More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6081 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6081  transcriptional regulator  100 
 
 
144 aa  294  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.89885  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4829  transcriptional regulator, AsnC family  69.57 
 
 
154 aa  205  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.69587  normal  0.0580849 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4775  transcriptional regulator, AsnC family  68.84 
 
 
154 aa  204  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.339738  normal  0.145309 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8143  transcriptional regulator  66.67 
 
 
153 aa  197  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0298504  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0922  alanine catabolic operon transcriptional regulator, putative  60.42 
 
 
155 aa  190  7e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.491746  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1446  AsnC family transcriptional regulator  61.48 
 
 
155 aa  182  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4823  AsnC family transcriptional regulator  61.48 
 
 
149 aa  178  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804417  normal  0.0730617 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0864  putative alanine catabolic operon transcriptional regulator  62.18 
 
 
132 aa  166  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0261477  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0806  AsnC family transcriptional regulator  54.23 
 
 
150 aa  161  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2123  AsnC family transcriptional regulator  58.82 
 
 
149 aa  160  8.000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0513877  decreased coverage  0.00440064 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1095  transcriptional regulator, AsnC family  57.86 
 
 
150 aa  158  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00486405  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0671  transcriptional regulator, AsnC family  51.47 
 
 
145 aa  147  6e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0943569  hitchhiker  0.00922833 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3685  AsnC family transcriptional regulator  52.24 
 
 
174 aa  141  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.930939  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1059  AsnC family transcriptional regulator  49.3 
 
 
159 aa  140  6e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0704538  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0722  AsnC family transcriptional regulator  49.25 
 
 
152 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.777911  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2377  AsnC family transcriptional regulator  49.25 
 
 
152 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.408866 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2441  AsnC family transcriptional regulator  49.25 
 
 
152 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.443821 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1501  AsnC family transcriptional regulator  45.59 
 
 
158 aa  134  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.449471  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2266  AsnC family transcriptional regulator  48.85 
 
 
153 aa  129  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.400993  normal  0.321257 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3629  AsnC family transcriptional regulator  47.01 
 
 
153 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.217189 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1369  AsnC family transcriptional regulator  46.67 
 
 
153 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.362978  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1843  bkd operon transcriptional regulator  45.77 
 
 
175 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00082559  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1736  bkd operon transcriptional regulator  45.77 
 
 
175 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00397839  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0513  bkd operon transcriptional regulator  45.77 
 
 
175 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000000170709  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0671  bkd operon transcriptional regulator  45.77 
 
 
229 aa  121  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000013017  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1635  bkd operon transcriptional regulator  45.77 
 
 
175 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000232797  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0213  AsnC family transcriptional regulator  46.76 
 
 
153 aa  121  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.757841 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0782  bkd operon transcriptional regulator  45.77 
 
 
229 aa  120  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000164018  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3973  AsnC family transcriptional regulator  44.6 
 
 
154 aa  120  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.918788  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2323  AsnC family transcriptional regulator  45.77 
 
 
202 aa  121  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4160  AsnC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
153 aa  120  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2461  AsnC family transcriptional regulator  45.07 
 
 
202 aa  120  8e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000130465  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0065  AsnC family transcriptional regulator  45.86 
 
 
157 aa  120  9e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0245  transcriptional regulator  45.52 
 
 
169 aa  118  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3311  AsnC family transcriptional regulator  44.78 
 
 
175 aa  118  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.944983  normal  0.0543443 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4473  AsnC family transcriptional regulator  42.76 
 
 
175 aa  118  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000700573 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3971  transcriptional regulator, AsnC family  42.76 
 
 
175 aa  118  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1432  transcriptional regulator, AsnC family  42.96 
 
 
153 aa  118  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.605264  normal  0.449993 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1175  transcriptional regulator, AsnC family  43.66 
 
 
157 aa  117  6e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1064  AsnC family transcriptional regulator  43.45 
 
 
175 aa  117  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0459  AsnC family transcriptional regulator  41.61 
 
 
160 aa  116  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0557  AsnC family transcriptional regulator  43.51 
 
 
155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.454928  normal  0.192048 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1429  AsnC family transcriptional regulator  43.18 
 
 
157 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1609  transcriptional regulator, AsnC family  43.18 
 
 
153 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177256  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1849  AsnC family transcriptional regulator  42.54 
 
 
213 aa  114  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00276747  hitchhiker  0.0000000161296 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01796  leucine-responsive transcriptional regulator  41.01 
 
 
164 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4561  AsnC family transcriptional regulator  40.85 
 
 
156 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00127893  normal  0.163186 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1718  leucine-responsive transcriptional regulator  45.08 
 
 
164 aa  110  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.159084  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2361  leucine-responsive transcriptional regulator  45.08 
 
 
164 aa  110  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.84534  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3619  transcriptional regulator, AsnC family  43.07 
 
