More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4173 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_4173  formyl transferase-like  100 
 
 
385 aa  767    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4344  putative methionyl-tRNA formyltransferase  64.62 
 
 
197 aa  246  4e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.291345 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2611  formyl transferase-like  63.59 
 
 
196 aa  245  9e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.237931  hitchhiker  0.0033937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2861  Formyl transferase-like  63.21 
 
 
196 aa  242  6e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0686997  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1225  hypothetical protein  40.41 
 
 
196 aa  139  7e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000058446  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3397  hypothetical protein  39.9 
 
 
196 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  45.56 
 
 
181 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05930  ACT domain-containing regulatory protein  40.36 
 
 
172 aa  120  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000527553  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06310  ACT domain-containing protein  38.55 
 
 
171 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183389  normal  0.204088 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1273  amino acid-binding ACT domain protein  42.29 
 
 
177 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0587  hypothetical protein  38.55 
 
 
171 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000555119  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2002  amino acid-binding ACT domain-containing protein  37.72 
 
 
173 aa  117  3.9999999999999997e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5182  ACT domain-containing protein  37.35 
 
 
172 aa  113  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248291  normal  0.129275 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4094  amino acid-binding ACT domain-containing protein  38.55 
 
 
172 aa  111  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4699  amino acid-binding ACT  35.67 
 
 
180 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000305264  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0481  ACT domain protein  35.33 
 
 
172 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000098406  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0385  amino acid-binding ACT domain-containing protein  36.14 
 
 
172 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000250758  normal  0.230246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4845  amino acid-binding ACT domain-containing protein  34.94 
 
 
172 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325717  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0357  ACT domain-containing protein  35.54 
 
 
172 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000156308  normal  0.422502 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0332  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.14 
 
 
172 aa  94  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0383  amino acid-binding ACT domain-containing protein  34.94 
 
 
172 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000019763  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1943  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.73 
 
 
175 aa  90.5  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1150  cellulose-binding family II protein  29.07 
 
 
178 aa  87.8  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03152  ACT domain protein  32.12 
 
 
168 aa  84.7  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18740  glycine cleavage system regulatory protein  35.63 
 
 
181 aa  83.6  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.960027  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3321  amino acid-binding ACT  28.31 
 
 
170 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2572  methionyl-tRNA formyltransferase  30.46 
 
 
310 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201964  normal  0.52335 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4822  formyl transferase domain protein  30.64 
 
 
310 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0280468  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3885  ACT domain-containing protein  26.06 
 
 
165 aa  70.9  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1572  methionyl-tRNA formyltransferase  35.29 
 
 
332 aa  70.1  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0866  methionyl-tRNA formyltransferase  35.78 
 
 
299 aa  68.9  0.0000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1548  methionyl-tRNA formyltransferase  35.29 
 
 
332 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0899  methionyl-tRNA formyltransferase  41.67 
 
 
317 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3948  methionyl-tRNA formyltransferase  31.46 
 
 
334 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0943  methionyl-tRNA formyltransferase  34.15 
 
 
326 aa  68.2  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2540  formyl transferase domain-containing protein  36.05 
 
 
285 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.05523  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2790  methionyl-tRNA formyltransferase  30.06 
 
 
310 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.410887  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2763  formyl transferase domain protein  35.37 
 
 
285 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535373  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_004310  BR0517  formyltransferase, putative  33.88 
 
 
259 aa  66.2  0.0000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0521  putative formyltransferase  33.88 
 
 
259 aa  66.2  0.0000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.88 
 
 
175 aa  66.2  0.0000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1529  methionyl-tRNA formyltransferase  28.44 
 
 
312 aa  66.2  0.0000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.525395  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0896  amino acid-binding ACT domain protein  29.41 
 
 
173 aa  65.1  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00320944  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  33.57 
 
 
314 aa  65.5  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0641  methionyl-tRNA formyltransferase  28 
 
 
310 aa  65.1  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1697  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.22 
 
 
165 aa  65.5  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.54674 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  33.57 
 
 
314 aa  65.5  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  27.85 
 
 
313 aa  64.3  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.691189  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0409  methionyl-tRNA formyltransferase  27.85 
 
 
313 aa  64.3  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1412  putative formyltransferase  31.97 
 
