192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0767 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  100 
 
 
451 aa  941    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  57.24 
 
 
459 aa  536  1e-151  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  57.43 
 
 
468 aa  532  1e-150  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  50.41 
 
 
495 aa  487  1e-136  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  51.75 
 
 
462 aa  480  1e-134  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  51.94 
 
 
450 aa  473  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  51.12 
 
 
469 aa  456  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  51.48 
 
 
461 aa  451  1e-125  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  50.78 
 
 
447 aa  449  1e-125  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.3 
 
 
452 aa  423  1e-117  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  48.28 
 
 
487 aa  420  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.54 
 
 
473 aa  421  1e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50 
 
 
494 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  46.36 
 
 
506 aa  386  1e-106  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  43.74 
 
 
511 aa  378  1e-103  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  46.03 
 
 
477 aa  371  1e-101  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  46.03 
 
 
477 aa  371  1e-101  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  43.21 
 
 
464 aa  365  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.01 
 
 
466 aa  355  6.999999999999999e-97  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.77 
 
 
449 aa  341  2e-92  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.18 
 
 
448 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.35 
 
 
455 aa  327  2.0000000000000001e-88  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  41.43 
 
 
468 aa  325  1e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  40.09 
 
 
453 aa  321  1.9999999999999998e-86  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  40.05 
 
 
446 aa  318  9e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.18 
 
 
456 aa  308  9e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.29 
 
 
462 aa  291  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.74 
 
 
476 aa  290  3e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.16 
 
 
467 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.11 
 
 
465 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.82 
 
 
467 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.83 
 
 
467 aa  278  2e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  37.04 
 
 
467 aa  268  2e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  32.36 
 
 
493 aa  234  2.0000000000000002e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  34.02 
 
 
486 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.41 
 
 
490 aa  225  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  33.61 
 
 
486 aa  224  3e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  34.12 
 
 
496 aa  223  8e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  33.2 
 
 
490 aa  216  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  32.99 
 
 
493 aa  215  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  29.95 
 
 
843 aa  183  7e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1907  DNA photolyase, class 2  55.14 
 
 
104 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  32 
 
 
495 aa  78.2  0.0000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.45 
 
 
476 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.81 
 
 
476 aa  75.1  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.16 
 
 
476 aa  73.6  0.000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.87 
 
 
484 aa  72.8  0.00000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25 
 
 
476 aa  72  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25 
 
 
476 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25 
 
 
469 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  25 
 
 
476 aa  70.5  0.00000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0237  deoxyribodipyrimidine photolyase-like  43.42 
 
 
114 aa  68.2  0.0000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.969227  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.77 
 
 
452 aa  67.4  0.0000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.07 
 
 
434 aa  66.2  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.4 
 
 
476 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  31.36 
 
 
471 aa  65.1  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  31.36 
 
 
471 aa  64.7  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.12 
 
 
486 aa  64.7  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.39 
 
 
475 aa  63.9  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.8 
 
 
471 aa  62  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.16 
 
 
483 aa  62  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.15 
 
 
505 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.46 
 
 
479 aa  60.8  0.00000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.04 
 
 
477 aa  60.5  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  23.68 
 
 
471 aa  60.1  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.49 
 
 
469 aa  60.1  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.89 
 
 
454 aa  60.1  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.38 
 
 
478 aa  59.3  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.41 
 
 
487 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  22.83 
 
 
474 aa  58.9  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.22 
 
 
499 aa  58.5  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  30.13 
 
 
474 aa  58.9  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  22.88 
 
 
493 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.29 
 
 
475 aa  58.9  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.13 
 
 
475 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.03 
 
 
477 aa  58.2  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.15 
 
 
470 aa  57.4  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  22.51 
 
 
493 aa  57  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.37 
 
 
481 aa  57  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.93 
 
 
497 aa  56.6  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.9 
 
 
499 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.34 
 
 
511 aa  55.8  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.8 
 
 
475 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.62 
 
 
513 aa  55.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  22.76 
 
 
493 aa  55.5  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.75 
 
 
484 aa  55.1  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.27 
 
 
471 aa  55.5  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.35 
 
 
477 aa  54.7  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.65 
 
 
470 aa  54.3  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.71 
 
 
475 aa  54.3  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.25 
 
 
483 aa  53.9  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.19 
 
 
476 aa  53.9  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.82 
 
 
486 aa  53.9  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.83 
 
 
481 aa  53.9  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.73 
 
 
490 aa  53.5  0.000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.1 
 
 
483 aa  53.5  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.43 
 
 
480 aa  53.5  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.44 
 
 
453 aa  52.8  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.2 
 
 
492 aa  52.8  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.06 
 
 
493 aa  52.8  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>