More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0542 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0542  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
411 aa  834    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.337517  normal  0.833057 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0066  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.32 
 
 
414 aa  553  1e-156  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1819  ATP-dependent RNA helicase protein  62.25 
 
 
413 aa  525  1e-148  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.832853  normal  0.103099 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.58 
 
 
383 aa  355  1e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.33 
 
 
415 aa  352  8e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.2 
 
 
418 aa  346  5e-94  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.77 
 
 
492 aa  345  6e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.28 
 
 
418 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  44.86 
 
 
446 aa  341  1e-92  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.59 
 
 
418 aa  340  2e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.63 
 
 
514 aa  339  5e-92  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.05 
 
 
418 aa  339  5e-92  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0987  DEAD/DEAH box helicase-like  44.74 
 
 
418 aa  339  5.9999999999999996e-92  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748999  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  44.35 
 
 
424 aa  339  5.9999999999999996e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.59 
 
 
463 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.11 
 
 
550 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.56 
 
 
479 aa  335  9e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.11 
 
 
497 aa  334  1e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.05 
 
 
418 aa  334  2e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.63 
 
 
423 aa  332  6e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.02 
 
 
506 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.56 
 
 
525 aa  332  8e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.56 
 
 
515 aa  332  9e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.56 
 
 
525 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.23 
 
 
439 aa  332  1e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.82 
 
 
489 aa  331  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.87 
 
 
494 aa  332  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.56 
 
 
526 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.41 
 
 
513 aa  331  2e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.75 
 
 
506 aa  330  2e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.28 
 
 
601 aa  330  3e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.42 
 
 
485 aa  330  3e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.14 
 
 
496 aa  330  3e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.64 
 
 
491 aa  330  3e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.48 
 
 
462 aa  330  4e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0320  hypothetical protein  42.74 
 
 
414 aa  329  5.0000000000000004e-89  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1352  putative ATP-dependent RNA helicase 2  43.16 
 
 
559 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.051549  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0981  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.16 
 
 
571 aa  329  6e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1193  DEAD/DEAH box helicase  43.16 
 
 
481 aa  329  6e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.444937  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.16 
 
 
482 aa  328  7e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2235  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.43 
 
 
511 aa  329  7e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.74 
 
 
453 aa  328  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  43.16 
 
 
482 aa  328  7e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  43.16 
 
 
482 aa  328  7e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  43.16 
 
 
482 aa  328  7e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.74 
 
 
453 aa  328  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.16 
 
 
482 aa  328  7e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2355  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.43 
 
 
497 aa  328  7e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651471  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.74 
 
 
453 aa  329  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.74 
 
 
453 aa  328  8e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.74 
 
 
453 aa  328  8e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3295  putative ATP-dependent RNA helicase 2  42.55 
 
 
491 aa  328  9e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.2 
 
 
506 aa  328  9e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.44 
 
 
511 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  44.38 
 
 
495 aa  328  1.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.28 
 
 
599 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0448  DEAD/DEAH box helicase-like  44.32 
 
 
458 aa  328  1.0000000000000001e-88  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0687758  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1595  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.78 
 
 
428 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000842121  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.41 
 
 
437 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.48 
 
 
510 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.14 
 
 
477 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.48 
 
 
510 aa  327  3e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  42.93 
 
 
535 aa  327  3e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.9 
 
 
509 aa  327  3e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.74 
 
 
578 aa  327  3e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3310  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.71 
 
 
507 aa  326  4.0000000000000003e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.74 
 
 
549 aa  326  5e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  43.99 
 
 
510 aa  325  6e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.93 
 
 
454 aa  325  9e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  42.93 
 
 
454 aa  325  1e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.93 
 
 
454 aa  325  1e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.93 
 
 
454 aa  324  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.93 
 
 
454 aa  325  1e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.93 
 
 
454 aa  325  1e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2082  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.82 
 
 
482 aa  325  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.162291 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  42.93 
 
 
454 aa  325  1e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.93 
 
 
455 aa  325  1e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.74 
 
 
549 aa  325  1e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.92 
 
 
499 aa  324  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0617  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.09 
 
 
479 aa  323  3e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.028654 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.4 
 
 
456 aa  323  3e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0304  hypothetical protein  42.2 
 
 
414 aa  323  3e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.88 
 
 
492 aa  323  3e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5658  DEAD/DEAH box helicase-like  42.36 
 
 
527 aa  323  3e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.47 
 
 
443 aa  323  3e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2316  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.78 
 
 
520 aa  323  4e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.78 
 
 
520 aa  323  4e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0312074 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1704  DEAD/DEAH box helicase-like  42.78 
 
 
520 aa  323  4e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.72 
 
 
441 aa  323  4e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.94 
 
 
581 aa  322  5e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.57 
 
 
577 aa  322  5e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.57 
 
 
578 aa  322  5e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.66 
 
 
454 aa  322  6e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1947  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.9 
 
 
459 aa  322  8e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673176  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.16 
 
 
571 aa  322  9.000000000000001e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2155  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.74 
 
 
504 aa  321  9.999999999999999e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.659506  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.63 
 
 
485 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.63 
 
 
485 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.63 
 
 
485 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.63 
 
 
485 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>