More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2554 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2554  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
141 aa  282  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00133317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.67 
 
 
144 aa  181  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.25 
 
 
141 aa  176  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.44 
 
 
142 aa  175  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  67.86 
 
 
147 aa  174  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.96 
 
 
141 aa  173  8e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.24 
 
 
142 aa  170  6.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.7 
 
 
141 aa  169  9e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.7 
 
 
141 aa  169  9e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.59 
 
 
144 aa  168  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.87 
 
 
143 aa  152  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.45 
 
 
142 aa  152  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.29 
 
 
147 aa  151  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  56.74 
 
 
143 aa  149  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.04 
 
 
142 aa  147  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.32 
 
 
143 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1509  biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  56.2 
 
 
138 aa  144  4.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171101  normal  0.278773 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.52 
 
 
141 aa  137  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.74 
 
 
140 aa  130  3.9999999999999996e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.09 
 
 
137 aa  126  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.26 
 
 
138 aa  124  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.06 
 
 
140 aa  123  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.78 
 
 
141 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0313  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 
158 aa  110  9e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.97 
 
 
149 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 
140 aa  105  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.67 
 
 
143 aa  102  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  41.67 
 
 
143 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.42 
 
 
142 aa  100  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.04 
 
 
142 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.22 
 
 
140 aa  94.4  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
140 aa  93.2  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  36.43 
 
 
142 aa  92  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  38.13 
 
 
143 aa  91.7  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.51 
 
 
141 aa  91.3  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  37.7 
 
 
146 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  37.7 
 
 
146 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.23 
 
 
141 aa  90.5  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  36.36 
 
 
134 aa  89  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.36 
 
 
134 aa  89  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  33.86 
 
 
154 aa  87.4  5e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.26 
 
 
137 aa  87.4  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.77 
 
 
140 aa  83.2  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  32.28 
 
 
145 aa  82  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
145 aa  82  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.07 
 
 
132 aa  79  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1510  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.94 
 
 
144 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.43562  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1899  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.67 
 
 
144 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000511207 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3815  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.91 
 
 
144 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0446813  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.42 
 
 
144 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0605408  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.89 
 
 
158 aa  71.2  0.000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1317  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.89 
 
 
143 aa  70.5  0.000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.893415  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
138 aa  70.5  0.000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  30.71 
 
 
136 aa  68.2  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  34.15 
 
 
139 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.11 
 
 
134 aa  64.3  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  29.23 
 
 
133 aa  63.5  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 
136 aa  63.5  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4033  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
158 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.439813  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
133 aa  62  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 
145 aa  61.6  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.8 
 
 
140 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  30.3 
 
 
142 aa  60.8  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  29.92 
 
 
143 aa  60.8  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  28.03 
 
 
134 aa  60.8  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  29.92 
 
 
143 aa  60.8  0.000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  28.03 
 
 
134 aa  60.8  0.000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.23 
 
 
135 aa  60.5  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  29.92 
 
 
143 aa  60.8  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.76 
 
 
134 aa  60.5  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3905  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.6 
 
 
133 aa  60.5  0.000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396754  normal  0.163087 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2145  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.5 
 
 
167 aa  60.1  0.000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  30 
 
 
135 aa  59.7  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  29.85 
 
 
136 aa  60.1  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  27.27 
 
 
134 aa  60.1  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.98 
 
 
135 aa  60.1  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.71 
 
 
142 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
141 aa  59.3  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  27.69 
 
 
138 aa  58.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  29.91 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  31.82 
 
 
142 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1407  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
139 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.757544  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4650  TonB system transport protein ExbD  31.62 
 
 
145 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.404384 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.1 
 
 
131 aa  58.2  0.00000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
143 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.85 
 
 
133 aa  57.4  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  33.58 
 
 
139 aa  57.8  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1147  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
140 aa  57.4  0.00000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1947  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
139 aa  57  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.81805  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  31.06 
 
 
142 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1698  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.87 
 
 
250 aa  56.2  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  31.06 
 
 
142 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.12 
 
 
130 aa  56.6  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.203844  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  26.47 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  31.71 
 
 
142 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
140 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4055  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.23 
 
 
135 aa  55.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32 
 
 
139 aa  56.2  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32 
 
 
139 aa  56.2  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
140 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>