More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_1156 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_1156  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  611  9.999999999999999e-175  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3536  transcriptional regulator, LysR family  54.79 
 
 		 318 aa  287  2e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246229  normal  0.724782 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1578  transcriptional regulator, LysR family  49.5 
 
 		 298 aa  259  3e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.492151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2825  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 297 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0726357  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3361  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 298 aa  248  1e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107379  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1832  LysR family transcriptional regulator  48.92 
 
 		 298 aa  225  7e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2423  LysR family transcriptional regulator  47.21 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.537567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01219  putative LysR-family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0639  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.87643  normal  0.130782 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0310  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 287 aa  166  4e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.76271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0949  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.634879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1350  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 303 aa  135  8e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3381  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3502  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3271  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045725 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6757  transcriptional regulator, LysR family  25.9 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.782335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 282 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 282 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 328 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 282 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 282 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 282 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 282 aa  88.6  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4755  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.18022  normal  0.625296 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 282 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 367 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7793  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 328 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0758  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 301 aa  80.1  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.733983  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 286 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  29.24 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  35.83 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0171  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 326 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.231188 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1471  transcriptional regulator, LysR family  22.12 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0676455 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0392  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 325 aa  74.7  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  33.97 
 
 		 288 aa  74.3  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 337 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 312 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.57 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1687  LysR family regulatory protein  28.66 
 
 		 453 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 350 aa  73.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  33.21 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 313 aa  72.4  0.000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4056  LysR family substrate binding transcriptional regulator  25.35 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0324  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 320 aa  72  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.544566  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1918  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 312 aa  72  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3348  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  27.78 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0234  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 448 aa  72  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3339  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 302 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0160  transcription regulator protein  28.57 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  0.705877 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3150  transcriptional regulator, LysR family  33.52 
 
 		 297 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 329 aa  71.2  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0235  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 454 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.920099  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  28.84 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1219  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 448 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2195  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 320 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0933  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 453 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>