243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0440 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0440  hypothetical protein  100 
 
 
467 aa  954    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2069  domain of unknown function DUF1727  59.62 
 
 
467 aa  595  1e-169  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0981076  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1206  Mur ligase family protein  42.03 
 
 
451 aa  346  4e-94  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0554717  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1392  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthetase MurC-like protein  42.03 
 
 
451 aa  345  8e-94  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0524526  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0588  hypothetical protein  39.87 
 
 
469 aa  330  4e-89  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.414158  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1345  domain of unknown function DUF1727  41.23 
 
 
476 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000649333  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1627  domain of unknown function DUF1727  37.63 
 
 
462 aa  320  5e-86  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1153  domain of unknown function DUF1727  40.59 
 
 
474 aa  314  1.9999999999999998e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0450  hypothetical protein  38.78 
 
 
445 aa  314  1.9999999999999998e-84  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0500  hypothetical protein  35.34 
 
 
491 aa  311  2e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.496593  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0966  hypothetical protein  36.75 
 
 
464 aa  310  5e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1208  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  37.73 
 
 
449 aa  306  5.0000000000000004e-82  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.970096  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2009  hypothetical protein  36.9 
 
 
466 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000964515  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2945  domain of unknown function DUF1727  35.81 
 
 
474 aa  301  2e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.833945  hitchhiker  0.00605856 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3614  hypothetical protein  35.38 
 
 
463 aa  298  1e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.529006  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1788  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  39.86 
 
 
452 aa  296  4e-79  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0443  domain of unknown function DUF1727  38.25 
 
 
463 aa  296  7e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1785  domain of unknown function DUF1727  37.63 
 
 
446 aa  292  1e-77  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0144804  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1233  Mur ligase family protein  35.9 
 
 
441 aa  291  2e-77  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.198792  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1250  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  37.23 
 
 
455 aa  290  4e-77  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000012325  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0008  hypothetical protein  38.43 
 
 
446 aa  288  2e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3270  domain of unknown function DUF1727  37.06 
 
 
458 aa  287  2.9999999999999996e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.704416  normal  0.0775739 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3016  hypothetical protein  38.2 
 
 
436 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1255  hypothetical protein  33.01 
 
 
507 aa  283  7.000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0884  mur ligase family protein  34.17 
 
 
447 aa  279  7e-74  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3108  domain of unknown function DUF1727  33.19 
 
 
448 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3012  domain of unknown function DUF1727  33.19 
 
 
448 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0985  domain of unknown function DUF1727  36.42 
 
 
443 aa  273  5.000000000000001e-72  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000265712  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1559  domain of unknown function DUF1727  33.76 
 
 
445 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181708 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1599  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  36.38 
 
 
445 aa  266  5e-70  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.709076  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0514  hypothetical protein  32.75 
 
 
445 aa  265  1e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265585  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0013  domain of unknown function DUF1727  36.4 
 
 
444 aa  264  3e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0996  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  36.38 
 
 
455 aa  263  4e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00110541  normal  0.028804 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1027  domain of unknown function DUF1727  36.4 
 
 
456 aa  258  1e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.964533  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3001  domain of unknown function DUF1727  35.52 
 
 
744 aa  258  2e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.954679 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4285  hypothetical protein  33.12 
 
 
447 aa  256  9e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1980  hypothetical protein  33.12 
 
 
437 aa  234  3e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.270286  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1946  hypothetical protein  33.12 
 
 
437 aa  234  3e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.102068  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1430  Mur ligase family protein  32.97 
 
 
437 aa  223  6e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.67526  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17860  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  30.02 
 
 
445 aa  213  7.999999999999999e-54  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.934196  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1231  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  29.56 
 
 
490 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.661721  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0076  Mur ligase middle domain protein  29.65 
 
 
472 aa  179  7e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000585492 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4348  domain of unknown function DUF1727  28.67 
 
 
418 aa  170  5e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0229746  normal  0.964565 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0648  domain of unknown function DUF1727  26.15 
 
 
412 aa  169  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4901  hypothetical protein  28.51 
 
 
408 aa  166  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4990  hypothetical protein  28.51 
 
