More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0592 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
141 aa  280  4e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.43 
 
 
140 aa  148  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.99 
 
 
141 aa  139  1e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.32 
 
 
140 aa  129  9e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.91 
 
 
137 aa  124  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.27 
 
 
140 aa  116  1e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  45.86 
 
 
143 aa  115  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.13 
 
 
140 aa  108  2e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.4 
 
 
145 aa  108  3e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  42.4 
 
 
145 aa  108  3e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  42.52 
 
 
154 aa  107  7e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.98 
 
 
140 aa  103  7e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  38.85 
 
 
142 aa  103  9e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  38.35 
 
 
141 aa  102  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  43.09 
 
 
146 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  42.28 
 
 
146 aa  100  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.75 
 
 
142 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.09 
 
 
142 aa  97.1  8e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.59 
 
 
144 aa  94.7  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.07 
 
 
138 aa  93.2  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  3.74903e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.84 
 
 
141 aa  91.7  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  36.88 
 
 
147 aa  91.7  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 
141 aa  91.3  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
142 aa  91.3  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2554  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.51 
 
 
141 aa  91.3  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00133317 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.09 
 
 
147 aa  90.5  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.34 
 
 
141 aa  89  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.53 
 
 
144 aa  88.6  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.34 
 
 
141 aa  88.2  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.34 
 
 
141 aa  88.2  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.58 
 
 
137 aa  87.8  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.37129e-08  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 
142 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  38.69 
 
 
143 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.96 
 
 
143 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.09 
 
 
140 aa  84  6e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  35.77 
 
 
143 aa  82.8  1e-15  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.75 
 
 
136 aa  83.2  1e-15  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.82 
 
 
142 aa  82.8  1e-15  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1317  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.09 
 
 
143 aa  82.4  2e-15  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.893415  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.09 
 
 
158 aa  81.3  4e-15  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.24 
 
 
132 aa  80.1  1e-14  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 
142 aa  79.7  1e-14  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1509  biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  30.6 
 
 
138 aa  77.8  5e-14  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171101  normal  0.278773 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
143 aa  77.8  5e-14  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.96939e-07  hitchhiker  9.05807e-07 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.61 
 
 
143 aa  75.9  2e-13  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  3.95657e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.58 
 
 
133 aa  75.1  3e-13  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  32.59 
 
 
133 aa  74.7  4e-13  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  30.3 
 
 
135 aa  74.3  5e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.71 
 
 
134 aa  73.9  7e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  29.71 
 
 
134 aa  73.9  7e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  34.59 
 
 
132 aa  73.2  1e-12  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 
133 aa  72.8  2e-12  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.45 
 
 
149 aa  72  3e-12  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.08 
 
 
134 aa  72  3e-12  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0313  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.04 
 
 
158 aa  71.6  3e-12  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  35.34 
 
 
136 aa  71.6  4e-12  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.78844e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.33 
 
 
134 aa  70.9  6e-12  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  1.06541e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.33 
 
 
134 aa  70.9  6e-12  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  4.63213e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.33 
 
 
134 aa  70.9  6e-12  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  34.33 
 
 
136 aa  70.5  7e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  30.83 
 
 
134 aa  70.5  8e-12  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
134 aa  70.5  8e-12  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.33 
 
 
134 aa  69.7  1e-11  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  1.53595e-05 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.09 
 
 
134 aa  68.9  2e-11  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.34 
 
 
134 aa  68.9  2e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
134 aa  69.3  2e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.34 
 
 
134 aa  68.6  3e-11  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.34 
 
 
134 aa  68.6  3e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.12 
 
 
134 aa  68.2  3e-11  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 
135 aa  67.8  5e-11  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.34 
 
 
134 aa  67.8  5e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  6.99577e-08 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
134 aa  67.4  7e-11  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  4.57301e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.66 
 
 
134 aa  67  7e-11  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.16 
 
 
137 aa  67  8e-11  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.6 
 
 
134 aa  67  8e-11  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
134 aa  67  8e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  31.65 
 
 
134 aa  67  8e-11  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.6 
 
 
134 aa  67  9e-11  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.88 
 
 
136 aa  66.6  1e-10  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  30.58 
 
 
134 aa  66.6  1e-10  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.82 
 
 
140 aa  65.5  3e-10  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2262  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.85 
 
 
141 aa  64.7  5e-10  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.144392  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.88 
 
 
136 aa  64.3  5e-10  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
135 aa  64.3  5e-10  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2772  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.85 
 
 
141 aa  63.5  8e-10  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  27.61 
 
 
167 aa  63.5  8e-10  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  33.09 
 
 
135 aa  63.2  1e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  1.82227e-06 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0534  protein TolR  29.55 
 
 
151 aa  62.8  2e-09  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.156343  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.85 
 
 
135 aa  62.4  2e-09  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  30.58 
 
 
139 aa  62.4  2e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  29.75 
 
 
173 aa  62  3e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.62 
 
 
116 aa  62  3e-09  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0395  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.88 
 
 
151 aa  61.6  3e-09  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.30482  hitchhiker  0.000338676 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2024  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
155 aa  61.6  3e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.34025 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  25.95 
 
 
134 aa  62  3e-09  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.15 
 
 
134 aa  61.2  4e-09  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
142 aa  61.2  4e-09  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 
136 aa  61.2  4e-09  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  29.51 
 
 
136 aa  61.6  4e-09  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.17 
 
 
130 aa  61.2  4e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>