More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5127 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3801  peptide chain release factor 3  75.58 
 
 		 527 aa  798    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421315  normal  0.0495277 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0690  peptide chain release factor 3  79.3 
 
 		 507 aa  820    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.217398  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0698  peptide chain release factor 3  63.57 
 
 		 526 aa  657    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.286373  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0754  peptide chain release factor 3  74.81 
 
 		 549 aa  749    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0882  peptide chain release factor 3  65.96 
 
 		 558 aa  679    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168442 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5127  peptide chain release factor 3  100 
 
 		 521 aa  1066    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.166056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2092  peptide chain release factor 3  60.27 
 
 		 528 aa  632  1e-180  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.429177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3016  peptide chain release factor 3  58.88 
 
 		 530 aa  627  1e-178  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5540  peptide chain release factor 3  60 
 
 		 537 aa  627  1e-178  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.073692  normal  0.0734795 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4261  peptide chain release factor 3  59.62 
 
 		 539 aa  623  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4375  peptide chain release factor 3  59.23 
 
 		 539 aa  620  1e-176  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.607928  normal  0.322908 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4851  peptide chain release factor 3  59.23 
 
 		 539 aa  620  1e-176  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.354411 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2307  peptide chain release factor 3  60 
 
 		 540 aa  615  1e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.452357  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2497  peptide chain release factor 3  58.35 
 
 		 530 aa  616  1e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4181  peptide chain release factor 3  60.38 
 
 		 539 aa  615  1e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.832628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1193  peptide chain release factor 3  57.8 
 
 		 525 aa  607  9.999999999999999e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0895303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1678  peptide chain release factor 3  57.69 
 
 		 533 aa  607  9.999999999999999e-173  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0068133  normal  0.55837 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1680  peptide chain release factor 3  58.43 
 
 		 539 aa  601  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0890826  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2944  peptide chain release factor 3  58.54 
 
 		 539 aa  601  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0217278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2027  peptide chain release factor 3  58.24 
 
 		 539 aa  598  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2646  peptide chain release factor 3  59.58 
 
 		 535 aa  595  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2527  peptide chain release factor 3  57.71 
 
 		 541 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0244653  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3159  peptide chain release factor 3  57.28 
 
 		 541 aa  594  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2337  peptide chain release factor 3  57.61 
 
 		 541 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.707548  normal  0.274882 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1196  peptide chain release factor 3  55.02 
 
 		 534 aa  589  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.101228 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2537  peptide chain release factor 3  55.02 
 
 		 534 aa  589  1e-167  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.478101  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1986  peptide chain release factor 3  55.02 
 
 		 534 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.339407 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4059  peptide chain release factor 3  57.03 
 
 		 532 aa  588  1e-166  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0909  peptide chain release factor 3  57.25 
 
 		 542 aa  587  1e-166  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.212809  normal  0.0162662 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3762  peptide chain release factor 3  56.38 
 
 		 539 aa  587  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0113142  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1063  peptide chain release factor 3  55.49 
 
 		 525 aa  584  1.0000000000000001e-165  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438262  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1321  peptide chain release factor 3  55.3 
 
 		 525 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1359  peptide chain release factor 3  54.34 
 
 		 525 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3555  peptide chain release factor 3  56.65 
 
 		 527 aa  581  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1203  peptide chain release factor 3  53.83 
 
 		 545 aa  580  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0417  peptide chain release factor 3  55.21 
 
 		 527 aa  580  1e-164  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317239 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4347  peptide chain release factor 3  55.3 
 
 		 527 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.433833  normal  0.342451 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0922  peptide chain release factor 3  54.63 
 
 		 531 aa  576  1.0000000000000001e-163  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.763827  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1245  peptide chain release factor 3  58.05 
 
 		 533 aa  578  1.0000000000000001e-163  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236346  normal  0.0221222 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4612  peptide chain release factor 3  55.3 
 
 		 527 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472275  normal  0.461934 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0414  peptide chain release factor 3  54.34 
 
 		 531 aa  574  1.0000000000000001e-162  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1336  peptide chain release factor 3  54.05 
 
 		 535 aa  574  1.0000000000000001e-162  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0751595 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1807  peptide chain release factor 3  54.25 
 
 		 562 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0541486 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0369  peptide chain release factor 3  54.72 
 
 		 527 aa  566  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1990  peptide chain release factor 3  53.93 
 
 		 526 aa  555  1e-157  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.919735  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1393  peptide chain release factor 3  54.13 
 
 		 524 aa  558  1e-157  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.263078  normal  0.346403 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5808  peptide chain release factor 3  53.23 
 