 
311 aa  64.7  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2468  formyl transferase domain protein  34.69 
 
 
286 aa  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0908762 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1499  formyl transferase domain protein  32.04 
 
 
456 aa  63.5  0.000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.290814  hitchhiker  0.000921551 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3457  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  33.33 
 
 
185 aa  63.5  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2291  methionyl-tRNA formyltransferase  28.77 
 
 
319 aa  63.2  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3514  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.18 
 
 
186 aa  62.8  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.160997  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2533  glycine cleavage system regulatory protein  28.57 
 
 
179 aa  62  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1500  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.54 
 
 
166 aa  62  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000613254  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1678  methionyl-tRNA formyltransferase  32.73 
 
 
318 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3969  amino acid-binding ACT domain protein  28.65 
 
 
188 aa  61.2  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0100488  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  32.8 
 
 
307 aa  61.2  0.00000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0079  methionyl-tRNA formyltransferase  31.85 
 
 
316 aa  60.8  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0787  methionyl-tRNA formyltransferase  29.55 
 
 
316 aa  60.5  0.00000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1275  methionyl-tRNA formyltransferase  29.46 
 
 
311 aa  60.1  0.00000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1300  methionyl-tRNA formyltransferase  29.46 
 
 
311 aa  60.1  0.00000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.247026  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2843  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  31.18 
 
 
668 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322328  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1943  formyl transferase domain protein  34.88 
 
 
282 aa  59.7  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.680515  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1833  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  26.84 
 
 
667 aa  59.3  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1727  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  26.84 
 
 
667 aa  59.3  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.9 
 
 
179 aa  58.9  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2610  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  26.84 
 
 
667 aa  59.3  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0568  methionyl-tRNA formyltransferase  27.55 
 
 
311 aa  59.3  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000116959  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45408  predicted protein  28 
 
 
220 aa  58.9  0.0000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0415  methionyl-tRNA formyltransferase  31.34 
 
 
311 aa  59.3  0.0000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.467918  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4569  formyl transferase domain-containing protein  42.03 
 
 
304 aa  58.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4386  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.35 
 
 
188 aa  58.9  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.523733  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09900  methionyl-tRNA formyltransferase  25.35 
 
 
316 aa  58.9  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0782  methionyl-tRNA formyltransferase  28.46 
 
 
310 aa  58.5  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.606283  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1722  ACT domain-containing protein  26.54 
 
 
166 aa  58.2  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1592  methionyl-tRNA formyltransferase  34.86 
 
 
359 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2691  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  30.82 
 
 
664 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323806  normal  0.284705 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02738  hypothetical protein  25.6 
 
 
170 aa  58.5  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0972  methionyl-tRNA formyltransferase  31.4 
 
 
314 aa  58.2  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.319816  normal  0.276171 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4055  amino acid-binding ACT domain protein  28.65 
 
 
188 aa  58.2  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2479  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.59 
 
 
183 aa  58.2  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  31.54 
 
 
322 aa  58.9  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2949  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.71 
 
 
183 aa  58.5  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.582988 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2582  methionyl-tRNA formyltransferase  28.84 
 
 
328 aa  58.5  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.0097642  normal  0.0138205 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0410  methionyl-tRNA formyltransferase  34.38 
 
 
301 aa  58.2  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0319  formyl transferase domain-containing protein  35.71 
 
 
281 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20234  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2491  methionyl-tRNA formyltransferase  26.29 
 
 
319 aa  57.8  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2176  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.81 
 
 
179 aa  57.8  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00808907  normal  0.900227 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003104  glycine cleavage system regulatory protein  24.4 
 
 
170 aa  57.8  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00303201  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42571  predicted protein  27.87 
 
 
1319 aa  58.2  0.0000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1847  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.11 
 
 
184 aa  58.2  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00121314  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  30.3 
 
 
330 aa  57.4  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0487  methionyl-tRNA formyltransferase  33.04 
 
 
314 aa  57.8  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0945  formyl transferase domain-containing protein  34.82 
 
 
286 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.777167  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1433  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.69 
 
 
166 aa  57.4  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2413  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.29 
 
 
183 aa  57.4  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.204037  hitchhiker  0.00509125 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2628  ACT domain-containing protein  25.31 
 
 
166 aa  57.4  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>