 		 553 aa  57.4  0.0000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  30.77 
 
 		 484 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  22.65 
 
 		 488 aa  57  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  35.9 
 
 		 549 aa  57.4  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  25.59 
 
 		 526 aa  57  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  34.07 
 
 		 486 aa  57.4  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1673  N-6 DNA methylase  29.75 
 
 		 493 aa  56.2  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  22.19 
 
 		 1343 aa  55.8  0.000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0084  N-6 DNA methylase  29.03 
 
 		 495 aa  56.6  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  21.66 
 
 		 490 aa  56.6  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  30.77 
 
 		 484 aa  56.6  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1218  N-6 DNA methylase  22.62 
 
 		 544 aa  55.8  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0367  protein of unknown function DUF450  33.33 
 
 		 147 aa  55.5  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  25.62 
 
 		 486 aa  55.1  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  22.16 
 
 		 537 aa  54.7  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2008  Sec-independent protein translocase protein TatC  21.36 
 
 		 489 aa  54.7  0.000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  27.95 
 
 		 484 aa  54.3  0.000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  27.88 
 
 		 489 aa  53.9  0.000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  23.65 
 
 		 523 aa  54.3  0.000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  23.65 
 
 		 508 aa  53.5  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  29.34 
 
 		 478 aa  53.9  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>