 
174 aa  110  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.378157  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2261  leucine-responsive transcriptional regulator  45.08 
 
 
164 aa  110  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0124412  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1494  leucine-responsive transcriptional regulator  40.29 
 
 
164 aa  110  6e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000974852  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1024  leucine-responsive transcriptional regulator  45.08 
 
 
164 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000719526  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1058  leucine-responsive transcriptional regulator  45.08 
 
 
164 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000658641  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0964  leucine-responsive transcriptional regulator  45.08 
 
 
164 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000969196  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0993  leucine-responsive transcriptional regulator  45.08 
 
 
164 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000182939  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1530  AsnC family transcriptional regulator  41.73 
 
 
157 aa  110  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.14965  normal  0.648234 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1073  leucine-responsive transcriptional regulator  45.08 
 
 
164 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000166195  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1742  leucine-responsive transcriptional regulator  43.09 
 
 
166 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000110042  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003880  leucine-responsive regulatory protein  44.26 
 
 
164 aa  110  8.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000693258  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1569  AsnC family transcriptional regulator  42.96 
 
 
172 aa  110  8.000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.194361  normal  0.155211 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1986  leucine-responsive transcriptional regulator  44.26 
 
 
164 aa  110  9e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.64528  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2686  leucine-responsive transcriptional regulator  42.07 
 
 
164 aa  109  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.247423  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4242  AsnC family transcriptional regulator  40.14 
 
 
176 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1612  leucine-responsive transcriptional regulator  42.07 
 
 
164 aa  109  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000163573  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2597  leucine-responsive transcriptional regulator  42.07 
 
 
164 aa  109  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282665  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00893  DNA-binding transcriptional dual regulator, leucine-binding  44.26 
 
 
164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2754  transcriptional regulator, AsnC family  44.26 
 
 
164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000328569  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2439  leucine-responsive transcriptional regulator  44.26 
 
 
164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000889772  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00900  hypothetical protein  44.26 
 
 
164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1413  leucine-responsive transcriptional regulator  44.26 
 
 
164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000135875  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3462  AsnC family transcriptional regulator  40.3 
 
 
162 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2231  leucine-responsive transcriptional regulator  44.26 
 
 
164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000028804  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2066  AsnC family transcriptional regulator  43.51 
 
 
156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1165  AsnC family transcriptional regulator  40.74 
 
 
147 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.403646 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0994  leucine-responsive transcriptional regulator  44.26 
 
 
164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000266294  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1682  leucine-responsive transcriptional regulator  44.26 
 
 
164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.94162  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7497  AsnC family transcriptional regulator  42.54 
 
 
169 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000799666  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2707  leucine-responsive transcriptional regulator  44.26 
 
 
164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000640359  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0964  leucine-responsive transcriptional regulator  44.26 
 
 
164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000271902  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1051  leucine-responsive transcriptional regulator  44.26 
 
 
164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000229844  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1794  leucine-responsive transcriptional regulator  40.88 
 
 
165 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000016537  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1771  leucine-responsive transcriptional regulator  40.15 
 
 
167 aa  108  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000022114  normal  0.0203642 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1640  transcriptional regulator, AsnC family  40.3 
 
 
154 aa  108  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5396  transcriptional regulator, AsnC family  41.61 
 
 
175 aa  108  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1611  normal  0.0284366 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2829  AsnC family transcriptional regulator  43.94 
 
 
153 aa  108  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3961  AsnC family transcriptional regulator  41.79 
 
 
161 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.537786  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4400  transcriptional regulator BkdR  41.79 
 
 
161 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.739741 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2234  leucine-responsive transcriptional regulator  40.15 
 
 
167 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000872232  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3674  transcriptional regulator, AsnC family  42.45 
 
 
172 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1454  AsnC family transcriptional regulator  41.79 
 
 
161 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.283041  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2025  leucine-responsive transcriptional regulator  40.15 
 
 
167 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000839293  unclonable  0.00000134482 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1840  leucine-responsive transcriptional regulator  39.57 
 
 
163 aa  107  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.757131  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2155  leucine-responsive transcriptional regulator  43.9 
 
 
168 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000584376  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7223  transcriptional regulator, AsnC family  41.67 
 
 
160 aa  107  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3741  AsnC family transcriptional regulator  41.79 
 
 
161 aa  107  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.641496  normal  0.623498 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2190  leucine-responsive transcriptional regulator  43.9 
 
 
168 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000625254  normal  0.0646213 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2216  leucine-responsive transcriptional regulator  43.9 
 
 
168 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000025021  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2324  leucine-responsive transcriptional regulator  43.9 
 
 
168 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000733571  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3352  transcriptional regulator of AsnC/Lrp family protein  42.34 
 
 
158 aa  107  6e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.868338  normal  0.404848 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>