More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000401 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  100 
 
 		 355 aa  708    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  75.98 
 
 		 357 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  77.65 
 
 		 357 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  74.51 
 
 		 357 aa  508  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  75.63 
 
 		 357 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  64.25 
 
 		 357 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  63.03 
 
 		 357 aa  432  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  59.63 
 
 		 373 aa  431  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  61.62 
 
 		 356 aa  425  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  60.5 
 
 		 357 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  59.94 
 
 		 357 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  62.46 
 
 		 357 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  62.46 
 
 		 357 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  62.15 
 
 		 357 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  43.47 
 
 		 349 aa  280  3e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  42.45 
 
 		 350 aa  268  1e-70  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  42.17 
 
 		 350 aa  265  8.999999999999999e-70  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  41.6 
 
 		 350 aa  262  8e-69  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  39.88 
 
 		 349 aa  248  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  43.26 
 
 		 352 aa  244  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  38.37 
 
 		 345 aa  243  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  41.21 
 
 		 355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  39.24 
 
 		 348 aa  243  3e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  42.33 
 
 		 352 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  42.54 
 
 		 352 aa  241  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  36.92 
 
 		 346 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  39.24 
 
 		 345 aa  236  4e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  38.94 
 
 		 358 aa  224  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  39.78 
 
 		 358 aa  219  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  39.23 
 
 		 358 aa  218  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  38.67 
 
 		 358 aa  216  4e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 354 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  38.6 
 
 		 358 aa  211  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  38.99 
 
 		 358 aa  211  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  41.55 
 
 		 368 aa  208  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  38.9 
 
 		 358 aa  204  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 354 aa  204  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 358 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  39.17 
 
 		 358 aa  199  5e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  39.15 
 
 		 356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  35.85 
 
 		 358 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  38.95 
 
 		 358 aa  196  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.19 
 
 		 358 aa  195  9e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 358 aa  195  9e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 358 aa  194  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  37.47 
 
 		 384 aa  194  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  39.15 
 
 		 356 aa  194  3e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  38.15 
 
 		 358 aa  193  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  36.26 
 
 		 358 aa  192  6e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  34.54 
 
 		 381 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 358 aa  188  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 358 aa  188  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  35.41 
 
 		 370 aa  183  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  36.29 
 
 		 354 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  36.94 
 
 		 354 aa  179  4e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 358 aa  179  7e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  35.36 
 
 		 355 aa  179  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  38.49 
 
 		 351 aa  173  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.67 
 
 		 355 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 321 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 355 aa  172  9e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 360 aa  170  4e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.45 
 
 		 325 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 562 aa  169  9e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  34.89 
 
 		 362 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  32.02 
 
 		 357 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2711  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 358 aa  163  5.0000000000000005e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  32.94 
 
 		 358 aa  160  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1876  inner-membrane translocator  31.41 
 
 		 358 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.255765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 407 aa  159  7e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  41.35 
 
 		 333 aa  159  9e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  32.45 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  37.35 
 
 		 354 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  37.04 
 
 		 354 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  33 
 
 		 317 aa  155  7e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.77 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0351  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0132915  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 309 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 360 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 571 aa  152  7e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  29.89 
 
 		 389 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.61 
 
 		 389 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  29.05 
 
 		 389 aa  150  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  29.81 
 
 		 389 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  29.61 
 
 		 389 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  29.53 
 
 		 389 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.78 
 
 		 339 aa  149  1.0000000000000001e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  31.48 
 
 		 389 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  36.58 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  32.24 
 
 		 415 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7079  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  37.39 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.867419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2985  inner-membrane translocator  36.29 
 
 		 355 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.538372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3558  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 336 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.288511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  31.76 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>