99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1136 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1136  glycine cleavage system transcriptional repressor  100 
 
 		 183 aa  378  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3180  glycine cleavage system transcriptional repressor  97.27 
 
 		 183 aa  367  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.200609  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2985  amino acid-binding ACT domain protein  86.34 
 
 		 204 aa  327  5.0000000000000004e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1071  amino acid-binding ACT domain protein  86.81 
 
 		 189 aa  326  9e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3510  glycine cleavage system transcriptional repressor  78.69 
 
 		 228 aa  297  5e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.261645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2683  glycine cleavage system transcriptional repressor  77.6 
 
 		 190 aa  293  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2856  glycine cleavage system transcriptional repressor  77.6 
 
 		 190 aa  293  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2635  glycine cleavage system transcriptional repressor  77.6 
 
 		 190 aa  293  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2724  glycine cleavage system transcriptional repressor  77.6 
 
 		 190 aa  293  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2749  glycine cleavage system transcriptional repressor  77.6 
 
 		 190 aa  293  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02371  DNA-binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA  77.09 
 
 		 190 aa  292  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1197  glycine cleavage system transcriptional repressor  77.09 
 
 		 190 aa  292  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2626  glycine cleavage system transcriptional repressor  77.09 
 
 		 190 aa  292  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1361  glycine cleavage system transcriptional repressor  75.96 
 
 		 204 aa  293  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.243595  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3131  glycine cleavage system transcriptional repressor  75.96 
 
 		 204 aa  293  1e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.590147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3701  glycine cleavage system transcriptional repressor  77.09 
 
 		 190 aa  292  1e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02333  hypothetical protein  77.09 
 
 		 190 aa  292  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1190  amino acid-binding ACT domain protein  77.09 
 
 		 190 aa  292  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2851  glycine cleavage system transcriptional repressor  77.09 
 
 		 212 aa  292  2e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2761  glycine cleavage system transcriptional repressor  77.09 
 
 		 212 aa  292  2e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2611  glycine cleavage system transcriptional repressor  77.09 
 
 		 212 aa  292  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1246  glycine cleavage system transcriptional repressor  75.82 
 
 		 189 aa  291  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2975  glycine cleavage system transcriptional repressor  73.63 
 
 		 186 aa  278  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.457313 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1739  putative glycine cleavage system transcriptional repressor  41.81 
 
 		 180 aa  140  8e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2380  glycine cleavage system transcriptional repressor (Gcv operon repressor)  42.01 
 
 		 175 aa  132  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002792  glycine cleavage system transcriptional antiactivator GcvR  38.73 
 
 		 180 aa  130  9e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03188  glycine cleavage system transcriptional repressor  38.15 
 
 		 180 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1909  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  39.02 
 
 		 175 aa  120  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0700677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1979  amino acid-binding ACT domain-containing protein  38.69 
 
 		 178 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00211865  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2176  amino acid-binding ACT domain-containing protein  37.28 
 
 		 179 aa  119  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00808907  normal  0.900227 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1878  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  37.65 
 
 		 183 aa  117  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2413  amino acid-binding ACT domain-containing protein  37.65 
 
 		 183 aa  117  9e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.204037  hitchhiker  0.00509125 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2431  amino acid-binding ACT domain-containing protein  36.09 
 
 		 179 aa  114  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0267912  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1734  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  34.91 
 
 		 178 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.103341  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1655  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  37.04 
 
 		 183 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1701  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  37.04 
 
 		 183 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0560544  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2341  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  37.04 
 
 		 183 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.106946  hitchhiker  0.000000443735 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2591  amino acid-binding ACT domain-containing protein  35.71 
 
 		 183 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000275101  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2668  amino acid-binding ACT domain-containing protein  35.12 
 
 		 183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000549184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1791  amino acid-binding ACT domain protein  35.12 
 
 		 183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000108735  hitchhiker  0.00000000136293 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2553  amino acid-binding ACT domain-containing protein  35.12 
 
 		 183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000108497  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1863  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  35.12 
 
 		 178 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000211112  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3185  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.05 
 
 		 176 aa  107  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168662  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2525  glycine cleavage system transcriptional repressor  33.33 
 
 		 177 aa  106  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1847  amino acid-binding ACT domain-containing protein  41.61 
 
 		 184 aa  105  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00121314  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.33 
 
