More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_00720 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_00720  GDP-mannose 4,6-dehydratase  100 
 
 
331 aa  683    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.338915  normal  0.240367 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1053  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.94 
 
 
333 aa  483  1e-135  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1307  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.94 
 
 
363 aa  482  1e-135  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.111837  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5498  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.16 
 
 
329 aa  467  9.999999999999999e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.543403  normal  0.0182886 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2367  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.71 
 
 
328 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426959 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8229  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.67 
 
 
342 aa  444  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4181  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.83 
 
 
326 aa  433  1e-120  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2872  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.19 
 
 
340 aa  419  1e-116  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2622  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.88 
 
 
344 aa  420  1e-116  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00207032  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.11 
 
 
330 aa  414  1e-114  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.69 
 
 
324 aa  410  1e-113  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.06 
 
 
321 aa  407  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.06 
 
 
324 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.8 
 
 
322 aa  403  1e-111  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.68 
 
 
323 aa  399  9.999999999999999e-111  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.58 
 
 
325 aa  398  9.999999999999999e-111  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.12 
 
 
334 aa  385  1e-106  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3395  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.08 
 
 
360 aa  383  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.122885 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.04 
 
 
338 aa  382  1e-105  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0263773  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.33 
 
 
361 aa  379  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0211  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.41 
 
 
358 aa  379  1e-104  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.140202 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.8 
 
 
362 aa  377  1e-103  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3545  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.49 
 
 
362 aa  376  1e-103  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.424654 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0490  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.88 
 
 
342 aa  375  1e-103  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.588474  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2688  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.19 
 
 
359 aa  371  1e-102  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.354293  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4280  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.68 
 
 
345 aa  370  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.69 
 
 
380 aa  370  1e-101  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0843944  normal  0.941368 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.87 
 
 
351 aa  370  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.72 
 
 
327 aa  369  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3292  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.1 
 
 
343 aa  365  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.694312  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.59 
 
 
364 aa  365  1e-100  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2890  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.1 
 
 
343 aa  365  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.657822  normal  0.291192 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.23 
 
 
345 aa  366  1e-100  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3945  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.85 
 
 
328 aa  366  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.406952  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2592  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.1 
 
 
339 aa  364  1e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2977  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.1 
 
 
339 aa  364  1e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  54.57 
 
 
373 aa  363  2e-99  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.23 
 
 
327 aa  362  4e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2780  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.41 
 
 
329 aa  361  9e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.01 
 
 
327 aa  361  1e-98  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000000104251 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.59 
 
 
368 aa  358  9e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.02 
 
 
349 aa  358  9.999999999999999e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3210  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.47 
 
 
349 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.293077  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.01 
 
 
368 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  54.44 
 
 
355 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.78 
 
 
367 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3411  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.85 
 
 
335 aa  355  5.999999999999999e-97  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.386672  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0340  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.33 
 
 
350 aa  355  6.999999999999999e-97  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000850961 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.91 
 
 
363 aa  354  8.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.6 
 
 
360 aa  354  8.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0626  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.32 
 
 
349 aa  354  1e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.45 
 
 
368 aa  354  1e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.14 
 
 
369 aa  354  1e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.05 
 
 
362 aa  353  2e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.1 
 
 
346 aa  353  2e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.16 
 
 
372 aa  352  2.9999999999999997e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.56 
 
 
363 aa  353  2.9999999999999997e-96  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.55 
 
 
343 aa  352  4e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3277  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.24 
 
 
344 aa  352  5.9999999999999994e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.62 
 
 
362 aa  352  5.9999999999999994e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0759  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.35 
 
 
346 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.45 
 
 
360 aa  352  7e-96  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1069  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.44 
 
 
347 aa  352  7e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.390497 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0757  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.71 
 
 
346 aa  350  1e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.15 
 
 
361 aa  350  1e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.72 
 
 
340 aa  351  1e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1271  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.12 
 
 
346 aa  350  1e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0368373 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.87 
 
 
361 aa  350  2e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1680  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.06 
 
 
344 aa  350  2e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4012  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.56 
 
 
357 aa  350  3e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.562545  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4472  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.25 
 
 
328 aa  349  3e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234866  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.6 
 
 
327 aa  350  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.08 
 
 
346 aa  349  5e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1647  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.52 
 
 
328 aa  348  5e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122347  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.39 
 
 
362 aa  348  5e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1281  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.13 
 
 
387 aa  348  8e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0758  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 
347 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0627474  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1704  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.18 
 
 
344 aa  348  1e-94  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0232343  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2434  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.73 
 
 
347 aa  346  2e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.186201  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2295  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 
347 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0502351  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1709  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.73 
 
 
347 aa  346  2e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0269381  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0916  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.37 
 
 
343 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2097  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.68 
 
 
344 aa  347  2e-94  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.822363  hitchhiker  0.0000115306 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1523  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 
373 aa  347  2e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1868  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.73 
 
 
347 aa  346  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.350001  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1316  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.14 
 
 
367 aa  347  2e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1660  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.73 
 
 
347 aa  346  2e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0540  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.73 
 
 
347 aa  346  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0690  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.44 
 
 
347 aa  346  3e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00490394  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1630  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.19 
 
 
346 aa  345  5e-94  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333823  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4612  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.33 
 
 
347 aa  345  5e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714119  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1701  GDP-mannose 4,6 dehydratase  52.19 
 
 
346 aa  345  5e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.286403  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1085  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.39 
 
 
372 aa  345  6e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.87 
 
 
360 aa  345  7e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0330  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.71 
 
 
370 aa  345  7e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.125638  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0174  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.83 
 
 
373 aa  344  1e-93  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.338951  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  52.44 
 
 
361 aa  344  1e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1090  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.14 
 
 
370 aa  343  2e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2731  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 
371 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.122235 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11545  GDP-D-mannose dehydratase gmdA  55.52 
 
 
340 aa  343  2.9999999999999997e-93  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>