 
408 aa  166  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5269  hypothetical protein  28.28 
 
 
408 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235064  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2036  domain of unknown function DUF1727  30.52 
 
 
430 aa  162  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000388378 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1706  hypothetical protein  29.44 
 
 
421 aa  162  2e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0418667  hitchhiker  0.00728652 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0442  domain of unknown function DUF1727  29.61 
 
 
425 aa  159  9e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.624005  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13744  ligase  27.93 
 
 
413 aa  158  2e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00431951  normal  0.370504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0913  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  26.27 
 
 
429 aa  157  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323703  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2714  putative ligase  26.38 
 
 
418 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2306  hypothetical protein  31.11 
 
 
429 aa  153  7e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0105732  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1034  domain of unknown function DUF1727  30.71 
 
 
394 aa  150  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4002  domain of unknown function DUF1727  27.83 
 
 
412 aa  149  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5520  hypothetical protein  28.05 
 
 
425 aa  149  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33342  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6531  hypothetical protein  29.76 
 
 
417 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.830465  normal  0.333233 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0282  Mur ligase  29.13 
 
 
416 aa  142  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1291  hypothetical protein  28.21 
 
 
406 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4298  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  26.79 
 
 
411 aa  140  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1327  Mur ligase middle domain protein  28.54 
 
 
470 aa  139  1e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000399076  decreased coverage  0.000242236 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0468  hypothetical protein  25.39 
 
 
424 aa  139  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.748006 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3448  hypothetical protein  26.47 
 
 
420 aa  134  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766091 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3222  hypothetical protein  25.95 
 
 
415 aa  133  6e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0406463 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1442  domain of unknown function DUF1727  27.13 
 
 
408 aa  116  8.999999999999998e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2661  hypothetical protein  26.19 
 
 
410 aa  114  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.857902  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2401  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  22.54 
 
 
455 aa  63.5  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0844  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  22.62 
 
 
468 aa  62  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.952175 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1968  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.46 
 
 
477 aa  61.6  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0316215  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0040  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  25.11 
 
 
518 aa  60.1  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2047  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.45 
 
 
477 aa  59.3  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00131729  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0977  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  23.73 
 
 
457 aa  57.8  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000230391  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1246  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  26.07 
 
 
464 aa  55.8  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09100  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  21.6 
 
 
459 aa  55.8  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3803  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  24 
 
 
485 aa  55.5  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.595794  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1496  UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase  23.93 
 
 
449 aa  55.8  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0486  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  29.52 
 
 
489 aa  55.5  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00092134  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0448  UDP-N-acetylmuramoylalanine/D-glutamate ligase  22.76 
 
 
471 aa  55.5  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.483949  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0773  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  26.02 
 
 
486 aa  54.7  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.03528  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4067  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate/D-alanyl-D-alanyl ligase  22.81 
 
 
482 aa  55.1  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2014  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  23.02 
 
 
483 aa  54.7  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1811  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  34.86 
 
 
449 aa  54.3  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.518837  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0085  cyanophycin synthetase  25.41 
 
 
885 aa  53.9  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0355  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  23.08 
 
 
484 aa  53.9  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000792879 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3088  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.26 
 
 
483 aa  53.5  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.47524  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2723  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.26 
 
 
483 aa  53.5  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0356  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.82 
 
 
479 aa  53.5  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.207602  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1092  UDP-N-acetylmuramate  24.18 
 
 
493 aa  53.5  0.000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1050  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  39.44 
 
 
498 aa  53.1  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0364721  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0403  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  22.64 
 
 
465 aa  53.1  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.100225 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1435  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  22.02 
 
 
455 aa  52.8  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3978  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  22.67 
 
 
468 aa  53.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2843  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  24.73 
 
 
483 aa  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3426  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.27 
 
 
471 aa  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.294637  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4538  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  24.55 
 
 
502 aa  52.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0149307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0397  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  27.78 
 
 
499 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00903  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  24.54 
 
 
485 aa  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09040  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  31.37 
 
 
499 aa  52.4  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0396  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  27.78 
 
 
499 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>