More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0256 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0274  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  62.44 
 
 
628 aa  724    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.077817 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0256  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  100 
 
 
651 aa  1314    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0966021  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7346  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.57 
 
 
613 aa  588  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1861  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  55.13 
 
 
628 aa  588  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.33363  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2196  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.98 
 
 
626 aa  588  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0462  DNA polymerase III subunits gamma and tau  52.29 
 
 
615 aa  584  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0369  DNA polymerase III subunits gamma and tau  52.17 
 
 
611 aa  581  1e-164  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.797615 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0619  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.16 
 
 
623 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1812  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  55.02 
 
 
623 aa  570  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181409  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4848  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.78 
 
 
618 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.4336  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0087  DNA polymerase III subunits gamma and tau  51.99 
 
 
624 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.818033  normal  0.0455941 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0668  DNA polymerase III subunits gamma and tau  52.36 
 
 
627 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.365881 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.29 
 
 
605 aa  550  1e-155  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00557596 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1238  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.47 
 
 
634 aa  542  1e-153  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4057  DNA polymerase III subunits gamma and tau  51.61 
 
 
600 aa  544  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.495634  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0255  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.17 
 
 
623 aa  545  1e-153  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0110  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.62 
 
 
631 aa  528  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.801093  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.25 
 
 
602 aa  525  1e-147  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0330154  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.01 
 
 
605 aa  525  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00653224  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.42 
 
 
602 aa  525  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.330023  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4397  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.5 
 
 
625 aa  524  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4077  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.74 
 
 
626 aa  523  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3432  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.3 
 
 
625 aa  520  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2168  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  64.56 
 
 
622 aa  496  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531905  normal  0.517298 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3142  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  63.04 
 
 
637 aa  490  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  63.52 
 
 
605 aa  486  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0521  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.24 
 
 
582 aa  487  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.067552  normal  0.421793 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0435  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.24 
 
 
606 aa  483  1e-135  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.853663  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2365  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.64 
 
 
580 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.153654 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0710  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.74 
 
 
582 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0166  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.82 
 
 
608 aa  467  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3649  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.5 
 
 
592 aa  468  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.89772  normal  0.739746 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2000  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.4 
 
 
614 aa  456  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0650  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.18 
 
 
587 aa  455  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0107119  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3876  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.23 
 
 
584 aa  449  1.0000000000000001e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.151315 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.48 
 
 
659 aa  422  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.93 
 
 
687 aa  412  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0213338 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4575  DNA polymerase III subunits gamma and tau  52.34 
 
 
632 aa  406  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0055  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  53.13 
 
 
582 aa  391  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0628794  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1357  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.65 
 
 
573 aa  370  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0803491  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0796  DNA polymerase III subunits gamma and tau  52.17 
 
 
565 aa  370  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0481374 
 
 
-
 
NC_002978  WD1060  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  34.3 
 
 
533 aa  310  4e-83  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.077321  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0014  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.21 
 
 
505 aa  295  2e-78  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.547641  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0942  DNA-directed DNA polymerase  38.52 
 
 
491 aa  292  2e-77  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  39.39 
 
 
605 aa  291  3e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.84 
 
 
911 aa  290  6e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  0.000000397841 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0374  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  43.27 
 
 
582 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000945747  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1599  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.31 
 
 
692 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0852408 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4269  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.31 
 
 
691 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2235  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.58 
 
 
1113 aa  283  1e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00400296  decreased coverage  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1858  DNA-directed DNA polymerase  35.52 
 
 
580 aa  282  2e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  41.02 
 
 
955 aa  282  2e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  0.000000946714 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3801  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.71 
 
 
681 aa  280  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44630  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.71 
 
 
701 aa  280  6e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522569  normal  0.208913 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3834  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.71 
 
 
687 aa  279  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471872 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2381  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.42 
 
 
921 aa  279  1e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000191992  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3587  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.44 
 
 
689 aa  278  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1613  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.01 
 
 
637 aa  278  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000410993  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1855  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.01 
 
 
587 aa  277  4e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.225715  normal  0.416564 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.29 
 
 
939 aa  277  4e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000837393  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1508  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.48 
 
 
948 aa  277  5e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000466847  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2013  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  40.58 
 
 
1002 aa  276  8e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3646  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.44 
 
 
743 aa  276  8e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.923315  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1825  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.44 
 
 
736 aa  276  9e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.8 
 
 
591 aa  276  9e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.775776  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19830  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.58 
 
 
694 aa  276  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.58 
 
 
664 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.176808  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1805  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.44 
 
 
696 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.85 
 
 
1071 aa  275  3e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000102262  normal  0.239994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.85 
 
 
1045 aa  274  3e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00214919  hitchhiker  0.000897105 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2647  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.18 
 
 
692 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.377545  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.74 
 
 
698 aa  273  6e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.98 
 
 
681 aa  273  7e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0511  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.67 
 
 
614 aa  273  8.000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2446  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.58 
 
 
1040 aa  273  8.000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00022165  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1670  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.29 
 
 
605 aa  272  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.595012 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2615  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.69 
 
 
1137 aa  272  1e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000443473  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2302  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.36 
 
 
957 aa  272  1e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000141755  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40 
 
 
1115 aa  272  1e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000438447  hitchhiker  0.00599619 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1454  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.64 
 
 
751 aa  271  2e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325473  normal  0.0490605 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1200  DNA polymerase III subunits gamma and tau  38.8 
 
 
667 aa  271  2e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2534  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.8 
 
 
752 aa  271  4e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.821414  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.96 
 
 
579 aa  270  4e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1535  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.71 
 
 
599 aa  270  5e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495544  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2574  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.44 
 
 
1147 aa  270  5e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000534901  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4903  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.69 
 
 
731 aa  270  7e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.742776  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2690  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.19 
 
 
1137 aa  270  7e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00745534  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1310  DNA-directed DNA polymerase  41.82 
 
 
909 aa  270  7e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.216995  normal  0.0673614 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0402  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.1 
 
 
643 aa  270  8.999999999999999e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0412407  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2644  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.86 
 
 
701 aa  270  8.999999999999999e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0442  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  47.96 
 
 
546 aa  269  1e-70  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.717493  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.37 
 
 
774 aa  269  1e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1457  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.11 
 
 
647 aa  268  2e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.94 
 
 
914 aa  269  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0529  DNA-directed DNA polymerase  45.54 
 
 
696 aa  267  4e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000324921  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2361  DNA-directed DNA polymerase  40.8 
 
 
957 aa  267  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.832917  normal  0.216131 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1826  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.8 
 
 
893 aa  267  5e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.297137 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1851  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.38 
 
 
793 aa  267  5e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.51542  normal  0.226661 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0806  AAA ATPase, central region  42.13 
 
 
537 aa  266  7e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.343257  unclonable  0.000000100554 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3140  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.52 
 
 
643 aa  265  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000034955  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>