 		 175 aa  104  5e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2479  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.33 
 
 		 183 aa  98.6  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  32.35 
 
 		 184 aa  95.5  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  31.79 
 
 		 179 aa  95.1  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2479  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.76 
 
 		 175 aa  85.9  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.204447  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02138  glycine cleavage system transcriptional repressor  31.4 
 
 		 187 aa  80.5  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.11679  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0411  amino acid-binding ACT domain protein  27.54 
 
 		 184 aa  78.2  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.404844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1510  amino acid-binding ACT domain protein  27.22 
 
 		 186 aa  74.7  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0143098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1837  glycine cleavage system transcriptional repressor  27.81 
 
 		 191 aa  74.3  0.0000000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.412104  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1898  transcriptional regulator  27.81 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1662  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  28.47 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.620178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00127  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.08 
 
 		 159 aa  69.7  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0355979  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3976  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.68 
 
 		 186 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0527  amino acid-binding ACT domain protein  30.83 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1236  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  28.68 
 
 		 186 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1266  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  28.68 
 
 		 186 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.747511 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4182  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.68 
 
 		 186 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3457  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  28.32 
 
 		 185 aa  64.3  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0665  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  26.99 
 
 		 175 aa  62.4  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3554  amino acid-binding ACT  31.25 
 
 		 189 aa  61.2  0.000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0217681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1370  glycine cleavage system transcriptional repressor  27.01 
 
 		 186 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.595019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2032  amino acid-binding ACT domain protein  28.99 
 
 		 178 aa  59.3  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0169147  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3496  amino acid-binding ACT domain-containing protein  31.34 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0493  amino acid-binding ACT domain protein  28.99 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3954  hypothetical protein  27.74 
 
 		 187 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.48734  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1547  glycine cleavage system transcriptional repressor  27.01 
 
 		 187 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.32693  normal  0.0290661 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_92913  predicted protein  31.5 
 
 		 181 aa  54.3  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00941527  normal  0.3672 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0896  amino acid-binding ACT domain protein  30.65 
 
 		 173 aa  54.3  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00320944  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51280  hypothetical protein  22.81 
 
 		 185 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000412159 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45408  predicted protein  30.3 
 
 		 220 aa  53.9  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4388  hypothetical protein  22.81 
 
 		 185 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2002  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.06 
 
 		 173 aa  52.8  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3514  amino acid-binding ACT domain-containing protein  31.62 
 
 		 186 aa  52.4  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.160997  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4386  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.37 
 
 		 188 aa  51.6  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.523733  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8574  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  45.65 
 
 		 165 aa  50.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0621  amino acid-binding ACT domain protein  29.63 
 
 		 187 aa  49.7  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4055  amino acid-binding ACT domain protein  28.57 
 
 		 188 aa  49.3  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2949  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.49 
 
 		 183 aa  49.3  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.582988 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0479  ACT domain-containing protein  28.12 
 
 		 183 aa  48.1  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.219232 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0230  hypothetical protein  46.94 
 
 		 90 aa  47.4  0.0001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.867874  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05930  ACT domain-containing regulatory protein  26.28 
 
 		 172 aa  47.4  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000527553  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3969  amino acid-binding ACT domain protein  28.57 
 
 		 188 aa  47.4  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0100488  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2533  glycine cleavage system regulatory protein  27.78 
 
 		 179 aa  47.4  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35350  Transcriptional repressor glycine cleavage system-like protein  22.03 
 
 		 165 aa  46.6  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0918  hypothetical protein  42.03 
 
 		 90 aa  45.4  0.0004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0844317  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0437  ACT domain protein  26.28 
 
 		 173 aa  45.4  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0599  amino acid-binding ACT domain protein  26.28 
 
 		 173 aa  45.4  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0612  hypothetical protein  48.89 
 
 		 92 aa  45.4  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287518  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0587  hypothetical protein  23.57 
 
 		 171 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000555119  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1683  hypothetical protein  44.9 
 
 		 90 aa  44.7  0.0008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  25.6 
 
 		 181 aa  43.9  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06310  ACT domain-containing protein  24.29 
 
 		 171 aa  42.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183389  normal  0.204088 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1534  hypothetical protein  35.62 
 
 		 90 aa  42.7  0.003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5182  ACT domain-containing protein  21.6 
 
 		 172 aa  41.6  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248291  normal  0.129275 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>