More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4988 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1097  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  44.88 
 
 		 823 aa  689    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.430466 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3032  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  49.63 
 
 		 817 aa  738    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.429122  normal  0.0119577 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2266  alanine racemase  58.43 
 
 		 835 aa  961    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.71922  normal  0.103081 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3724  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  49.81 
 
 		 842 aa  786    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4988  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  100 
 
 		 824 aa  1700    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.259968 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1318  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  43.38 
 
 		 822 aa  672    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0233  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  48.11 
 
 		 834 aa  744    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02410  alanine racemase  43.13 
 
 		 368 aa  308  3e-82  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.269593  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0034  alanine racemase  41.62 
 
 		 369 aa  293  1e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  27.76 
 
 		 851 aa  238  3e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  35.56 
 
 		 390 aa  219  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0964  alanine racemase  37 
 
 		 388 aa  214  7e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  35.73 
 
 		 391 aa  213  1e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  34.22 
 
 		 389 aa  211  5e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  35.7 
 
 		 380 aa  207  6e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1903  alanine racemase  35.31 
 
 		 390 aa  207  7e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0696204  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  35.97 
 
 		 369 aa  202  9.999999999999999e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0472  alanine racemase  36.7 
 
 		 380 aa  202  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2520  alanine racemase  25.68 
 
 		 811 aa  200  7e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0905  alanine racemase  33.96 
 
 		 389 aa  198  4.0000000000000005e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00165979  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  36.46 
 
 		 356 aa  196  1e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  35.54 
 
 		 378 aa  196  2e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  34.83 
 
 		 379 aa  194  4e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1882  alanine racemase  35.92 
 
 		 377 aa  193  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  35.87 
 
 		 379 aa  193  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2981  alanine racemase  25.23 
 
 		 844 aa  192  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  36.76 
 
 		 370 aa  192  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  33.07 
 
 		 373 aa  190  7e-47  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0210  alanine racemase  33.42 
 
 		 387 aa  189  1e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.584138  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0063  alanine racemase  32.72 
 
 		 373 aa  189  2e-46  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.131019  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3236  alanine racemase  33.42 
 
 		 391 aa  188  3e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.560123  normal  0.143826 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1894  alanine racemase  31.9 
 
 		 391 aa  188  3e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.695419  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2178  alanine racemase  31.64 
 
 		 391 aa  188  4e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  34.92 
 
 		 390 aa  187  5e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1547  alanine racemase  34.57 
 
 		 388 aa  187  6e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2163  alanine racemase  31.64 
 
 		 391 aa  187  9e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2110  alanine racemase  31.64 
 
 		 391 aa  187  9e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1884  alanine racemase  31.64 
 
 		 391 aa  187  9e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1931  alanine racemase  32.4 
 
 		 408 aa  187  9e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0176201  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  34.67 
 
 		 395 aa  187  9e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  33.85 
 
 		 390 aa  186  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1932  alanine racemase  31.37 
 
 		 391 aa  186  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0326  alanine racemase  34.95 
 
 		 369 aa  186  2.0000000000000003e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.442092  normal  0.535526 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2079  alanine racemase  31.37 
 
 		 391 aa  186  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1563  alanine racemase  32.38 
 
 		 392 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.985538  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2070  alanine racemase  33.16 
 
 		 391 aa  185  3e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.773595  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3770  alanine racemase  33.78 
 
 		 373 aa  185  3e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.646539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0861  alanine racemase  35.75 
 
 		 386 aa  184  5.0000000000000004e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0852  alanine racemase  35.22 
 
 		 386 aa  184  5.0000000000000004e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  32.36 
 
 		 373 aa  184  6e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  33.06 
 
 		 371 aa  184  8.000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  34.22 
 
 		 378 aa  184  8.000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2736  alanine racemase  34.89 
 
 		 356 aa  182  2.9999999999999997e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.390221  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  34.86 
 
 		 393 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2170  alanine racemase  31.83 
 
 		 398 aa  181  4e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.598884  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1646  alanine racemase  32.18 
 
 		 374 aa  181  4e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.064552  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1025  alanine racemase  34.59 
 
 		 364 aa  181  4.999999999999999e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1091  alanine racemase  33.42 
 
 		 384 aa  180  8e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  33.86 
 
 		 397 aa  180  1e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3527  alanine racemase  33.69 
 
 		 379 aa  179  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  34.41 
 
 		 370 aa  179  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  35.42 
 
 		 375 aa  179  3e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6556  alanine racemase  33.33 
 
 		 388 aa  178  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0606  alanine racemase  32.8 
 
 		 382 aa  178  4e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  35.14 
 
 		 361 aa  177  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3461  alanine racemase  33.42 
 
 		 379 aa  177  6e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0934  alanine racemase  33.25 
 
 		 376 aa  177  6e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2785  alanine racemase  31.55 
 
 		 441 aa  177  6e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0448051 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  34.86 
 
 		 373 aa  176  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  35.23 
 
 		 403 aa  176  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1095  alanine racemase  33.95 
 
 		 379 aa  176  1.9999999999999998e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.885061  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1337  alanine racemase  31.34 
 
 		 369 aa  176  1.9999999999999998e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000100581  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  33.42 
 
 		 368 aa  176  1.9999999999999998e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1583  alanine racemase  33.78 
 
 		 395 aa  176  1.9999999999999998e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.545163 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  35.23 
 
 		 403 aa  174  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  33.69 
 
 		 395 aa  174  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  33.69 
 
 		 395 aa  173  9e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  33.42 
 
 		 380 aa  174  9e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  32.55 
 
 		 403 aa  173  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1898  alanine racemase  25.26 
 
 		 849 aa  173  1e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0368912 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2284  alanine racemase  32.88 
 
 		 376 aa  173  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  34.58 
 
 		 395 aa  172  2e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  33.07 
 
 		 396 aa  172  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5375  alanine racemase  32.51 
 
 		 402 aa  172  3e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00596  alanine racemase  34.44 
 
 		 358 aa  171  4e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0975  alanine racemase  33.33 
 
 		 373 aa  171  4e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.585584  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1132  alanine racemase  31.89 
 
 		 380 aa  171  4e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3850  alanine racemase  34.04 
 
 		 384 aa  171  5e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  33.42 
 
 		 395 aa  171  5e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01510  alanine racemase  32.03 
 
 		 421 aa  171  5e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0441968 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  33.51 
 
 		 433 aa  171  7e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  33.42 
 
 		 366 aa  170  8e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1173  alanine racemase  32.8 
 
 		 383 aa  169  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49691  normal  0.0522528 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1146  alanine racemase  32.8 
 
 		 383 aa  169  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1163  alanine racemase  32.8 
 
 		 383 aa  169  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.434451 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  33.33 
 
 		 364 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0939  alanine racemase  33.8 
 
 		 359 aa  168  4e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  33.6 
 
 		 382 aa  167  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07700  alanine racemase  32.55 
 
 		 434 aa  167  5.9999999999999996e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.282075 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  31.82 
 
 		 411 aa  167  5.9999999999999996e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>