More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1778 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_1778  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
349 aa  724    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00040311  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2291  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.9 
 
 
349 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.494545  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1995  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.61 
 
 
357 aa  597  1e-170  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.10362  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0516  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.48 
 
 
349 aa  584  1e-166  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1911  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  80.92 
 
 
355 aa  587  1e-166  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0259449 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1723  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  82.11 
 
 
341 aa  583  1.0000000000000001e-165  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000370368  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1917  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.02 
 
 
354 aa  567  1e-161  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.20541 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1758  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.19 
 
 
355 aa  568  1e-161  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0506683 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0419  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  77.59 
 
 
350 aa  558  1e-158  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.29 
 
 
350 aa  555  1e-157  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1889  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  78.4 
 
 
345 aa  556  1e-157  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0868281  hitchhiker  0.00930049 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5840  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.93 
 
 
352 aa  538  9.999999999999999e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.481427 
 
 
-
 
NC_002950  PG1560  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.33 
 
 
354 aa  535  1e-151  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1511  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.55 
 
 
351 aa  527  1e-148  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2895  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.3 
 
 
351 aa  521  1e-147  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.105937 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3391  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.7 
 
 
354 aa  518  1e-146  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.478209  normal  0.0989265 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13118  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.65 
 
 
350 aa  519  1e-146  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.399683  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0354  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.35 
 
 
348 aa  516  1.0000000000000001e-145  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0216  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.67 
 
 
330 aa  468  1.0000000000000001e-131  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.240285  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2366  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.85 
 
 
358 aa  437  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.501885  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1658  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.2 
 
 
359 aa  432  1e-120  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.548961  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2473  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.98 
 
 
358 aa  431  1e-120  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3273  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.12 
 
 
357 aa  432  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1350  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.94 
 
 
363 aa  431  1e-120  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.505877  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2098  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.77 
 
 
356 aa  429  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0899  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.65 
 
 
355 aa  426  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4439400000000002e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3346  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.4 
 
 
355 aa  427  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.71 
 
 
362 aa  419  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.4 
 
 
354 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.83 
 
 
353 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.99 
 
 
355 aa  401  9.999999999999999e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.37 
 
 
360 aa  398  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.77 
 
 
353 aa  396  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.15 
 
 
361 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.15 
 
 
361 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.58 
 
 
358 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.15 
 
 
361 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.15 
 
 
361 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.46 
 
 
358 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.98 
 
 
353 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3035  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.11 
 
 
362 aa  394  1e-109  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.06 
 
 
361 aa  395  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.13 
 
 
397 aa  395  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.13 
 
 
400 aa  394  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.98 
 
 
353 aa  395  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.13 
 
 
400 aa  394  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.51 
 
 
361 aa  395  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.49 
 
 
366 aa  391  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.13 
 
 
353 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.13 
 
 
353 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.13 
 
 
353 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.13 
 
 
400 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.14 
 
 
358 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1986  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.6 
 
 
352 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149951  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.93 
 
 
358 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3861  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.98 
 
 
350 aa  392  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646368 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.6 
 
 
361 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0957  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.39 
 
 
357 aa  394  1e-108  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.177421 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.13 
 
 
353 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1491  dTDP-D-glucose-46-dehydratase  58.24 
 
 
352 aa  394  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170996  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.25 
 
 
354 aa  394  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  55.4 
 
 
361 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.68 
 
 
361 aa  388  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3582  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.73 
 
 
342 aa  391  1e-107  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.53 
 
 
365 aa  390  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.86 
 
 
356 aa  388  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.83 
 
 
352 aa  389  1e-107  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0926  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.77 
 
 
366 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770588  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1212  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.93 
 
 
360 aa  391  1e-107  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.809645  decreased coverage  0.00336065 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.41 
 
 
353 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.07 
 
 
352 aa  389  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.41 
 
 
353 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  55.4 
 
 
361 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.7 
 
 
353 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.68 
 
 
361 aa  390  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0209  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.56 
 
 
350 aa  389  1e-107  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.02 
 
 
367 aa  390  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.78 
 
 
360 aa  388  1e-107  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.41 
 
 
353 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.7 
 
 
353 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1272  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.55 
 
 
351 aa  391  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.447034 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.14 
 
 
355 aa  386  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.9 
 
 
357 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4019  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.56 
 
 
352 aa  386  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.68615  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.67 
 
 
354 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204421 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3969  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.56 
 
 
353 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00429727  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.97 
 
 
351 aa  387  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1618  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.27 
 
 
359 aa  387  1e-106  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1183  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.26 
 
 
351 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.769877  normal  0.417509 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.59 
 
 
371 aa  387  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  56.65 
 
 
363 aa  383  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  56.65 
 
 
363 aa  383  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.71 
 
 
355 aa  382  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.9 
 
 
359 aa  384  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.29 
 
 
350 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.57 
 
 
355 aa  384  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.52 
 
 
355 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.52 
 
 
355 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.77 
 
 
359 aa  383  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.61 
 
 
345 aa  383  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>