277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0717 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0717  transcriptional regulator protein  100 
 
 		 298 aa  588  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4338  iron transport system regulatory protein FitR  44.6 
 
 		 295 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3318  iron transport system regulatory protein FitR  44.25 
 
 		 295 aa  252  6e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0873687 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3437  RpiR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 295 aa  248  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.470052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4354  RpiR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 297 aa  235  7e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.639111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4675  RpiR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 336 aa  202  4e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0109313  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2372  transcriptional regulator, RpiR family  28.62 
 
 		 310 aa  90.9  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  27.9 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  27.9 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  32.47 
 
 		 278 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  30.62 
 
 		 280 aa  69.3  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  30.62 
 
 		 280 aa  69.3  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 638 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 638 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 641 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 641 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 620 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 620 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 641 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 641 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 620 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 641 aa  67  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 639 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 287 aa  67  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 642 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 642 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 642 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 642 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 642 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 642 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 642 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 320 aa  64.3  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  24.15 
 
 		 280 aa  62.4  0.000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  28.23 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  27.14 
 
 		 283 aa  61.2  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  26.2 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  24.12 
 
 		 280 aa  60.1  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3479  transcriptional regulator, RpiR family  24.55 
 
 		 280 aa  58.9  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 280 aa  56.6  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.85 
 
 		 287 aa  55.8  0.0000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  24.78 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 314 aa  55.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 281 aa  55.5  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 292 aa  55.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 266 aa  55.1  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 286 aa  55.5  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 293 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0876  transcriptional regulator  33.05 
 
 		 251 aa  55.5  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0549202  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 277 aa  55.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 288 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 318 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1411  transcriptional regulator, RpiR family  26.3 
 
 		 282 aa  54.7  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2604  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 242 aa  54.3  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 272 aa  54.3  0.000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  25.44 
 
 		 287 aa  54.7  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  21.33 
 
 		 297 aa  54.3  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 288 aa  54.3  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 278 aa  53.9  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  29.49 
 
 		 293 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0225  transcriptional regulator  21.46 
 
 		 242 aa  53.9  0.000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 287 aa  53.5  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 287 aa  53.5  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  22.73 
 
 		 375 aa  53.5  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.15 
 
 		 289 aa  53.5  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  28.02 
 
 		 283 aa  53.5  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.15 
 
 		 289 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  22.73 
 
 		 293 aa  53.5  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.15 
 
 		 289 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 266 aa  53.5  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  22.15 
 
 		 289 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  22.15 
 
 		 289 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.15 
 
 		 289 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  22.73 
 
 		 303 aa  53.1  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 282 aa  53.1  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  22.15 
 
 		 289 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.15 
 
 		 289 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 278 aa  53.1  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  25.16 
 
 		 281 aa  53.1  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  22.22 
 
 		 282 aa  52.8  0.000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 287 aa  52.8  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 287 aa  52.8  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 287 aa  52.8  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  30.86 
 
 		 299 aa  52.8  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 285 aa  52.8  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.42 
 
 		 287 aa  52.8  0.000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  23.37 
 
 		 285 aa  52.8  0.000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  24.03 
 
 		 319 aa  52.8  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 293 aa  52.8  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2832  RpiR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 319 aa  52.4  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.233384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 282 aa  52.4  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  28.64 
 
 		 288 aa  52.4  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 301 aa  52.8  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  24.07 
 
 		 293 aa  52.8  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 293 aa  52.8  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 287 aa  52.8  0.000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 293 aa  52.8  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 293 aa  52.8  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>