More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1602 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1602  50S ribosomal protein L13  100 
 
 		 152 aa  315  9e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.206566  normal  0.915061 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2426  50S ribosomal protein L13  86.84 
 
 		 164 aa  281  3.0000000000000004e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0464276  normal  0.161189 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1385  50S ribosomal protein L13  82.24 
 
 		 152 aa  262  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2969  50S ribosomal protein L13  77.12 
 
 		 154 aa  248  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0186742  normal  0.340557 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2176  50S ribosomal protein L13  77.12 
 
 		 154 aa  245  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0022  50S ribosomal protein L13  77.12 
 
 		 154 aa  243  6e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.550014  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1651  50S ribosomal protein L13  77.12 
 
 		 154 aa  243  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0862  50S ribosomal protein L13  71.24 
 
 		 154 aa  231  3e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1164  50S ribosomal protein L13  69.74 
 
 		 153 aa  228  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529766  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1235  50S ribosomal protein L13  68.63 
 
 		 154 aa  226  9e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.751554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1322  50S ribosomal protein L13  67.97 
 
 		 154 aa  226  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1682  50S ribosomal protein L13  67.32 
 
 		 154 aa  224  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0124683  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0787  50S ribosomal protein L13  70 
 
 		 154 aa  223  8e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.945783  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0791  50S ribosomal protein L13  70 
 
 		 154 aa  223  8e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.532879  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1378  ribosomal protein L13  68.42 
 
 		 156 aa  222  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0874566 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2495  50S ribosomal protein L13  70 
 
 		 154 aa  221  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0901  50S ribosomal protein L13  69.08 
 
 		 154 aa  222  2e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.469735  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1873  ribosomal protein L13  68.87 
 
 		 156 aa  221  3e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.948163 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0148  50S ribosomal protein L13  66.67 
 
 		 153 aa  218  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1178  50S ribosomal protein L13  66.67 
 
 		 153 aa  217  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.130484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4612  50S ribosomal protein L13  66.01 
 
 		 153 aa  217  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0118736 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2707  50S ribosomal protein L13  66.67 
 
 		 154 aa  215  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.613136  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2649  50S ribosomal protein L13  65.36 
 
 		 153 aa  214  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2671  50S ribosomal protein L13  66.01 
 
 		 154 aa  213  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.133439 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1421  50S ribosomal protein L13  64.71 
 
 		 154 aa  213  8e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.356798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3106  50S ribosomal protein L13  65.36 
 
 		 154 aa  212  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.668534  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2455  50S ribosomal protein L13  64.71 
 
 		 154 aa  211  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.409282  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1514  50S ribosomal protein L13  64.05 
 
 		 154 aa  211  1.9999999999999998e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.8697  normal  0.477541 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2842  50S ribosomal protein L13  64.71 
 
 		 153 aa  210  5.999999999999999e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.890414 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2619  50S ribosomal protein L13  64.71 
 
 		 153 aa  210  5.999999999999999e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.161745 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2937  50S ribosomal protein L13  64.47 
 
 		 187 aa  208  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000493547 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2696  50S ribosomal protein L13  64.05 
 
 		 154 aa  206  7e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0952933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0243  50S ribosomal protein L13  64.19 
 
 		 159 aa  206  1e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.396614 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2152  50S ribosomal protein L13  60.78 
 
 		 154 aa  205  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0607483  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4592  50S ribosomal protein L13  60.78 
 
 		 154 aa  203  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4344  50S ribosomal protein L13  59.48 
 
 		 153 aa  200  5e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.284229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1477  50S ribosomal protein L13  64.43 
 
 		 160 aa  197  3e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.207503 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2250  50S ribosomal protein L13  59.06 
 
 		 158 aa  194  5.000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3286  50S ribosomal protein L13  62.84 
 
 		 159 aa  194  5.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4595  50S ribosomal protein L13  59.46 
 
 		 159 aa  192  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0067  50S ribosomal protein L13  58.55 
 