 		 530 aa  553  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0435  peptide chain release factor 3  51.24 
 
 		 531 aa  552  1e-156  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2642  peptide chain release factor 3  52.56 
 
 		 528 aa  553  1e-156  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.495995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5334  peptide chain release factor 3  53.12 
 
 		 533 aa  551  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.490929  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0192  peptide chain release factor 3  53.07 
 
 		 527 aa  549  1e-155  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000119387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0970  peptide chain release factor 3  52.79 
 
 		 524 aa  550  1e-155  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00550606  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0138  peptide chain release factor 3  52.22 
 
 		 526 aa  548  1e-154  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3466  peptide chain release factor 3  51.53 
 
 		 529 aa  547  1e-154  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2514  peptide chain release factor 3  52.59 
 
 		 539 aa  545  1e-154  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0583  peptide chain release factor 3  51.72 
 
 		 528 aa  546  1e-154  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.704110000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2144  peptide chain release factor 3  52.59 
 
 		 539 aa  545  1e-154  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.280372  hitchhiker  0.00257154 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3872  peptide chain release factor 3  52.86 
 
 		 531 aa  546  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1828  peptide chain release factor 3  51.74 
 
 		 544 aa  546  1e-154  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3761  peptide chain release factor 3  52.86 
 
 		 531 aa  546  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.106529 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1662  peptide chain release factor 3  52.86 
 
 		 533 aa  541  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.828617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01678  peptide chain release factor 3  52.99 
 
 		 534 aa  545  1e-153  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.790822  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2019  peptide chain release factor 3  52.01 
 
 		 542 aa  542  1e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3586  peptide chain release factor 3  50.77 
 
 		 529 aa  541  1e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2146  peptide chain release factor 3  52.59 
 
 		 531 aa  541  1e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3053  peptide chain release factor 3  53.74 
 
 		 534 aa  544  1e-153  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0190  peptide chain release factor 3  51.15 
 
 		 531 aa  540  9.999999999999999e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1774  peptide chain release factor 3  52.88 
 
 		 530 aa  541  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.119545  normal  0.691586 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4412  peptide chain release factor 3  52.41 
 
 		 527 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000888652  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3649  peptide chain release factor 3  50.86 
 
 		 528 aa  540  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0613  peptide chain release factor 3  51.53 
 
 		 526 aa  536  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2046  peptide chain release factor 3  49.81 
 
 		 531 aa  535  1e-151  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.840556  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1821  peptide chain release factor 3  52.2 
 
 		 536 aa  536  1e-151  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4916  peptide chain release factor 3  51.34 
 
 		 529 aa  538  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.996004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1002  peptide chain release factor 3  51.83 
 
 		 504 aa  537  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0551  peptide chain release factor 3  51.15 
 
 		 529 aa  538  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4813  peptide chain release factor 3  51.34 
 
 		 529 aa  538  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4881  peptide chain release factor 3  51.34 
 
 		 529 aa  538  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.180345  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0652  peptide chain release factor 3  51.15 
 
 		 529 aa  538  1e-151  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0917468 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0453  peptide chain release factor 3  50.95 
 
 		 529 aa  536  1e-151  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.267512  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1490  peptide chain release factor 3  51.63 
 
 		 535 aa  538  1e-151  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000251643  hitchhiker  0.00000000120572 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4968  peptide chain release factor 3  51.34 
 
 		 529 aa  538  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4974  peptide chain release factor 3  51.34 
 
 		 529 aa  538  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.219451  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04250  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.631503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3624  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3633  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  532  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3682  peptide chain release factor 3  50.57 
 
 		 529 aa  535  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.297475  hitchhiker  0.00075439 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4609  peptide chain release factor 3  50.57 
 
 		 529 aa  535  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00121865  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0882  peptide chain release factor 3  50.1 
 
 		 527 aa  533  1e-150  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0968  peptide chain release factor 3  51.05 
 
 		 528 aa  534  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.463155  decreased coverage  0.000218803 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0837  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03381  peptide chain release factor 3  50.67 
 
 		 529 aa  532  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5887  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.397514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4971  peptide chain release factor 3  50.57 
 
 		 529 aa  535  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00185733  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3504  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  532  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04216  hypothetical protein  50.38 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.659942  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4922  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.55632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4918  peptide chain release factor 3  50.57 
 
 		 529 aa  535  1e-150  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.100391  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3382  peptide chain release factor 3  50.1 
 
 		 526 aa  528  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00211559  hitchhiker  0.00272137 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3935  peptide chain release factor 3  51.25 
 
 		 526 aa  531  1e-149  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.582283  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>