98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0385 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0385  amino acid-binding ACT domain-containing protein  100 
 
 		 172 aa  347  6e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000250758  normal  0.230246 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0357  ACT domain-containing protein  95.35 
 
 		 172 aa  308  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000156308  normal  0.422502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0383  amino acid-binding ACT domain-containing protein  94.19 
 
 		 172 aa  305  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000019763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4845  amino acid-binding ACT domain-containing protein  91.86 
 
 		 172 aa  296  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5182  ACT domain-containing protein  80.7 
 
 		 172 aa  281  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248291  normal  0.129275 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06310  ACT domain-containing protein  80.59 
 
 		 171 aa  275  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183389  normal  0.204088 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0587  hypothetical protein  78.82 
 
 		 171 aa  271  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000555119  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05930  ACT domain-containing regulatory protein  69.77 
 
 		 172 aa  239  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000527553  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0481  ACT domain protein  66.86 
 
 		 172 aa  236  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000098406  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4699  amino acid-binding ACT  66.86 
 
 		 180 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000305264  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4094  amino acid-binding ACT domain-containing protein  66.28 
 
 		 172 aa  224  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0332  amino acid-binding ACT domain-containing protein  43.71 
 
 		 172 aa  143  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2002  amino acid-binding ACT domain-containing protein  44.05 
 
 		 173 aa  136  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1150  cellulose-binding family II protein  38.86 
 
 		 178 aa  135  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  42.77 
 
 		 181 aa  131  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1273  amino acid-binding ACT domain protein  40 
 
 		 177 aa  127  6e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3321  amino acid-binding ACT  34.94 
 
 		 170 aa  114  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4173  formyl transferase-like  36.14 
 
 		 385 aa  110  9e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1943  amino acid-binding ACT domain-containing protein  34.91 
 
 		 175 aa  107  7.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03152  ACT domain protein  31.36 
 
 		 168 aa  106  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1433  amino acid-binding ACT domain-containing protein  34.55 
 
 		 166 aa  100  8e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3885  ACT domain-containing protein  31.33 
 
 		 165 aa  100  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2628  ACT domain-containing protein  35.15 
 
 		 166 aa  99.8  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2561  ACT domain-containing protein  35.15 
 
 		 166 aa  98.6  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2735  ACT domain-containing protein  34.55 
 
 		 166 aa  97.4  9e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1722  ACT domain-containing protein  35.12 
 
 		 166 aa  97.1  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1500  amino acid-binding ACT domain-containing protein  34.15 
 
 		 166 aa  95.9  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000613254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1532  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.94 
 
 		 166 aa  95.5  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0236669  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2746  amino acid-binding ACT domain-containing protein  36.02 
 
 		 166 aa  95.9  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.989316  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1565  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.94 
 
 		 166 aa  95.5  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.672371 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1537  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.94 
 
 		 166 aa  95.5  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2819  amino acid-binding ACT domain protein  33.94 
 
 		 166 aa  95.5  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.198658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1356  amino acid-binding ACT domain-containing protein  34.52 
 
 		 168 aa  94.7  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1407  ACT domain-containing protein  31.06 
 
 		 166 aa  93.6  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.222833  normal  0.039362 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3169  amino acid-binding ACT domain-containing protein  34.57 
 
 		 164 aa  93.2  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.765517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1697  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.72 
 
 		 165 aa  92.4  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.54674 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18740  glycine cleavage system regulatory protein  33.73 
 
 		 181 aa  89  3e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.960027  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2585  amino acid-binding ACT  33.33 
 
 		 168 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  30.06 
 
 		 179 aa  76.6  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45408  predicted protein  28.07 
 
 		 220 aa  74.3  0.0000000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_92913  predicted protein  29.41 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00941527  normal  0.3672 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2525  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.83 
 
 		 177 aa  70.9  0.000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  26.06 
 
 		 184 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3675  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  29.7 
 
 		 167 aa  67.8  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42571  predicted protein  27.38 
 
 		 1319 aa  65.1  0.0000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2479  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.76 
 
 		 183 aa  64.7  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.61 
 
 		 175 aa  63.2  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0869  hypothetical protein  22.62 
 
 		 170 aa  61.2  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00598997  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3434  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  23.93 
 
