More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0052 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0052  ribokinase-like domain-containing protein  100 
 
 		 306 aa  600  1.0000000000000001e-171  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000666375 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0465  ribokinase  72.58 
 
 		 299 aa  416  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0053  PfkB domain protein  69.57 
 
 		 299 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0069  PfkB domain protein  70.9 
 
 		 299 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3570  PfkB  55.18 
 
 		 297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.498935  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  40.33 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  40.8 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  36 
 
 		 304 aa  176  6e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2276  PfkB domain protein  40 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.303585  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  38.91 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  41.81 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  41.22 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  39.93 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  39.93 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  39.27 
 
 		 305 aa  168  8e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  39.26 
 
 		 310 aa  169  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  34.69 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  39.73 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  36.61 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  37.07 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  40.07 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  38.29 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1802  ribokinase family sugar kinase  36.54 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00331295  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  40.6 
 
 		 311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  40.6 
 
 		 311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  40.6 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0560  ribokinase  37.16 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000679387  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  40.72 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  38.08 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  38.21 
 
 		 306 aa  162  7e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  39.74 
 
 		 302 aa  162  9e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  37.85 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  36.79 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  35.37 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3132  ribokinase-like domain-containing protein  40.98 
 
 		 308 aa  162  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00509823 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  38.11 
 
 		 315 aa  161  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  33.77 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  38.24 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0733  ribokinase  36.77 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  37.99 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  36.61 
 
 		 299 aa  160  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4641  ribokinase  36.77 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.184783  unclonable  5.38833e-26 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  39.53 
 
 		 295 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  37.33 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0579  ribokinase  37.11 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  37.33 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  37.33 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  36.51 
 
 		 310 aa  159  8e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0697  ribokinase  36.77 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0813613  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04400  sugar kinase, ribokinase  37.71 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.736771 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0722  ribokinase  36.77 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.83177e-24 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0575  ribokinase  36.77 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  38.33 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0794  ribokinase  36.77 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00121525  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  35.22 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0632  ribokinase  36.77 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0576  ribokinase  36.77 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0665  ribokinase  36.77 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  34.98 
 
 		 308 aa  156  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  39.38 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  38.18 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  38.51 
 
 		 308 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0558  PfkB domain protein  36.27 
 
 		 295 aa  155  8e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1010  ribokinase-like domain-containing protein  37.75 
 
 		 290 aa  155  8e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  35.79 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  35.81 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  36.58 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1363  ribokinase-like domain-containing protein  39.46 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03203  Sugar kinase, ribokinase family protein  34.68 
 
 		 327 aa  155  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00908389  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0671  PfkB domain protein  31.86 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  35.83 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  37.87 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  37.87 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  37.87 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  41 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2877  ribokinase-like domain-containing protein  40.6 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.98714  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  37.87 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  34.78 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  39.07 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  37.54 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  37.54 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  37.71 
 
 		 309 aa  152  8.999999999999999e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  37.54 
 
 		 314 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  38.49 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  35.12 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  37.54 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  41.08 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  41 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  40.89 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  36.09 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  34.54 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  36.51 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  34.42 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  33.89 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  36.09 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  40 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01080  sugar kinase, ribokinase  36.65 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  36.09 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  36.09 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  36.09 
 
 		 309 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>