142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0896 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0896  amino acid-binding ACT domain protein  100 
 
 
173 aa  338  2.9999999999999998e-92  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00320944  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2533  glycine cleavage system regulatory protein  40.22 
 
 
179 aa  135  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4386  amino acid-binding ACT domain-containing protein  38.33 
 
 
188 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.523733  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3457  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  39.89 
 
 
185 aa  129  3e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0493  amino acid-binding ACT domain protein  43.79 
 
 
165 aa  128  3e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4055  amino acid-binding ACT domain protein  37.57 
 
 
188 aa  120  6e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3554  amino acid-binding ACT  33.33 
 
 
189 aa  120  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0217681  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3969  amino acid-binding ACT domain protein  38.29 
 
 
188 aa  120  8e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0100488  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0527  amino acid-binding ACT domain protein  36.67 
 
 
185 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3514  amino acid-binding ACT domain-containing protein  34.27 
 
 
186 aa  111  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.160997  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3496  amino acid-binding ACT domain-containing protein  37.63 
 
 
181 aa  105  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0599  amino acid-binding ACT domain protein  33.52 
 
 
173 aa  99.4  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0437  ACT domain protein  33.52 
 
 
173 aa  99.4  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4707  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.14 
 
 
170 aa  96.3  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.4333  normal  0.012003 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2032  amino acid-binding ACT domain protein  35.63 
 
 
178 aa  94  9e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0169147  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4273  amino acid-binding ACT domain-containing protein  31.36 
 
 
179 aa  93.6  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.340897  normal  0.25045 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8574  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  28.4 
 
 
165 aa  87.4  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  27.43 
 
 
184 aa  86.7  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2949  amino acid-binding ACT domain-containing protein  31.82 
 
 
183 aa  83.6  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.582988 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0479  ACT domain-containing protein  27.01 
 
 
183 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.219232 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1847  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.84 
 
 
184 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00121314  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2176  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28 
 
 
179 aa  77.4  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00808907  normal  0.900227 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2479  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.55 
 
 
183 aa  77  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05930  ACT domain-containing regulatory protein  24.12 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000527553  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1909  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  23.86 
 
 
175 aa  74.3  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0700677  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2380  glycine cleavage system transcriptional repressor (Gcv operon repressor)  29.24 
 
 
175 aa  71.6  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.82 
 
 
175 aa  71.6  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0621  amino acid-binding ACT domain protein  26.29 
 
 
187 aa  71.6  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2002  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.9 
 
 
173 aa  71.6  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06310  ACT domain-containing protein  28.91 
 
 
171 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183389  normal  0.204088 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002792  glycine cleavage system transcriptional antiactivator GcvR  24.85 
 
 
180 aa  69.7  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0587  hypothetical protein  28.91 
 
 
171 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000555119  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0411  amino acid-binding ACT domain protein  26.63 
 
 
184 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.404844  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1878  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  25.28 
 
 
183 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2525  glycine cleavage system transcriptional repressor  25.71 
 
 
177 aa  68.9  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1734  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.43 
 
 
178 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.103341  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2413  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.86 
 
 
183 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.204037  hitchhiker  0.00509125 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1863  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  23.33 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000211112  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2553  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.16 
 
 
183 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000108497  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2591  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.16 
 
 
183 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000275101  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2431  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24 
 
 
179 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0267912  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2668  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.16 
 
 
183 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000549184  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1791  amino acid-binding ACT domain protein  24.16 
 
 
183 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000108735  hitchhiker  0.00000000136293 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45408  predicted protein  27.27 
 
 
220 aa  68.6  0.00000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_92913  predicted protein  25.14 
 
 
181 aa  68.2  0.00000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00941527  normal  0.3672 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1965  ACT domain-containing protein  28.09 
 
 
183 aa  67.8  0.00000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2341  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.86 
 
 
183 aa  67  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.106946  hitchhiker  0.000000443735 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1273  amino acid-binding ACT domain protein  27.91 
 
 
177 aa  67  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1701  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.57 
 
 
183 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0560544  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1655  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.86 
 
 
183 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111603  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4094  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.14 
 
 
172 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2856  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.98 
 
 
190 aa  65.1  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166466  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2683  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.98 
 
 
190 aa  65.1  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5182  ACT domain-containing protein  25.78 
 
 
172 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248291  normal  0.129275 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2635  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.98 
 
 
190 aa  65.1  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2724  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.98 
 
 
190 aa  65.1  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03188  glycine cleavage system transcriptional repressor  24.26 
 
 
180 aa  64.7  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2749  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.98 
 
 
190 aa  65.1  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4173  formyl transferase-like  29.41 
 
 
385 aa  64.7  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1979  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.14 
 
 
178 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00211865  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02371  DNA-binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA  27.33 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1190  amino acid-binding ACT domain protein  27.33 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3703  glycine cleavage system regulatory protein-like  28.32 
 
 
183 aa  63.5  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02333  hypothetical protein  27.33 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3701  glycine cleavage system transcriptional repressor  27.33 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2611  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.82 
 
 
212 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2761  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.82 
 
 
212 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1197  glycine cleavage system transcriptional repressor  27.33 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2626  glycine cleavage system transcriptional repressor  27.33 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2851  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.82 
 
 
212 aa  63.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4699  amino acid-binding ACT  21.91 
 
 
180 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000305264  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1739  putative glycine cleavage system transcriptional repressor  24.43 
 
 
180 aa  62.8  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0332  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.86 
 
 
172 aa  61.6  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0481  ACT domain protein  23.81 
 
 
172 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000098406  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  26.47 
 
 
181 aa  61.2  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.59 
 
 
179 aa  60.5  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3510  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.48 
 
 
228 aa  60.5  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.261645  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4845  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.78 
 
 
172 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325717  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2975  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.14 
 
 
186 aa  58.5  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.457313 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3185  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.9 
 
 
176 aa  58.2  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168662  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2985  amino acid-binding ACT domain protein  29.51 
 
 
204 aa  57.4  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1943  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.61 
 
 
175 aa  57.4  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42571  predicted protein  25 
 
 
1319 aa  57  0.0000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0385  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25 
 
 
172 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000250758  normal  0.230246 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3180  glycine cleavage system transcriptional repressor  30.28 
 
 
183 aa  55.5  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.200609  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1246  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.37 
 
 
189 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3131  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.37 
 
 
204 aa  55.5  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.590147  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1361  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.37 
 
 
204 aa  55.5  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.243595  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1136  glycine cleavage system transcriptional repressor  30.65 
 
 
183 aa  54.3  0.0000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1071  amino acid-binding ACT domain protein  26.29 
 
 
189 aa  54.3  0.0000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18740  glycine cleavage system regulatory protein  26.97 
 
 
181 aa  52.8  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.960027  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0230  hypothetical protein  37.33 
 
 
90 aa  51.6  0.000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.867874  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0357  ACT domain-containing protein  23.44 
 
 
172 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000156308  normal  0.422502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0383  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.66 
 
 
172 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000019763  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1671  hypothetical protein  40.96 
 
 
100 aa  48.5  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00313942  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0941  ACT domain-containing protein  32.89 
 
 
88 aa  48.9  0.00004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0440922  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1251  formyl transferase domain protein  36.99 
 
 
327 aa  47.8  0.00007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0278  amino acid-binding ACT domain protein  21.47 
 
 
196 aa  47  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.305725  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2118  hypothetical protein  28.57 
 
 
92 aa  46.2  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0918  hypothetical protein  34.67 
 
 
90 aa  46.6  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0844317  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>