112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2176 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2176  amino acid-binding ACT domain-containing protein  100 
 
 
179 aa  370  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00808907  normal  0.900227 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2431  amino acid-binding ACT domain-containing protein  83.15 
 
 
179 aa  317  5e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0267912  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1979  amino acid-binding ACT domain-containing protein  82.18 
 
 
178 aa  301  2.0000000000000002e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00211865  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1847  amino acid-binding ACT domain-containing protein  78.65 
 
 
184 aa  295  3e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00121314  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1878  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  79.21 
 
 
183 aa  291  4e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2413  amino acid-binding ACT domain-containing protein  80.35 
 
 
183 aa  290  7e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.204037  hitchhiker  0.00509125 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2341  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  80.35 
 
 
183 aa  288  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.106946  hitchhiker  0.000000443735 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1655  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  78.65 
 
 
183 aa  289  2e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111603  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1701  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  79.21 
 
 
183 aa  288  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0560544  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2591  amino acid-binding ACT domain-containing protein  79.19 
 
 
183 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000275101  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1909  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  76.44 
 
 
175 aa  282  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0700677  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2553  amino acid-binding ACT domain-containing protein  79.19 
 
 
183 aa  282  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000108497  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2668  amino acid-binding ACT domain-containing protein  79.19 
 
 
183 aa  282  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000549184  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1791  amino acid-binding ACT domain protein  79.19 
 
 
183 aa  282  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000108735  hitchhiker  0.00000000136293 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1863  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  74.14 
 
 
178 aa  275  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000211112  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1734  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  68.54 
 
 
178 aa  267  7e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.103341  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3185  glycine cleavage system transcriptional repressor  41.1 
 
 
176 aa  138  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168662  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1739  putative glycine cleavage system transcriptional repressor  42.75 
 
 
180 aa  127  6e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2380  glycine cleavage system transcriptional repressor (Gcv operon repressor)  45.6 
 
 
175 aa  123  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03188  glycine cleavage system transcriptional repressor  44 
 
 
180 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3510  glycine cleavage system transcriptional repressor  37.28 
 
 
228 aa  119  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.261645  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1136  glycine cleavage system transcriptional repressor  37.28 
 
 
183 aa  119  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002792  glycine cleavage system transcriptional antiactivator GcvR  35.03 
 
 
180 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3180  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.47 
 
 
183 aa  115  5e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.200609  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02138  glycine cleavage system transcriptional repressor  37.25 
 
 
187 aa  114  7.999999999999999e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.11679  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02371  DNA-binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA  36.09 
 
 
190 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1190  amino acid-binding ACT domain protein  36.09 
 
 
190 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2611  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.09 
 
 
212 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2761  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.09 
 
 
212 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1197  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.09 
 
 
190 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2626  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.09 
 
 
190 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2851  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.09 
 
 
212 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3701  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.09 
 
 
190 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02333  hypothetical protein  36.09 
 
 
190 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1246  glycine cleavage system transcriptional repressor  40.15 
 
 
189 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3131  glycine cleavage system transcriptional repressor  40.15 
 
 
204 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.590147  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1361  glycine cleavage system transcriptional repressor  40.15 
 
 
204 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.243595  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2985  amino acid-binding ACT domain protein  35.58 
 
 
204 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2975  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.12 
 
 
186 aa  109  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.457313 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2683  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.88 
 
 
190 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2749  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.88 
 
 
190 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2724  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.88 
 
 
190 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2635  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.88 
 
 
190 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2856  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.88 
 
 
190 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166466  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1071  amino acid-binding ACT domain protein  34.32 
 
 
189 aa  104  5e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2479  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.68 
 
 
183 aa  102  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.23 
 
 
175 aa  102  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2479  glycine cleavage system transcriptional repressor  27.75 
 
 
175 aa  101  7e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.204447  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  29.31 
 
 
184 aa  97.4  8e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  32.02 
 
 
179 aa  97.4  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2525  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.71 
 
