More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3861 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008042  TM1040_3861  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
350 aa  723    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646368 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4115  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  82.18 
 
 
346 aa  594  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560376  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.66 
 
 
345 aa  554  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3844  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.5 
 
 
346 aa  545  1e-154  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.919278  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4078  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.93 
 
 
346 aa  543  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.29374  normal  0.0761668 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3843  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.29 
 
 
346 aa  536  1e-151  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0209  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.25 
 
 
350 aa  462  1e-129  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.22 
 
 
365 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.66 
 
 
371 aa  460  9.999999999999999e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.71 
 
 
358 aa  460  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.77 
 
 
359 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2456  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.1 
 
 
353 aa  455  1e-127  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.22 
 
 
359 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.45 
 
 
356 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.29 
 
 
365 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  64.08 
 
 
361 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.24 
 
 
351 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  61.52 
 
 
363 aa  451  1.0000000000000001e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  61.52 
 
 
363 aa  451  1.0000000000000001e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.73 
 
 
356 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.89 
 
 
355 aa  448  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.43 
 
 
355 aa  448  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  64.08 
 
 
361 aa  449  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.69 
 
 
360 aa  449  1e-125  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  61.5 
 
 
359 aa  450  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2100  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.32 
 
 
357 aa  451  1e-125  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.564792  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2131  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.5 
 
 
358 aa  450  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.28 
 
 
358 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.98 
 
 
367 aa  451  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  63.79 
 
 
361 aa  449  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  60.11 
 
 
359 aa  450  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.89 
 
 
355 aa  448  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  62.93 
 
 
361 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.32 
 
 
355 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.61 
 
 
355 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.64 
 
 
361 aa  444  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.58 
 
 
355 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.61 
 
 
355 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.61 
 
 
355 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.32 
 
 
355 aa  444  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  59.89 
 
 
362 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.61 
 
 
355 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  62.32 
 
 
355 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.64 
 
 
361 aa  444  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.61 
 
 
355 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  62.93 
 
 
361 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  62.61 
 
 
355 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0837  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.52 
 
 
361 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.378615  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.93 
 
 
355 aa  445  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.61 
 
 
355 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.22 
 
 
360 aa  446  1.0000000000000001e-124  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.22 
 
 
361 aa  444  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.04 
 
 
355 aa  443  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3188  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.13 
 
 
375 aa  443  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.09 
 
 
358 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.64 
 
 
361 aa  444  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0120  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.57 
 
 
353 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.04 
 
 
355 aa  444  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.04 
 
 
355 aa  444  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.36 
 
 
361 aa  444  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4006  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.02 
 
 
355 aa  444  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  62.64 
 
 
361 aa  444  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.23 
 
 
352 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.04 
 
 
355 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.8 
 
 
360 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.44 
 
 
367 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4019  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.68 
 
 
352 aa  437  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.68615  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2992  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.66 
 
 
356 aa  437  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.147327  normal  0.427533 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.5 
 
 
357 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.51 
 
 
360 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.8 
 
 
360 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.39 
 
 
358 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.05 
 
 
353 aa  436  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.11 
 
 
355 aa  436  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0553  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.83 
 
 
355 aa  435  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.17 
 
 
350 aa  435  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.51 
 
 
353 aa  434  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.13 
 
 
353 aa  437  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1571  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60 
 
 
353 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.285914 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2132  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60 
 
 
363 aa  437  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.49 
 
 
360 aa  435  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0165  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.46 
 
 
355 aa  435  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.183737  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.97 
 
 
354 aa  437  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.02 
 
 
358 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.38 
 
 
356 aa  428  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.56 
 
 
354 aa  428  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2859  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.43 
 
 
354 aa  428  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0536365  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.38 
 
 
363 aa  430  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1183  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.28 
 
 
351 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.769877  normal  0.417509 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2711  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.71 
 
 
356 aa  426  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1212  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.35 
 
 
360 aa  426  1e-118  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.809645  decreased coverage  0.00336065 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.96 
 
 
351 aa  426  1e-118  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1618  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.08 
 
 
359 aa  425  1e-118  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.47 
 
 
366 aa  425  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.47 
 
 
360 aa  426  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.16 
 
 
353 aa  424  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2762  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.71 
 
 
352 aa  427  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.16 
 
 
353 aa  426  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1272  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.72 
 
 
351 aa  424  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.447034 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.16 
 
 
350 aa  423  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>