145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0440 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_0440  Uracil-DNA glycosylase superfamily  100 
 
 
251 aa  513  1e-144  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.653771  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5226  Uracil-DNA glycosylase superfamily  65.37 
 
 
244 aa  312  2.9999999999999996e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18668  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32190  uracil-DNA glycosylase  65.37 
 
 
235 aa  309  2.9999999999999997e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.657779  normal  0.0875972 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5298  Uracil-DNA glycosylase superfamily  62.05 
 
 
240 aa  285  7e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29970  uracil-DNA glycosylase  59.83 
 
 
266 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50722 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0682  Uracil-DNA glycosylase superfamily  61.47 
 
 
276 aa  278  6e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0263882  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0842  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  62.61 
 
 
230 aa  275  4e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558809  normal  0.314333 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0935  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  60.79 
 
 
284 aa  275  5e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0899  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  64.71 
 
 
253 aa  270  1e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242395  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1651  Uracil-DNA glycosylase superfamily  57.74 
 
 
299 aa  264  1e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1028  Uracil-DNA glycosylase superfamily  59.64 
 
 
294 aa  263  2e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.250169  normal  0.0211091 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1079  Uracil-DNA glycosylase superfamily  57.26 
 
 
291 aa  259  2e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.702273  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0925  Uracil-DNA glycosylase superfamily  56.54 
 
 
261 aa  258  9e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.394614  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2949  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  60.63 
 
 
228 aa  255  6e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5791  Uracil-DNA glycosylase superfamily  58.52 
 
 
233 aa  254  8e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0399068 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11285  hypothetical protein  55.17 
 
 
299 aa  248  9e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3631  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  57.41 
 
 
226 aa  246  3e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4459  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.57 
 
 
284 aa  244  6.999999999999999e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3772  Uracil-DNA glycosylase superfamily  56.95 
 
 
226 aa  244  9e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.817518  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3233  Uracil-DNA glycosylase superfamily  62.26 
 
 
281 aa  244  9.999999999999999e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0718462  normal  0.0819142 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1903  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  55.26 
 
 
312 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8576  uracil-DNA glycosylase superfamily  54.02 
 
 
266 aa  242  3.9999999999999997e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.610367  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1040  Uracil-DNA glycosylase superfamily  56.02 
 
 
301 aa  242  5e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3689  Uracil-DNA glycosylase superfamily protein  56.94 
 
 
226 aa  240  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.65 
 
 
282 aa  240  2e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  54.02 
 
 
268 aa  234  7e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.56795  hitchhiker  0.0037268 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0811  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  60.19 
 
 
262 aa  233  2.0000000000000002e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.53621  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3919  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  52.24 
 
 
271 aa  230  2e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3957  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.3 
 
 
273 aa  218  8.999999999999998e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4031  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.3 
 
 
273 aa  218  8.999999999999998e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3971  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.3 
 
 
273 aa  218  8.999999999999998e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.649617  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1564  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.02 
 
 
228 aa  214  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.14365  hitchhiker  0.00784209 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2636  Uracil-DNA glycosylase superfamily  52.17 
 
 
221 aa  212  4.9999999999999996e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3164  Uracil-DNA glycosylase superfamily  47.6 
 
 
221 aa  199  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.368387  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0544  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.89 
 
 
219 aa  190  2e-47  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1386  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.04 
 
 
236 aa  178  7e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0479897  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1921  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.69 
 
 
210 aa  172  6.999999999999999e-42  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.21092 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3755  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.06 
 
 
186 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0169947  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0366  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.45 
 
 
217 aa  170  2e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0814  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.44 
 
 
231 aa  169  5e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1169  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.75 
 
 
206 aa  165  5e-40  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00763816 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0736  putative uracil-DNA glycosylase  41.78 
 
 
224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0720  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.74 
 
 
217 aa  162  4.0000000000000004e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.455468  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1001  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.6 
 
 
228 aa  155  6e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00625229 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2864  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.01 
 
 
223 aa  153  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.48935  normal  0.109916 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.13 
 
 
225 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0136839  hitchhiker  0.00783391 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1551  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.45 
 
 
220 aa  145  9e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1599  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.9 
 
 
212 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0720375  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2632  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.18 
 
 
226 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.122532  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2965  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40.09 
 
 
224 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2605  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.9 
 
 
200 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0477634  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3835  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.53 
 
 
233 aa  138  8.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2258  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.81 
 
 
242 aa  137  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0703  hypothetical protein  40 
 
 
207 aa  136  4e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.109523 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1361  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.57 
 
 
214 aa  134  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1722  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.71 
 
 
225 aa  133  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.598455  normal  0.212618 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0818  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.82 
 
 
215 aa  133  3e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0737592  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1860  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.38 
 
 
214 aa  132  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0361601  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1220  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.59 
 
 
232 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.58979  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2448  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36.24 
 
 
236 aa  129  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1269  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.36 
 
 
238 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1579  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.27 
 
 
220 aa  129  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.111562  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1925  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.62 
 
 
225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.461762 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0380  Uracil-DNA glycosylase superfamily  37.62 
 
 
232 aa  125  7e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.172992  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0527  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.91 
 
 
211 aa  123  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0572467  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4690  putative uracil-DNA glycosylase  38.05 
 
 
229 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.761562  normal  0.0692516 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1908  hypothetical protein  40 
 
 
218 aa  122  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.443294  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0648  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.07 
 
 
223 aa  119  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0642  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36.07 
 
 
223 aa  119  4.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.764609  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2639  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  33.94 
 
 
216 aa  117  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.990849  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2037  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36.67 
 
 
215 aa  115  6e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.161308  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0466  uracil DNA glycosylase family protein  33.04 
 
 
228 aa  115  8.999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.276682  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0943  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  33.63 
 
 
220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0789384  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0248  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  34.78 
 
 
192 aa  73.9  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.548408  normal  0.366992 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0318  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  32 
 
 
193 aa  67.4  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100378  normal  0.0408737 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.6 
 
 
204 aa  65.1  0.0000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.3735  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1447  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.72 
 
 
200 aa  62.4  0.000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1768  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.25 
 
 
194 aa  62.4  0.000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0183  Uracil-DNA glycosylase superfamily  28.98 
 
 
210 aa  62  0.000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.589955  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3144  uracil-DNA glycosylase  36.8 
 
 
218 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1364  putative DNA glycosylase  36.8 
 
 
218 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.77623  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3015  uracil-DNA glycosylase  36.8 
 
 
218 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5462  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.3 
 
 
219 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00414402 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3154  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.58 
 
 
201 aa  58.2  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.13 
 
 
217 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693226  normal  0.500254 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5631  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.13 
 
 
217 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0609757  normal  0.0369434 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1649  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  28.65 
 
 
209 aa  55.5  0.0000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.00048269 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0717  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.48 
 
 
195 aa  54.3  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.667137 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0689  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.73 
 
 
294 aa  53.1  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614175  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11480  Uracil-DNA glycosylase  26.98 
 
 
210 aa  52.8  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353711  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1479  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32 
 
 
184 aa  52.8  0.000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.242328  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0270  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  26.32 
 
 
249 aa  52.8  0.000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.472831  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0157  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.09 
 
 
200 aa  52.4  0.000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0205394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0411  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.97 
 
 
193 aa  52  0.000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323475  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0426  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.97 
 
 
193 aa  52  0.000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000629945  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1948  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.29 
 
 
190 aa  52  0.000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.735506  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1364  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.54 
 
 
223 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6465  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.54 
 
 
223 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.114604  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6057  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.54 
 
 
223 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  0.181537 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1286  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.27 
 
 
209 aa  50.8  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>