More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1218 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_0548  N-6 DNA methylase  69.72 
 
 		 541 aa  772    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0636  N-6 DNA methylase  84.35 
 
 		 545 aa  943    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3524  N-6 DNA methylase  75.36 
 
 		 549 aa  849    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636426  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1218  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 544 aa  1125    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  27.52 
 
 		 495 aa  168  2e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  32.35 
 
 		 827 aa  166  8e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  32.94 
 
 		 808 aa  161  3e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  26.73 
 
 		 501 aa  159  9e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  29.86 
 
 		 799 aa  159  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  31.78 
 
 		 494 aa  157  3e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  32.31 
 
 		 505 aa  154  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  30.77 
 
 		 462 aa  153  8.999999999999999e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  32.32 
 
 		 809 aa  152  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  30.95 
 
 		 847 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  32.52 
 
 		 814 aa  150  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  24.32 
 
 		 503 aa  150  8e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  30.08 
 
 		 506 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  32.31 
 
 		 799 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  30.19 
 
 		 528 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  31.53 
 
 		 863 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  30.3 
 
 		 505 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  29.11 
 
 		 574 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  30.91 
 
 		 554 aa  145  2e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  28.02 
 
 		 853 aa  144  6e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  30.06 
 
 		 814 aa  143  9e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  30.33 
 
 		 526 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  31.07 
 
 		 874 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0821  type I restriction-modification system, M subunit  28.43 
 
 		 515 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  29.18 
 
 		 574 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  31.12 
 
 		 862 aa  142  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  28.15 
 
 		 856 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  27.66 
 
 		 526 aa  141  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  29.24 
 
 		 810 aa  141  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  27.85 
 
 		 815 aa  141  3e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  29.31 
 
 		 527 aa  141  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  30.93 
 
 		 910 aa  141  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  29.21 
 
 		 871 aa  140  4.999999999999999e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  29.2 
 
 		 568 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  27.32 
 
 		 822 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  27.7 
 
 		 518 aa  139  1e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  30.63 
 
 		 863 aa  139  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  26.7 
 
 		 508 aa  138  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  30.08 
 
 		 810 aa  139  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  31.2 
 
 		 544 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  29.04 
 
 		 873 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  30.42 
 
 		 587 aa  137  4e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  29.29 
 
 		 547 aa  137  5e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  29.38 
 
 		 808 aa  137  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2182  type I restriction-modification system, M subunit  28.99 
 
 		 527 aa  136  8e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  28.57 
 
 		 585 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2274  type I restriction-modification system DNA methylase  28.03 
 
 		 527 aa  135  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  30.33 
 
 		 863 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3056  type I restriction-modification system, M subunit  26.11 
 
 		 515 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  26.5 
 
 		 523 aa  135  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  28.95 
 
 		 855 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1953  type I restriction-modification system, M subunit  29.58 
 
 		 523 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.710513  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2253  type I restriction-modification system, M subunit  27.11 
 
 		 523 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.475184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  28.02 
 
 		 527 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  28.01 
 
 		 537 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  27.75 
 
 		 574 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2248  N-6 DNA methylase  27.95 
 
 		 521 aa  134  3.9999999999999996e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0522014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3470  type I restriction-modification system, M subunit  28.64 
 
 		 523 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  28.88 
 
 		 540 aa  134  5e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  29.41 
 
 		 504 aa  133  6.999999999999999e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0036  type I restriction enzyme  27.66 
 
 		 510 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.27058  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  27.06 
 
 		 495 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1499  type I restriction-modification system, M subunit  25.26 
 
 		 521 aa  132  2.0000000000000002e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.1762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  25.35 
 
 		 527 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1102  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  27.55 
 
 		 548 aa  131  3e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.358797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1412  type I restriction-modification system, M subunit  26.73 
 
 		 517 aa  130  5.0000000000000004e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.446719  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3758  N-6 DNA methylase  24.26 
 
 		 511 aa  129  9.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.921564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  28.43 
 
 		 537 aa  130  9.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  27.27 
 
 		 535 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  28.77 
 
 		 535 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  29.48 
 
 		 525 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  26.98 
 
 		 496 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  24.12 
 
 		 497 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  26.89 
 
 		 633 aa  129  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  28.49 
 
 		 520 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  28.77 
 
 		 518 aa  128  3e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  28.77 
 
 		 518 aa  128  3e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  28.53 
 
 		 505 aa  128  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  27.48 
 
 		 816 aa  128  3e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  28.41 
 
 		 525 aa  128  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  28.73 
 
 		 499 aa  128  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  27.64 
 
 		 908 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  26.85 
 
 		 522 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1850  type I restriction-modification system, M subunit  25.85 
 
 		 489 aa  127  5e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  28.44 
 
 		 891 aa  127  5e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  24.43 
 
 		 498 aa  127  5e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2273  N-6 DNA methylase  25.25 
 
 		 522 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.443565  hitchhiker  0.00000125043 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  27.02 
 
 		 498 aa  127  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1096  N-6 DNA methylase  26.62 
 
 		 543 aa  127  7e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0034  N-6 DNA methylase  26.22 
 
 		 544 aa  126  9e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966218 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0505  type I restriction-modification system, M subunit  28.16 
 
 		 524 aa  126  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2908  N-6 DNA methylase  24.86 
 
 		 523 aa  126  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  26.8 
 
 		 522 aa  125  1e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  27.45 
 
 		 498 aa  126  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  25.74 
 
 		 537 aa  126  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  25.74 
 
 		 537 aa  126  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>