 		 152 aa  189  1e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3026  50S ribosomal protein L13  56.58 
 
 		 157 aa  188  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0840  50S ribosomal protein L13  58.55 
 
 		 152 aa  180  7e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.637892  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1019  50S ribosomal protein L13  53.95 
 
 		 156 aa  178  2.9999999999999997e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0822  50S ribosomal protein L13  53.29 
 
 		 156 aa  177  4e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.865147  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0246  50S ribosomal protein L13  58.33 
 
 		 144 aa  176  7e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0124742  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3106  ribosomal protein L13  58.04 
 
 		 147 aa  172  1.9999999999999998e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2077  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 142 aa  169  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2613  ribosomal protein L13  58.04 
 
 		 147 aa  168  3e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.888861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0617  ribosomal protein L13  57.34 
 
 		 147 aa  168  3e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2400  50S ribosomal protein L13  55.24 
 
 		 142 aa  167  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767077  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2877  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  167  6e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0661  ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 149 aa  166  7e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.07785  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4349  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  166  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000122799  hitchhiker  0.00298092 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1747  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 142 aa  166  1e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000679553  normal  0.257999 
 
 
 
NC_013456  VEA_004511  LSU ribosomal protein L13p (L13Ae)  57.34 
 
 		 142 aa  166  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000254571  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0292  50S ribosomal protein L13  57.34 
 
 		 142 aa  165  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000415233  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1125  50S ribosomal protein L13  57.34 
 
 		 147 aa  164  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.849812 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0429  ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 154 aa  164  2.9999999999999998e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.669525  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23250  LSU ribosomal protein L13P  57.97 
 
 		 147 aa  164  4e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4443  50S ribosomal protein L13  54.55 
 
 		 142 aa  164  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00881  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  164  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16870  50S ribosomal protein L13  54.55 
 
 		 147 aa  164  4e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0103  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 142 aa  164  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123224  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0720  50S ribosomal protein L13  54.55 
 
 		 147 aa  164  4e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29360  LSU ribosomal protein L13P  56.64 
 
 		 147 aa  164  5e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0140  50S ribosomal protein L13  56.03 
 
 		 145 aa  164  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0752  50S ribosomal protein L13  55.24 
 
 		 142 aa  164  5.9999999999999996e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0299  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  163  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000151129  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03091  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000630317  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0475  ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000038374  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3639  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  163  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0081105  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0459  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000127467  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3536  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000942951  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0524  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000026356  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3705  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000756717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0461  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000797457  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3643  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000310969  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03042  hypothetical protein  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000311613  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2207  50S ribosomal protein L13  53.15 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146726  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3537  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000244686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1134  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3608  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000171486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3527  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000295186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3714  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000482392  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3420  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.0043600000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3666  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000138225  normal  0.0768978 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4548  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000032614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0475  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000136634  normal  0.174588 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0468  50S ribosomal protein L13  53.85 
 
 		 142 aa  161  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000130449  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0136  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 		 145 aa  161  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000986136  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1565  50S ribosomal protein L13  54.55 
 
 		 142 aa  161  3e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000267326  normal  0.325038 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2836  50S ribosomal protein L13  53.85 
 
 		 142 aa  161  3e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3652  50S ribosomal protein L13  53.15 
 
 		 142 aa  161  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055141  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0137  50S ribosomal protein L13  56.74 
 
 		 145 aa  161  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000751399  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0732  50S ribosomal protein L13  53.15 
 
 		 142 aa  161  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000680495  hitchhiker  0.00347567 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0744  50S ribosomal protein L13  53.85 
 
 		 142 aa  161  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000518641  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0723  50S ribosomal protein L13  53.15 
 
 		 142 aa  161  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000205135  hitchhiker  0.00003559 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2918  50S ribosomal protein L13  54.86 
 
 		 147 aa  161  3e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0500  50S ribosomal protein L13  54.86 
 
 		 147 aa  161  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>