More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2309 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2309  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 471 aa  936    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0415  DNA repair protein RadA  73.28 
 
 		 470 aa  650    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2597  DNA repair protein RadA  71.03 
 
 		 477 aa  604  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.803027  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4631  DNA repair protein RadA  72.92 
 
 		 477 aa  598  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.742671  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3936  DNA repair protein RadA  68.82 
 
 		 476 aa  595  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.075328 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3499  DNA repair protein RadA  67.46 
 
 		 485 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4304  DNA repair protein RadA  68.82 
 
 		 476 aa  597  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0337551 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  67.12 
 
 		 466 aa  595  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4409  DNA repair protein RadA  69.03 
 
 		 481 aa  596  1e-169  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.589948 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2015  DNA repair protein RadA  67.46 
 
 		 486 aa  592  1e-168  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.086129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0562  DNA repair protein RadA  68.91 
 
 		 464 aa  593  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814745  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2995  DNA repair protein RadA  68.09 
 
 		 495 aa  591  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.446194 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2291  DNA repair protein RadA  67.24 
 
 		 482 aa  591  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.284518  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0449  DNA repair protein RadA  68.51 
 
 		 467 aa  590  1e-167  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165637  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0455  DNA repair protein RadA  68.51 
 
 		 467 aa  590  1e-167  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  65.32 
 
 		 467 aa  590  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3789  DNA repair protein RadA  67.03 
 
 		 499 aa  585  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2454  DNA repair protein RadA  70.53 
 
 		 483 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.819464  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3897  DNA repair protein RadA  68.6 
 
 		 478 aa  588  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.217877 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2284  DNA repair protein RadA  66.52 
 
 		 503 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.202355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  67.52 
 
 		 466 aa  578  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  67.05 
 
 		 466 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0489  DNA repair protein RadA  64.27 
 
 		 457 aa  556  1e-157  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.665667  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2402  DNA repair protein RadA  65.95 
 
 		 489 aa  556  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0985  DNA repair protein RadA  66.74 
 
 		 462 aa  538  9.999999999999999e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3485  DNA repair protein RadA  65.74 
 
 		 474 aa  538  1e-151  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692018 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  63.43 
 
 		 455 aa  522  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0406  DNA repair protein RadA  62.34 
 
 		 469 aa  514  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2456  DNA repair protein RadA  62.88 
 
 		 452 aa  511  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1064  DNA repair protein RadA  62.65 
 
 		 452 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1119  DNA repair protein RadA  62.88 
 
 		 452 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2129  DNA repair protein RadA  61.25 
 
 		 455 aa  509  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.875143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1207  DNA repair protein RadA  62.93 
 
 		 458 aa  504  1e-141  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1784  DNA repair protein RadA  61.83 
 
 		 454 aa  501  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.199022 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  58.56 
 
 		 453 aa  491  1e-137  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2504  DNA repair protein RadA  60.09 
 
 		 460 aa  478  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3941  DNA repair protein RadA  62.65 
 
 		 454 aa  479  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4092  DNA repair protein RadA  58.15 
 
 		 455 aa  474  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1956  DNA repair protein RadA  59.72 
 
 		 455 aa  468  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0403  DNA repair protein RadA  56.13 
 
 		 466 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1850  DNA repair protein RadA  56.4 
 
 		 469 aa  456  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0305  DNA repair protein RadA  49.77 
 
 		 450 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0887  DNA repair protein RadA  50.92 
 
 		 450 aa  447  1.0000000000000001e-124  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0698  DNA repair protein RadA  49.53 
 
 		 450 aa  445  1e-123  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  46.4 
 
 		 454 aa  422  1e-117  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  52.24 
 
 		 462 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  52.66 
 
 		 450 aa  424  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  50.69 
 
 		 453 aa  416  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  48.84 
 
 		 463 aa  416  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  48.84 
 
 		 463 aa  416  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  50.57 
 
 		 452 aa  412  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  48.89 
 
 		 482 aa  412  1e-114  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  50.57 
 
 		 452 aa  412  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  50.69 
 
 		 456 aa  411  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  49.19 
 
 		 455 aa  409  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0994  DNA repair protein RadA  47.67 
 
 		 457 aa  409  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0406  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 454 aa  410  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.509389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  49.2 
 
 		 451 aa  409  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  48.07 
 
 		 452 aa  411  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  48.72 
 
 		 455 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  48.67 
 
 		 448 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  48.72 
 
 		 455 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  45.71 
 
 		 454 aa  407  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  45.71 
 
 		 454 aa  407  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  50.35 
 
 		 453 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0839  DNA repair protein RadA  48.41 
 
 		 458 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  50.35 
 
 		 458 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  46.74 
 
 		 453 aa  405  1e-111  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  48.96 
 
 		 477 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  48.85 
 
 		 453 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  45.14 
 
 		 457 aa  404  1e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  42.86 
 
 		 455 aa  403  1e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  48.85 
 
 		 453 aa  405  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  46.21 
 
 		 446 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  48.86 
 
 		 464 aa  401  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  45.85 
 
 		 457 aa  400  9.999999999999999e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 447 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  43.68 
 
 		 461 aa  400  9.999999999999999e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0548  DNA repair protein RadA  48.1 
 
 		 461 aa  398  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.342744 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1226  DNA repair protein RadA  47.7 
 
 		 454 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 		 448 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1045  DNA repair protein RadA  47.7 
 
 		 454 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.665867  normal  0.0445974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1110  DNA repair protein RadA  47.7 
 
 		 454 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  46.28 
 
 		 470 aa  400  9.999999999999999e-111  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  48.96 
 
 		 453 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1049  DNA repair protein RadA  47.7 
 
 		 454 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.357607 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3609  DNA repair protein RadA  47.99 
 
 		 460 aa  397  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4624  DNA repair protein RadA  47.99 
 
 		 460 aa  396  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  48.38 
 
 		 456 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  47.58 
 
 		 458 aa  395  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3358  DNA repair protein RadA  46.98 
 
 		 454 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.918494 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3219  DNA repair protein RadA  46.98 
 
 		 454 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3621  DNA repair protein RadA  47.97 
 
 		 460 aa  398  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  47.58 
 
 		 458 aa  396  1e-109  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  48.38 
 
 		 456 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  48.05 
 
 		 476 aa  396  1e-109  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  47.13 
 
 		 451 aa  397  1e-109  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  46.87 
 
 		 451 aa  395  1e-109  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  43.41 
 
 		 457 aa  395  1e-109  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  47.95 
 
 		 456 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>