193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_R0018 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010424  Daud_R0018    100 
 
 		 358 bp  710    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  89.01 
 
 		 303 bp  204  9.999999999999999e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  87.5 
 
 		 363 bp  174  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    95.56 
 
 		 303 bp  147  2e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  88.24 
 
 		 297 bp  135  9e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  92.05 
 
 		 398 bp  119  6e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 372 bp  113  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    91.03 
 
 		 295 bp  99.6  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0015  RNA component of RNaseP  89.87 
 
 		 313 bp  93.7  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0681345  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  91.46 
 
 		 427 bp  91.7  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 298 bp  87.7  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  89.47 
 
 		 213 bp  87.7  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  89.66 
 
 		 348 bp  85.7  0.000000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 309 bp  83.8  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  89.02 
 
 		 302 bp  83.8  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  90.12 
 
 		 332 bp  81.8  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  90.12 
 
 		 339 bp  81.8  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  88.16 
 
 		 315 bp  79.8  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  88.16 
 
 		 315 bp  79.8  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_DernpB1  sRNA  87.18 
 
 		 261 bp  75.8  0.000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.573184  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  87.18 
 
 		 304 bp  75.8  0.000000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  93.62 
 
 		 323 bp  69.9  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  85.9 
 
 		 359 bp  67.9  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  97.37 
 
 		 296 bp  67.9  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 326 bp  67.9  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 295 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    97.37 
 
 		 295 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  97.37 
 
 		 294 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 295 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  86.17 
 
 		 373 bp  67.9  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  87.65 
 
 		 333 bp  65.9  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 299 bp  65.9  0.000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 318 bp  65.9  0.000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  87.65 
 
 		 328 bp  65.9  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 352 bp  65.9  0.000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    97.3 
 
 		 352 bp  65.9  0.000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    85.87 
 
 		 296 bp  63.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    85.87 
 
 		 296 bp  63.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  85.53 
 
 		 326 bp  63.9  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 356 bp  63.9  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 316 bp  63.9  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 328 bp  63.9  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  85.87 
 
 		 296 bp  63.9  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  86.75 
 
 		 328 bp  61.9  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 304 bp  61.9  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  97.06 
 
 		 293 bp  60  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 292 bp  60  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 291 bp  60  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0029  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 298 bp  60  0.0000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.538332  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 331 bp  60  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 308 bp  60  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 327 bp  60  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 294 bp  60  0.0000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 357 bp  60  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 304 bp  60  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 305 bp  60  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 299 bp  60  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 298 bp  60  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 307 bp  60  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  86.42 
 
 		 339 bp  58  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 335 bp  58  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 329 bp  58  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  86.42 
 
 		 324 bp  58  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    94.59 
 
 		 330 bp  58  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    96.97 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    96.97 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 354 bp  58  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 350 bp  58  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  96.97 
 
 		 296 bp  58  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 304 bp  58  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  96.97 
 
 		 347 bp  58  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  86.42 
 
 		 312 bp  58  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  91.11 
 
 		 422 bp  58  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    96.97 
 
 		 350 bp  58  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0041  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 329 bp  56  0.000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0005  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 381 bp  56  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.328274 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  92.5 
 
 		 297 bp  56  0.000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0036  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 312 bp  56  0.000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.792422 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 334 bp  56  0.000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 342 bp  56  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0021  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 359 bp  56  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0664303 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 369 bp  56  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  96.88 
 
 		 298 bp  56  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0035  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 310 bp  56  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.100496 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  94.44 
 
 		 354 bp  56  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 301 bp  56  0.000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0025  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 368 bp  54  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 338 bp  54  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  96.77 
 
 		 338 bp  54  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  88.24 
 
 		 331 bp  54  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0056  RNase P class A  94.29 
 
 		 276 bp  54  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.441573  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 333 bp  54  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0035  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 326 bp  54  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0052  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 326 bp  54  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>