 
177 aa  97.4  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0896  amino acid-binding ACT domain protein  28 
 
 
173 aa  77.4  0.0000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00320944  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0665  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.42 
 
 
175 aa  67.4  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0527  amino acid-binding ACT domain protein  26.97 
 
 
185 aa  64.7  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3496  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25 
 
 
181 aa  62.8  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0411  amino acid-binding ACT domain protein  21.51 
 
 
184 aa  62.8  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.404844  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3554  amino acid-binding ACT  24.28 
 
 
189 aa  62.8  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0217681  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1510  amino acid-binding ACT domain protein  23.7 
 
 
186 aa  62.8  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0143098  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51280  hypothetical protein  22.29 
 
 
185 aa  62  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000412159 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2533  glycine cleavage system regulatory protein  22.95 
 
 
179 aa  62  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3457  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  21.05 
 
 
185 aa  60.8  0.000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1662  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  22.29 
 
 
185 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.620178  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4388  hypothetical protein  22.29 
 
 
185 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1236  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  23.43 
 
 
186 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1266  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  23.43 
 
 
186 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.747511 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2032  amino acid-binding ACT domain protein  28.68 
 
 
178 aa  60.1  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0169147  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4182  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.43 
 
 
186 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3976  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.43 
 
 
186 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1273  amino acid-binding ACT domain protein  27.84 
 
 
177 aa  58.2  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4173  formyl transferase-like  27.81 
 
 
385 aa  57.8  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3954  hypothetical protein  24.43 
 
 
187 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.48734  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1547  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.86 
 
 
187 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.32693  normal  0.0290661 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1150  cellulose-binding family II protein  24.58 
 
 
178 aa  56.2  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1837  glycine cleavage system transcriptional repressor  20.57 
 
 
191 aa  55.1  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.412104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1370  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.3 
 
 
186 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.595019  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1898  transcriptional regulator  20.57 
 
 
208 aa  54.7  0.0000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4094  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.44 
 
 
172 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4386  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.91 
 
 
188 aa  53.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.523733  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00127  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.87 
 
 
159 aa  53.5  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0355979  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0493  amino acid-binding ACT domain protein  21.76 
 
 
165 aa  53.1  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  23.3 
 
 
181 aa  52.4  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0918  hypothetical protein  37.68 
 
 
90 aa  51.2  0.000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0844317  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2949  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.16 
 
 
183 aa  50.8  0.000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.582988 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3969  amino acid-binding ACT domain protein  21.84 
 
 
188 aa  50.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0100488  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4055  amino acid-binding ACT domain protein  21.26 
 
 
188 aa  50.8  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4699  amino acid-binding ACT  22.54 
 
 
180 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000305264  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35350  Transcriptional repressor glycine cleavage system-like protein  20.25 
 
 
165 aa  50.1  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8574  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  25.62 
 
 
165 aa  48.9  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1965  ACT domain-containing protein  22.03 
 
 
183 aa  48.9  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2002  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.73 
 
 
173 aa  48.5  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0587  hypothetical protein  22.35 
 
 
171 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000555119  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0481  ACT domain protein  22.73 
 
 
172 aa  47  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000098406  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3703  glycine cleavage system regulatory protein-like  22.41 
 
 
183 aa  47.4  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0230  hypothetical protein  34.78 
 
 
90 aa  47.4  0.0001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.867874  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06310  ACT domain-containing protein  20.59 
 
 
171 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183389  normal  0.204088 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3514  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.22 
 
 
186 aa  46.6  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.160997  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1534  hypothetical protein  33.33 
 
 
90 aa  46.6  0.0002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18740  glycine cleavage system regulatory protein  27.81 
 
 
181 aa  46.2  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.960027  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05930  ACT domain-containing regulatory protein  23.39 
 
 
172 aa  46.6  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000527553  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45408  predicted protein  22.78 
 
 
220 aa  45.8  0.0003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>