More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3879 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3879  ABC transporter  100 
 
 		 350 aa  699    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0209  ABC-2 type transporter  63.14 
 
 		 393 aa  455  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.223728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0811  ABC-2 type transporter  52.03 
 
 		 375 aa  375  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7848  putative ABC transporter (permease protein)  54.23 
 
 		 376 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00792305  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0080  ABC-2 type transporter  52.19 
 
 		 379 aa  347  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0879828  normal  0.577589 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1496  ABC-2 type transporter  48.85 
 
 		 382 aa  345  8e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.679397  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2362  ABC-2 type transporter  48.85 
 
 		 382 aa  344  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0759041  normal  0.863187 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2181  ABC-2 type transporter  51.16 
 
 		 374 aa  340  1e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64312  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69060  putative permease of ABC transporter  51.01 
 
 		 374 aa  339  4e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5973  ABC transporter permease  51.3 
 
 		 374 aa  338  7e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3854  ABC transporter ATP-binding protein  50.72 
 
 		 374 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3957  ABC transporter ATP-binding protein  50.72 
 
 		 374 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3787  ABC transporter, ATP-binding protein  50.72 
 
 		 374 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3777  ABC transporter ATP-binding protein  50.43 
 
 		 374 aa  337  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.439357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3897  ABC transporter ATP-binding protein  50.43 
 
 		 374 aa  336  2.9999999999999997e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2949  ABC-2 type transporter  52.07 
 
 		 382 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1951  ABC-2 type transporter  48.99 
 
 		 373 aa  336  5e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171698  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2685  hypothetical protein  50.72 
 
 		 373 aa  335  5.999999999999999e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0566  ABC-2 type transporter  48.7 
 
 		 399 aa  334  1e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0501  ABC-2 type transporter  48.7 
 
 		 399 aa  334  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3789  ABC-2 type transporter  48.7 
 
 		 390 aa  333  2e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4830  ABC transporter, ATP-binding protein  49.28 
 
 		 374 aa  333  2e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5116  ABC-2 type transporter  49.57 
 
 		 370 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.75858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16770  ABC-2 type transporter, permease component  49.13 
 
 		 372 aa  333  3e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00841824  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0537  ABC-2 type transporter  48.41 
 
 		 398 aa  333  3e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3684  ABC transporter, ATP-binding protein  49.28 
 
 		 374 aa  333  3e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0230  ABC-2 type transporter  49.28 
 
 		 374 aa  333  3e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4844  ABC-2 type transporter  48.71 
 
 		 375 aa  333  4e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0699099 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03335  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.28 
 
 		 374 aa  332  5e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0229  ABC-2 type transporter  49.28 
 
 		 374 aa  332  5e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5208  ABC transporter  49.28 
 
 		 370 aa  332  5e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03287  hypothetical protein  49.28 
 
 		 374 aa  332  5e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1505  ABC-2 type transporter  50.14 
 
 		 373 aa  332  5e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.366767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3837  ABC transporter, ATP-binding protein  49.28 
 
 		 374 aa  332  5e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3967  ABC transporter, ATP-binding protein  49.28 
 
 		 374 aa  332  6e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3774  ABC transporter, ATP-binding protein  49.28 
 
 		 374 aa  332  6e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0988  hypothetical protein  49.71 
 
 		 374 aa  331  9e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.564547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5269  ABC-2 type transporter  48.99 
 
 		 370 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3447  ABC-2 type transporter  46.97 
 
 		 376 aa  330  2e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0565648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4914  ABC-2 type transporter  50.29 
 
 		 370 aa  329  4e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0758  ABC-2 type transporter  50.29 
 
 		 376 aa  329  5.0000000000000004e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0750  ABC-2 type transporter  46.86 
 
 		 375 aa  328  8e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.212958  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1150  ABC-2 type transporter  48.56 
 
 		 412 aa  326  3e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.13202  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5749  ABC-2 type transporter  45.56 
 
 		 375 aa  323  4e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.166668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1825  ABC-2 type transporter  49.42 
 
 		 370 aa  322  7e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0526143  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1562  ABC-2 type transporter  46.72 
 
 		 374 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.986622  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1742  ABC-2 type transporter  48.12 
 
 		 401 aa  319  3e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00338931 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0166  hypothetical protein  48.7 
 
