More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3419 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
328 aa  668    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  78.15 
 
 
303 aa  502  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  71.52 
 
 
303 aa  449  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.75 
 
 
304 aa  441  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.75 
 
 
304 aa  441  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.87 
 
 
303 aa  439  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.09 
 
 
304 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  69.18 
 
 
305 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.09 
 
 
304 aa  437  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.76 
 
 
304 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.76 
 
 
304 aa  435  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.76 
 
 
304 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.76 
 
 
304 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  69.18 
 
 
305 aa  434  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.09 
 
 
304 aa  430  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.87 
 
 
305 aa  424  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.54 
 
 
305 aa  424  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.21 
 
 
303 aa  421  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00000952381  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.11 
 
 
303 aa  417  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  66.23 
 
 
303 aa  417  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  64.57 
 
 
303 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  64.24 
 
 
303 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  64.57 
 
 
303 aa  411  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  63.91 
 
 
303 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  65.23 
 
 
303 aa  414  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  63.58 
 
 
303 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  63.58 
 
 
303 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  63.25 
 
 
303 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  62.88 
 
 
303 aa  402  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  62.88 
 
 
303 aa  402  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.9 
 
 
336 aa  328  6e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  54.52 
 
 
311 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.67 
 
 
307 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.64 
 
 
308 aa  325  5e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.33 
 
 
301 aa  318  9e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.82 
 
 
312 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.82 
 
 
312 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.49 
 
 
313 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.54 
 
 
301 aa  297  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.54 
 
 
301 aa  297  2e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.19 
 
 
301 aa  296  4e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.03 
 
 
304 aa  291  1e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.01 
 
 
301 aa  289  5.0000000000000004e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.01 
 
 
301 aa  288  9e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  47.93 
 
 
307 aa  281  9e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.69 
 
 
301 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  49.16 
 
 
304 aa  272  5.000000000000001e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  48.49 
 
 
304 aa  267  2e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  48.99 
 
 
304 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  49.82 
 
 
304 aa  262  4.999999999999999e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  45.15 
 
 
321 aa  238  1e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.82 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.94 
 
 
301 aa  223  4e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  42.96 
 
 
301 aa  218  2e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  42.21 
 
 
301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  43.15 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.45 
 
 
313 aa  199  6e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  39.93 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.74 
 
 
326 aa  194  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.97 
 
 
330 aa  194  2e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.89 
 
 
301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.55 
 
 
300 aa  185  8e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1237  dihydrodipicolinate synthetase  69.47 
 
 
199 aa  179  7e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  41.58 
 
 
306 aa  169  7e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.46 
 
 
291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  31.06 
 
 
293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0646  dihydrodipicolinate synthase  30.3 
 
 
293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0640  dihydrodipicolinate synthase  30.8 
 
 
293 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0673  dihydrodipicolinate synthase  32 
 
 
294 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517741  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0989  dihydrodipicolinate synthase  32.57 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.484172  normal  0.862392 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1432  dihydrodipicolinate synthase  34.23 
 
 
294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1142  dihydrodipicolinate synthase  32.95 
 
 
294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530915  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  29.79 
 
 
294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  27.34 
 
 
297 aa  117  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0941  dihydrodipicolinate synthase  28.33 
 
 
293 aa  117  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0386855  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0124  dihydrodipicolinate synthase  35.61 
 
 
290 aa  113  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.139881  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4069  dihydrodipicolinate synthase  30.54 
 
 
295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4192  dihydrodipicolinate synthase  30.54 
 
 
295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0149  dihydrodipicolinate synthase  31.2 
 
 
291 aa  109  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0211  dihydrodipicolinate synthase  29.79 
 
 
290 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.397143  hitchhiker  0.00000000242674 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4217  dihydrodipicolinate synthase  30.2 
 
 
295 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00266238  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2542  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 
290 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0922563  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0882  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 
295 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1296  dihydrodipicolinate synthase  31.34 
 
 
292 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000060181  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1443  dihydrodipicolinate synthase  29.91 
 
 
296 aa  107  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2198  dihydrodipicolinate synthase  32.26 
 
 
300 aa  105  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0796408  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2421  dihydrodipicolinate synthase  26.8 
 
 
293 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000015991  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0562  dihydrodipicolinate synthase  30.43 
 
 
292 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00078537 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2124  dihydrodipicolinate synthase  31.34 
 
 
302 aa  105  1e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.035757 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35340  dihydrodipicolinate synthase  29.05 
 
 
287 aa  105  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0033  dihydrodipicolinate synthase  30.4 
 
 
291 aa  104  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3515  dihydrodipicolinate synthase  31.82 
 
 
296 aa  103  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2517  dihydrodipicolinate synthetase  28.38 
 
 
309 aa  103  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.35455  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1838  dihydrodipicolinate synthetase  28.15 
 
 
306 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3191  dihydrodipicolinate synthase  31.82 
 
 
296 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.393919  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  31.22 
 
 
298 aa  103  5e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3482  dihydrodipicolinate synthase  26.39 
 
 
294 aa  103  5e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000010244  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4216  dihydrodipicolinate synthetase  29.33 
 
 
320 aa  103  5e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0462427  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0341  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  29.15 
 
 
301 aa  103  5e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3387  dihydrodipicolinate synthase  31.82 
 
 
296 aa  102  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>