52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3211 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3211  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  100 
 
 		 206 aa  424  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0912  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  59.52 
 
 		 202 aa  187  8e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.68088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8678  cytochrome c class I  48.7 
 
 		 185 aa  161  7e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00176651  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7231  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 200 aa  154  8e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.77975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3665  cytochrome c, class I  47.37 
 
 		 194 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.514371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5874  cytochrome c class I  48.37 
 
 		 180 aa  151  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362058  normal  0.18158 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0147  cytochrome c, class I  44.64 
 
 		 222 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4887  putative cytochrome c region protein  45.39 
 
 		 179 aa  149  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.362181 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3340  cytochrome c, class I  46.71 
 
 		 194 aa  149  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2167  putative sulfite oxidase cytochrome c subunit, SoxD  46.1 
 
 		 180 aa  148  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3042  cytochrome c, class I  41.95 
 
 		 259 aa  148  7e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.909018  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6197  cytochrome c class I  47.68 
 
 		 174 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1239  cytochrome c, class I  45.45 
 
 		 174 aa  145  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6593  cytochrome c, class I  45.45 
 
 		 174 aa  145  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.263002 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0152  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  43.51 
 
 		 195 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1895  putative cytochrome c  44.03 
 
 		 181 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1616  cytochrome c class I  41.56 
 
 		 171 aa  128  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.986895 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1517  putative cytochrome  38.92 
 
 		 260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.936874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  39.52 
 
 		 342 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4956  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  39.43 
 
 		 251 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4251  putative cytochrome  39.43 
 
 		 242 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460774  normal  0.218955 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3677  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  41.03 
 
 		 252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4162  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  39.24 
 
 		 225 aa  118  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2087  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  40 
 
 		 180 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3912  hypothetical protein  40.65 
 
 		 211 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.411473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4367  cytochrome c, class I  39.51 
 
 		 243 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2868  cytochrome c class I  45.45 
 
 		 187 aa  114  7.999999999999999e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0341  putative cytochrome c, class I precursor  40.13 
 
 		 186 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  35.22 
 
 		 382 aa  112  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1094  cytochrome c, class I  43.57 
 
 		 188 aa  111  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2437  diheme cytochrome c SoxD  35.29 
 
 		 355 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3257  cytochrome c, class I  33.16 
 
 		 344 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225415  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0560  sulfite oxidase cytochrome subunit  38.51 
 
 		 209 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2734  cytochrome c class I  39.33 
 
 		 200 aa  107  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.207547  hitchhiker  0.0000919605 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2987  cytochrome c, class I  39.26 
 
 		 188 aa  104  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.29363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0586  hypothetical protein  34.68 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.649014  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1666  cytochrome c class I  34.41 
 
 		 344 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185876  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2285  cytochrome c, class I  33.87 
 
 		 346 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00711214  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2630  cytochrome c, class I  31.63 
 
 		 404 aa  103  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1590  cytochrome c class I  34.04 
 
 		 344 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.960712  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3444  hypothetical protein  38.85 
 
 		 182 aa  101  9e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568465  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3203  Mo-co oxidoreductase dimerization domain protein  38.85 
 
 		 182 aa  101  9e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.595677  hitchhiker  0.0000523602 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  39.74 
 
 		 382 aa  96.3  3e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3783  cytochrome c class I  31.38 
 
 		 355 aa  93.2  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3133  cytochrome c, class I  29.02 
 
 		 348 aa  91.7  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0157  hypothetical protein  33.65 
 
 		 331 aa  87.8  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000097536  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0802  cytochrome c, class I  28.57 
 
 		 360 aa  85.5  5e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.641735  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  30.71 
 
 		 678 aa  50.4  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3241  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 		 415 aa  46.6  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0294244  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5127  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 		 415 aa  46.6  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.600349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5154  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 		 401 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1569  cytochrome c, class I  27.69 
 
 		 141 aa  43.9  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.832933  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>