 		 374 aa  320  3e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154077 
 
 
-
 
NC_004310  BR1349  ABC transporter, permease protein, putative  48.26 
 
 		 370 aa  318  1e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1431  hypothetical protein  48.69 
 
 		 371 aa  317  3e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9218  ABC transporter  47.29 
 
 		 374 aa  316  4e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.797463  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1307  putative ABC transporter, permease protein  47.67 
 
 		 370 aa  313  1.9999999999999998e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5443  hypothetical protein  47.81 
 
 		 372 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00889571 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3659  putative ABC transporter (permease protein)  48.55 
 
 		 370 aa  312  5.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00759514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3418  ABC-2 type transporter  47.98 
 
 		 373 aa  311  9e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0557  hypothetical protein  44.7 
 
 		 379 aa  310  2e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1683  multidrug ABC transporter permease component  47.55 
 
 		 397 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0017586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0171  hypothetical protein  48.7 
 
 		 375 aa  309  4e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2341  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  46.4 
 
 		 374 aa  309  5e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0169  hypothetical protein  45.4 
 
 		 371 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0626  ABC-2 type transporter  50.15 
 
 		 373 aa  306  4.0000000000000004e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00132  putative ABC transport protein  45.95 
 
 		 373 aa  306  5.0000000000000004e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1613  ABC-2 type transporter  45.69 
 
 		 374 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4687  ABC-2 type transporter  46.67 
 
 		 370 aa  302  6.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.696171  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1040  ABC transporter, permease  45.53 
 
 		 374 aa  299  6e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1308  ABC transporter, permease protein  45.38 
 
 		 374 aa  297  2e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0138  ABC transporter, permease  45.38 
 
 		 374 aa  297  2e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0164  ABC transporter, permease protein  45.38 
 
 		 374 aa  297  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0920361  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2777  ABC-type multidrug transport system, permease component  45.38 
 
 		 374 aa  296  3e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3576  hypothetical protein  45.35 
 
 		 370 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2634  ABC transporter, permease protein  45.38 
 
 		 374 aa  296  3e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0437  ABC transporter, permease  44.67 
 
 		 374 aa  296  4e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6205  ABC-2 type transporter  45.82 
 
 		 374 aa  295  5e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.261883 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0315  ABC-2 type transporter  48.99 
 
 		 374 aa  294  1e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0019  ABC-2 type transporter  46.42 
 
 		 373 aa  295  1e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5884  ABC-2 type transporter  47.26 
 
 		 374 aa  290  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4663  hypothetical protein  47.11 
 
 		 370 aa  290  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.736815  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3215  hypothetical protein  40.63 
 
 		 374 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3157  ABC transporter, inner membrane subunit  40.4 
 
 		 374 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00527406  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3895  ABC-2 type transporter  40.4 
 
 		 374 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.505485  normal  0.0804287 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1136  hypothetical protein  28.94 
 
 		 381 aa  165  9e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2903  ABC-2 type transporter  28.62 
 
 		 368 aa  130  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.751562  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2815  ABC transporter, permease protein  28.62 
 
 		 368 aa  130  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1518  ABC-2 type transporter  29.52 
 
 		 378 aa  129  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1326  ABC-2 type transporter  29.06 
 
 		 368 aa  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  25.85 
 
 		 377 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2945  ABC-2 type transporter  28.93 
 
 		 378 aa  124  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.485374  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1379  ABC-2 type transporter  31.8 
 
 		 370 aa  122  9.999999999999999e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.463817  hitchhiker  0.000000727606 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2423  ABC-2 type transporter  29.32 
 
 		 366 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0514426  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  28.21 
 
 		 373 aa  120  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  29.61 
 
 		 376 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1603  ABC transporter, permease protein, putative  31.27 
 
 		 378 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4676  ABC-2 type transporter  27.22 
 
 		 379 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  27.7 
 
 		 376 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2393  ABC-2 type transporter  28.75 
 
 		 369 aa  116  6.9999999999999995e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  29.62 
 
 		 377 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  25.93 
 
 		 376 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  30.86 
 
 		 376 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2367  hypothetical protein  26.32 
 
 		 370 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.175245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0856  ABC-2 type transporter, permease protein  26.21 
 
 		 368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>