More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2554 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_2554  ribosome recycling factor  100 
 
 		 188 aa  377  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0370  ribosome recycling factor  64.36 
 
 		 188 aa  251  4.0000000000000004e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0210399  normal  0.193594 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1589  ribosome recycling factor  61.29 
 
 		 191 aa  231  6e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.609942  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  56.45 
 
 		 187 aa  218  3.9999999999999997e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  58.33 
 
 		 194 aa  216  2e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1957  ribosome recycling factor  60.23 
 
 		 184 aa  216  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1383  ribosome recycling factor  57.3 
 
 		 186 aa  216  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  normal  0.0434538 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  57.22 
 
 		 187 aa  214  5e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  55.49 
 
 		 186 aa  214  7e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2032  ribosome recycling factor  55.56 
 
 		 186 aa  211  4.9999999999999996e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  57.22 
 
 		 187 aa  211  7e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1134  ribosome recycling factor  57.22 
 
 		 186 aa  210  7.999999999999999e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  58.29 
 
 		 186 aa  210  9e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1586  ribosome recycling factor  56.67 
 
 		 186 aa  209  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  57.22 
 
 		 187 aa  207  5e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  56.5 
 
 		 187 aa  208  5e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  55.56 
 
 		 187 aa  207  7e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1159  ribosome recycling factor  54.44 
 
 		 186 aa  207  8e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1116  ribosome recycling factor  54.44 
 
 		 186 aa  207  8e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  56.5 
 
 		 187 aa  206  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  56.67 
 
 		 187 aa  206  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  54.79 
 
 		 186 aa  206  2e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1779  ribosome recycling factor  56.67 
 
 		 186 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  55.56 
 
 		 187 aa  205  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1384  ribosome recycling factor  56.11 
 
 		 186 aa  205  3e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  54.26 
 
 		 186 aa  204  5e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0463  ribosome recycling factor  63.25 
 
 		 185 aa  203  9e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2521  ribosome recycling factor  53.72 
 
 		 186 aa  201  7e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277739  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1363  ribosome recycling factor  52.97 
 
 		 188 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00468039 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2706  ribosome recycling factor  52.97 
 
 		 188 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.957438  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2152  ribosome recycling factor  52.97 
 
 		 188 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2458  ribosome recycling factor  54.55 
 
 		 243 aa  198  5e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401081 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1413  ribosome recycling factor  54.05 
 
 		 187 aa  197  5e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.889728  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1494  ribosome recycling factor  53.98 
 
 		 188 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280653  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  53.33 
 
 		 187 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1372  ribosome recycling factor  59.26 
 
 		 185 aa  194  7e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0601267  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  52.78 
 
 		 187 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  52.78 
 
 		 187 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  53.33 
 
 		 187 aa  194  9e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  51.93 
 
 		 185 aa  194  9e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3994  ribosome recycling factor  51.69 
 
 		 187 aa  192  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  50.82 
 
 		 187 aa  187  9e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  51.67 
 
 		 186 aa  186  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 184 aa  182  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2802  ribosome recycling factor  49.17 
 
 		 188 aa  181  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00257577  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  49.19 
 
 		 186 aa  181  6e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  50.55 
 
 		 186 aa  178  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23610  ribosome recycling factor  46.74 
 
 		 184 aa  176  3e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.093506 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  47.03 
 
 		 186 aa  175  4e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  43.65 
 
 		 185 aa  174  5e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1273  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 185 aa  174  6e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0235676  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 185 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  44.57 
 
 		 185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 184 aa  172  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2882  ribosome recycling factor  48.07 
 
 		 185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000396733  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1196  ribosome recycling factor  49.15 
 
 		 181 aa  171  3.9999999999999995e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000300081  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2560  ribosome recycling factor  46.96 
 
 		 181 aa  171  5e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1351  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 185 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000717676  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2812  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 185 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2638  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 185 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000456907  normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2705  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 185 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000841959  hitchhiker  0.00246061 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3546  ribosome recycling factor  46.96 
 
 		 181 aa  170  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  43.65 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1632  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03234  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1557  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135969  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2698  ribosome recycling factor  45 
 
 		 182 aa  169  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  45.86 
 
 		 185 aa  167  7e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  44.2 
 
 		 185 aa  167  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  46.89 
 
 		 186 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  42.54 
 
 		 185 aa  167  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0811  ribosome recycling factor  47.28 
 
 		 187 aa  166  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.415251  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  46.02 
 
 		 186 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002749  ribosome recycling factor  46.74 
 
 		 185 aa  167  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000016264  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  45.45 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  47.98 
 
 		 184 aa  166  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0507  ribosome recycling factor  45 
 
 		 182 aa  166  2e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1453  ribosome recycling factor  45.11 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000049819  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2899  ribosome recycling factor  45.11 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000932331  normal  0.103531 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3278  ribosome recycling factor  46.74 
 
 		 185 aa  165  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000213543  hitchhiker  0.000283754 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1448  ribosome recycling factor  44.57 
 
 		 185 aa  165  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000214173  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  41.3 
 
 		 184 aa  165  2.9999999999999998e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1484  ribosome recycling factor  44.57 
 
 		 185 aa  165  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000709639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3158  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000691666  normal  0.144971 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0065  ribosome recycling factor  42.78 
 
 		 182 aa  165  4e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.759475  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  46.96 
 
 		 185 aa  164  5e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0305  ribosome recycling factor  44.81 
 
 		 187 aa  164  8e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.422351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  47.46 
 
 		 186 aa  164  8e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07611  ribosome recycling factor  45.09 
 
 		 173 aa  164  8e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0633499 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  45.45 
 
 		 184 aa  164  9e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00170  ribosome releasing factor  50.85 
 
 		 185 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148385  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3431  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000510427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00169  hypothetical protein  50.85 
 
 		 185 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0182  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000723298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0176  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000066149  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0174  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00802553  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3488  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00730416  normal  0.367592 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  45.36 
 
 		 185 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0183  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0165  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000948857  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>