More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1271 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  650    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  97.39 
 
 		 307 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  92.13 
 
 		 307 aa  578  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  90.61 
 
 		 310 aa  570  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  90.88 
 
 		 310 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  90.88 
 
 		 310 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  66.34 
 
 		 325 aa  420  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  59.33 
 
 		 301 aa  349  4e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  58.75 
 
 		 302 aa  342  4e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 307 aa  333  3e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1169  transcriptional regulator, LysR family  57.76 
 
 		 308 aa  332  4e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  55.85 
 
 		 302 aa  331  9e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  56.72 
 
 		 322 aa  330  3e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  56.77 
 
 		 315 aa  319  3.9999999999999996e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  56.77 
 
 		 313 aa  317  2e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  56.11 
 
 		 313 aa  315  8e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 305 aa  310  2e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  55.45 
 
 		 313 aa  310  2e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  53.51 
 
 		 299 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 308 aa  299  5e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 304 aa  298  6e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 302 aa  296  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  51.31 
 
 		 311 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  51.68 
 
 		 304 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  48.52 
 
 		 305 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  48.2 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  52.88 
 
 		 307 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  48.2 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0786  LysR family transcriptional regulator  52.35 
 
 		 301 aa  272  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 305 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 305 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 305 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  47.21 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 308 aa  262  6e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  46.69 
 
 		 305 aa  251  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.3 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 335 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 322 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 304 aa  219  5e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 306 aa  219  6e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 299 aa  219  6e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 293 aa  218  7.999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 301 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 298 aa  215  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.49 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.83 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 302 aa  212  7.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 301 aa  212  7.999999999999999e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 311 aa  210  3e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 		 299 aa  208  9e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  36.21 
 
 		 309 aa  208  9e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 294 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 310 aa  205  9e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.23 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  41.97 
 
 		 318 aa  203  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.93 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 324 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  37.25 
 
 		 297 aa  202  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 317 aa  202  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 		 307 aa  202  9e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 		 307 aa  202  9e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.16 
 
 		 293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 306 aa  199  6e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 295 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 319 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  39.86 
 
 		 308 aa  196  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 313 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>