 		 167 aa  61.6  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2533  glycine cleavage system regulatory protein  24.29 
 
 		 179 aa  60.8  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3496  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.05 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4707  amino acid-binding ACT domain-containing protein  31.64 
 
 		 170 aa  58.9  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.4333  normal  0.012003 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0896  amino acid-binding ACT domain protein  21.84 
 
 		 173 aa  58.9  0.00000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00320944  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02738  hypothetical protein  23.78 
 
 		 170 aa  57.4  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2546  hypothetical protein  26.28 
 
 		 175 aa  57.4  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.761879 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3629  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  25 
 
 		 167 aa  56.6  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.894872  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003104  glycine cleavage system regulatory protein  25.15 
 
 		 170 aa  56.6  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00303201  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1909  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.71 
 
 		 175 aa  55.5  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0700677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4273  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.71 
 
 		 179 aa  55.5  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.340897  normal  0.25045 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0411  amino acid-binding ACT domain protein  26.06 
 
 		 184 aa  54.7  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.404844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3969  amino acid-binding ACT domain protein  26.01 
 
 		 188 aa  54.3  0.0000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0100488  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1847  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.93 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00121314  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4055  amino acid-binding ACT domain protein  26.44 
 
 		 188 aa  53.9  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3457  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24 
 
 		 185 aa  52.4  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2884  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  23.08 
 
 		 167 aa  52.4  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4386  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.43 
 
 		 188 aa  51.2  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.523733  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2591  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.94 
 
 		 183 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000275101  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2668  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.94 
 
 		 183 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000549184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1979  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.1 
 
 		 178 aa  49.3  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00211865  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2553  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.94 
 
 		 183 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000108497  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1791  amino acid-binding ACT domain protein  22.94 
 
 		 183 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000108735  hitchhiker  0.00000000136293 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3514  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.59 
 
 		 186 aa  49.3  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.160997  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2949  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.14 
 
 		 183 aa  48.9  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.582988 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3703  glycine cleavage system regulatory protein-like  23.46 
 
 		 183 aa  48.5  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0493  amino acid-binding ACT domain protein  25 
 
 		 165 aa  48.9  0.00004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0665  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  23.46 
 
 		 175 aa  48.1  0.00005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3185  glycine cleavage system transcriptional repressor  25 
 
 		 176 aa  47.8  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168662  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3623  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  22.01 
 
 		 167 aa  46.6  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.640922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1863  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.42 
 
 		 178 aa  45.1  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000211112  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0621  amino acid-binding ACT domain protein  24.44 
 
 		 187 aa  44.7  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2380  glycine cleavage system transcriptional repressor (Gcv operon repressor)  20.73 
 
 		 175 aa  44.7  0.0006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0527  amino acid-binding ACT domain protein  24.57 
 
 		 185 aa  44.7  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0599  amino acid-binding ACT domain protein  26.67 
 
 		 173 aa  44.3  0.0009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3554  amino acid-binding ACT  22.86 
 
 		 189 aa  44.3  0.0009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0217681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0437  ACT domain protein  26.67 
 
 		 173 aa  44.3  0.0009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1361  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.02 
 
 		 204 aa  43.5  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.243595  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3131  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.02 
 
 		 204 aa  43.5  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.590147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1701  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  21.97 
 
 		 183 aa  43.5  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0560544  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2431  amino acid-binding ACT domain-containing protein  19.41 
 
 		 179 aa  44.3  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0267912  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002792  glycine cleavage system transcriptional antiactivator GcvR  20.96 
 
 		 180 aa  43.5  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1246  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.02 
 
 		 189 aa  43.9  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8574  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  23.7 
 
 		 165 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03188  glycine cleavage system transcriptional repressor  20.96 
 
 		 180 aa  42  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2413  amino acid-binding ACT domain-containing protein  21.39 
 
 		 183 aa  41.6  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.204037  hitchhiker  0.00509125 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1878  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  21.39 
 
 		 183 aa  41.6  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2176  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.22 
 
 		 179 aa  41.2  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00808907  normal  0.900227 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1734  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  22.35 
 
 		 178 aa  41.2  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.103341  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1662  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  22.56 
 
 		 185 aa  40.8  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.620178  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>