More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0465 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0465  ribokinase  100 
 
 		 299 aa  578  1e-164  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0069  PfkB domain protein  76.59 
 
 		 299 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0052  ribokinase-like domain-containing protein  72.58 
 
 		 306 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000666375 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0053  PfkB domain protein  74.92 
 
 		 299 aa  408  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3570  PfkB  55.18 
 
 		 297 aa  288  1e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.498935  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  42 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  42.03 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  39.12 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  40.83 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  42.05 
 
 		 309 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  41.87 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  42.14 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3132  ribokinase-like domain-containing protein  41.56 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00509823 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  40.26 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  41.81 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  39.93 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  42.09 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  36.95 
 
 		 313 aa  170  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  41.61 
 
 		 310 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  35.27 
 
 		 304 aa  169  7e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  35.96 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  33.45 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  42.37 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  39.4 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  42.37 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  42.37 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  41.28 
 
 		 312 aa  165  8e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  39 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  37.46 
 
 		 314 aa  163  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  35.12 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  36.12 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0252  ribokinase  40.75 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.377165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0300  ribokinase family sugar kinase  37.04 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.750208  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  38.41 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  41.78 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  38.26 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  38.26 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3718  ribokinase  38.74 
 
 		 318 aa  159  5e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  36.27 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  38.26 
 
 		 314 aa  159  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  36.95 
 
 		 318 aa  159  7e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  38.87 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  38.26 
 
 		 309 aa  159  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  38.38 
 
 		 302 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  38.26 
 
 		 314 aa  158  9e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  38.26 
 
 		 309 aa  158  9e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  38.26 
 
 		 309 aa  158  9e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  40.61 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  38.26 
 
 		 309 aa  158  9e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  38.26 
 
 		 309 aa  158  9e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2877  ribokinase-like domain-containing protein  42.02 
 
 		 300 aa  158  9e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.98714  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  38.26 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0558  PfkB domain protein  38.26 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  38.26 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  38.26 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  40.07 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0560  ribokinase  38.05 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000679387  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  35.59 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  32.53 
 
 		 345 aa  157  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  38.02 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3539  PfkB  38.21 
 
 		 285 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.460191  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3544  ribokinase-like domain-containing protein  38.21 
 
 		 285 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.336922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3612  ribokinase-like domain-containing protein  38.21 
 
 		 285 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.388195  normal  0.822465 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  38.05 
 
 		 302 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  37.92 
 
 		 309 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  37.29 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1802  ribokinase family sugar kinase  35.12 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00331295  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  41.92 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  38.1 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  38.1 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  38.1 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  35.59 
 
 		 310 aa  155  7e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  36.42 
 
 		 310 aa  155  7e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  36.61 
 
 		 309 aa  155  9e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2276  PfkB domain protein  40.2 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.303585  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  36.09 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  35.02 
 
 		 340 aa  154  1e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  39.66 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0185  ribokinase  36.09 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00000069064  normal  0.0609987 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  35.29 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  35.86 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  35.1 
 
 		 403 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  42.56 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1363  ribokinase-like domain-containing protein  40.26 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  37.67 
 
 		 308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  39.52 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  38.08 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  34.92 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  35.91 
 
 		 307 aa  149  4e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1010  ribokinase-like domain-containing protein  36.36 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  38.46 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  36.45 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  37.75 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  37.25 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  37.24 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  35.23 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0733  ribokinase  36.7 
 
 		 298 aa  148  9e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04400  sugar kinase, ribokinase  37.79 
 
 		 305 aa  148  9e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.736771 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  35.55 
 
 		 307 aa  148  9e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  34.87 
 
 		 398 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>