More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_0056 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013411  GYMC61_0056  hypothetical protein  100 
 
 		 132 aa  265  1e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0058  hypothetical protein  86.18 
 
 		 132 aa  215  2e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000238948  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0059  hypothetical protein  64.24 
 
 		 160 aa  175  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000000544172  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0060  hypothetical protein  64.24 
 
 		 160 aa  175  2e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201317  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0067  hypothetical protein  64.24 
 
 		 160 aa  175  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0056  hypothetical protein  64.24 
 
 		 160 aa  175  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.61011e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0056  hypothetical protein  64.24 
 
 		 160 aa  175  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000079318  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0056  hypothetical protein  66.43 
 
 		 152 aa  175  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000148596  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0060  hypothetical protein  64.24 
 
 		 160 aa  175  2e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000119651  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0070  hypothetical protein  64.24 
 
 		 160 aa  175  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000137683  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0066  hypothetical protein  62.5 
 
 		 161 aa  174  5e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000157952  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5250  hypothetical protein  62.5 
 
 		 161 aa  174  5e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000341067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0056  hypothetical protein  61.84 
 
 		 161 aa  172  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000117621  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0530  hypothetical protein  63.43 
 
 		 133 aa  167  3e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000417558  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0543  hypothetical protein  63.43 
 
 		 133 aa  167  3e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000100816  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0146  hypothetical protein  61.48 
 
 		 133 aa  166  7e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0092  RNA binding S1  61.83 
 
 		 130 aa  156  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000304617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0142  RNA binding S1 domain protein  58.02 
 
 		 128 aa  140  4e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000417569  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0122  RNA-binding S1 domain-containing protein  56.92 
 
 		 126 aa  139  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0191  RNA binding S1 domain protein  58.54 
 
 		 134 aa  137  4.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00520  RNA binding S1 domain protein  55.91 
 
 		 124 aa  133  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.85433e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3080  RNA binding S1 domain protein  46.43 
 
 		 144 aa  126  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000220475  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2662  RNA binding S1  49.64 
 
 		 140 aa  125  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000144376  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0653  RNA binding S1 domain protein  50 
 
 		 120 aa  116  9e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000131287  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0089  RNA binding S1  44.83 
 
 		 152 aa  113  7.999999999999999e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0696  hypothetical protein  44.53 
 
 		 140 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000983919  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0225  RNA binding S1 domain protein  55.73 
 
 		 134 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000584856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0075  RNA binding S1 domain protein  46.92 
 
 		 120 aa  105  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000591466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2797  hypothetical protein  47.01 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000000939181  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2483  hypothetical protein  47.01 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000579369  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0265  RNA-binding S1 domain-containing protein  40.13 
 
 		 164 aa  105  3e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0265  RNA binding S1 domain-containing protein  45.28 
 
 		 125 aa  90.5  7e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.383538  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0066  RNA binding S1 domain protein  42.45 
 
 		 129 aa  86.7  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0674  RNA binding S1  37.5 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.175739 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2860  general stress protein 13  39.64 
 
 		 121 aa  83.6  8e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1149  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.5 
 
 		 124 aa  82.8  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000879414  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1805  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.71 
 
 		 123 aa  81.6  0.000000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000194904  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0981  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.5 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000445297  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1301  RNA binding S1 domain protein  37.6 
 
 		 140 aa  81.3  0.000000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000152887  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1166  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.65 
 
 		 123 aa  77.4  0.00000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000391852  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  45.98 
 
 		 686 aa  77  0.00000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0324  hypothetical protein  41.82 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5039  general stress protein 13  42.45 
 
 		 114 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5044  general stress protein 13  42.45 
 
 		 114 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.19 
 
 		 706 aa  76.3  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4770  general stress protein 13  42.45 
 
 		 114 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4610  general stress protein 13  42.45 
 
 		 114 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4632  general stress protein 13  42.45 
 
 		 114 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5032  general stress protein 13  42.45 
 
 		 114 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0608546  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5011  general stress protein 13  42.45 
 
 		 114 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5132  general stress protein 13  42.45 
 
 		 114 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4722  general stress protein 13  42.45 
 
 		 114 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0202  general stress protein 13  42.45 
 
 		 114 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.35 
 
 		 705 aa  75.1  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3006  general stress protein 13  35.71 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1314  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.74 
 
 		 772 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.122367  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3511  general stress protein 13  52.05 
 
 		 133 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0168  RNA-binding S1 domain-containing protein  34.15 
 
 		 119 aa  73.9  0.0000000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000107676  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1789  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.81 
 
 		 733 aa  73.6  0.0000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07600  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  47.25 
 
 		 742 aa  73.6  0.0000000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.722392 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0589  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.35 
 
 		 706 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119802  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.19 
 
 		 705 aa  72.4  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0812  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.35 
 
 		 706 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2264  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0861  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.72 
 
 		 720 aa  72.4  0.000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15110  CRISPR-associated RAMP protein, Cmr6 family  44.87 
 
 		 376 aa  72  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 734 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0908  transcriptional accessory protein  45.26 
 
 		 759 aa  70.9  0.000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000019173  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01817  Polynucleotide phosphorylase  44.44 
 
 		 353 aa  70.9  0.000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00061601  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3342  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 722 aa  70.9  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  50 
 
 		 734 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 711 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.234004 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50 
 
 		 711 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 711 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 711 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 711 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 711 aa  70.5  0.000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 711 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1710  RNA-binding protein  34.13 
 
 		 127 aa  70.5  0.000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.034913  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0788  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.44 
 
 		 732 aa  70.1  0.000000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000677019  normal  0.144869 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3999  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.28 
 
 		 705 aa  69.7  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3592  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.28 
 
 		 705 aa  69.7  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.42208  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.68 
 
 		 711 aa  70.1  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_843  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  44.12 
 
 		 720 aa  70.1  0.00000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.946894  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.28 
 
 		 705 aa  69.7  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0042224  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0892  30S ribosomal protein S1  44.21 
 
 		 399 aa  69.7  0.00000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000236762  decreased coverage  0.00000000000000302812 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0677  hypothetical protein  41.11 
 
 		 121 aa  70.1  0.00000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.5 
 
 		 722 aa  68.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.74 
 
 		 720 aa  68.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.34 
 
 		 722 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  40.48 
 
 		 577 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  42.86 
 
 		 574 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.33 
 
 		 700 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.98 
 
 		 698 aa  68.2  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0541  general stress protein 13  30.09 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0896  30S ribosomal protein S1  46.07 
 
 		 408 aa  68.2  0.00000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000252731  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.57 
 
 		 711 aa  68.2  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.25 
 
 		 712 aa  67.8  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0729  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.61 
 
 		 695 aa  67.8  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.504772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0686  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.71 
 
 		 768 aa  67.4  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.194488  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0380  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  40.96 
 
 		 703 aa  67.4  0.00000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00000345435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>