More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1053 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1053  GDP-mannose 4,6-dehydratase  100 
 
 		 333 aa  674    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1307  GDP-mannose 4,6-dehydratase  99.39 
 
 		 363 aa  661    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.111837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5498  GDP-mannose 4,6-dehydratase  93.65 
 
 		 329 aa  608  1e-173  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.543403  normal  0.0182886 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2367  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.93 
 
 		 328 aa  503  1e-141  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00426959 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00720  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.94 
 
 		 331 aa  483  1e-135  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.338915  normal  0.240367 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4181  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.83 
 
 		 326 aa  468  1.0000000000000001e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2622  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.63 
 
 		 344 aa  435  1e-121  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00207032  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8229  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.76 
 
 		 342 aa  432  1e-120  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2872  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.71 
 
 		 340 aa  427  1e-119  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.33 
 
 		 330 aa  419  1e-116  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.67 
 
 		 324 aa  416  9.999999999999999e-116  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.62 
 
 		 323 aa  399  9.999999999999999e-111  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.15 
 
 		 324 aa  396  1e-109  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.81 
 
 		 325 aa  396  1e-109  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.15 
 
 		 321 aa  393  1e-108  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.19 
 
 		 322 aa  384  1e-105  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.09 
 
 		 361 aa  375  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.81 
 
 		 349 aa  375  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3395  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.23 
 
 		 360 aa  377  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.122885 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3945  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.45 
 
 		 328 aa  377  1e-103  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.406952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0490  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.79 
 
 		 342 aa  377  1e-103  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.588474  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.26 
 
 		 351 aa  376  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.06 
 
 		 338 aa  374  1e-102  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0263773  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.92 
 
 		 362 aa  373  1e-102  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.31 
 
 		 334 aa  372  1e-102  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  53.85 
 
 		 373 aa  369  1e-101  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3545  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.62 
 
 		 362 aa  371  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.424654 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0211  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.79 
 
 		 358 aa  370  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.140202 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.41 
 
 		 368 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.56 
 
 		 368 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.35 
 
 		 327 aa  366  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2688  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.79 
 
 		 359 aa  367  1e-100  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.354293  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4280  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.33 
 
 		 345 aa  364  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.34 
 
 		 360 aa  363  3e-99  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.12 
 
 		 343 aa  362  6e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2890  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.52 
 
 		 343 aa  362  6e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.657822  normal  0.291192 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2592  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.52 
 
 		 339 aa  362  6e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3292  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.52 
 
 		 343 aa  362  6e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.694312  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2977  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.52 
 
 		 339 aa  362  6e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  52.82 
 
 		 355 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.56 
 
 		 364 aa  359  3e-98  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.94 
 
 		 362 aa  359  3e-98  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.48 
 
 		 360 aa  359  4e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.34 
 
 		 345 aa  358  7e-98  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3210  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.26 
 
 		 349 aa  358  8e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.293077  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.92 
 
 		 380 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0843944  normal  0.941368 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3277  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.39 
 
 		 344 aa  356  2.9999999999999997e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.56 
 
 		 327 aa  356  3.9999999999999996e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.24 
 
 		 369 aa  355  5e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0916  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.93 
 
 		 343 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  53.11 
 
 		 361 aa  355  5.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2780  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.21 
 
 		 329 aa  355  6.999999999999999e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4472  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.45 
 
 		 328 aa  354  1e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234866  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.54 
 
 		 372 aa  354  1e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.96 
 
 		 327 aa  354  1e-96  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000000104251 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0626  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.69 
 
 		 349 aa  353  2e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.99 
 
 		 372 aa  353  2e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.24 
 
 		 363 aa  353  2e-96  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3411  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.49 
 
 		 335 aa  353  2.9999999999999997e-96  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.386672  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.3 
 
 		 359 aa  353  2.9999999999999997e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1221  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.74 
 
 		 355 aa  352  4e-96  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.155645  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.41 
 
 		 354 aa  352  4e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1069  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.37 
 
 		 347 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.390497 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0690  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.41 
 
 		 347 aa  352  7e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00490394  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1316  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.29 
 
 		 367 aa  352  8e-96  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1271  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.91 
 
 		 346 aa  351  8e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0368373 
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.18 
 
 		 362 aa  351  1e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1491  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.91 
 
 		 360 aa  351  1e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0757  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.38 
 
 		 346 aa  350  1e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0773  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.91 
 
 		 360 aa  351  1e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.42 
 
 		 327 aa  350  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1005  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.94 
 
 		 348 aa  350  2e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403291  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.44 
 
 		 361 aa  349  3e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3041  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 		 373 aa  349  4e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2295  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.41 
 
 		 347 aa  349  4e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0502351  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3183  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 		 373 aa  349  4e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0784026  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.47 
 
 		 368 aa  349  4e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.23 
 
 		 346 aa  349  4e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2434  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.12 
 
 		 347 aa  348  5e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.186201  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1709  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.12 
 
 		 347 aa  348  5e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0269381  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0540  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.12 
 
 		 347 aa  348  5e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1868  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.12 
 
 		 347 aa  348  5e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.350001  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0759  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.68 
 
 		 346 aa  349  5e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1660  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.12 
 
 		 347 aa  348  5e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71990  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.49 
 
 		 323 aa  348  7e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5860  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  50.57 
 
 		 401 aa  348  8e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1932  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50 
 
 		 353 aa  348  9e-95  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.589078 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4612  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.75 
 
 		 347 aa  347  1e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1647  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.31 
 
 		 328 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.8 
 
 		 362 aa  347  1e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0758  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.12 
 
 		 347 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0627474  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1158  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.51 
 
 		 344 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1680  GDP-mannose 4,6-dehydratase  50.44 
 
 		 344 aa  347  2e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.08 
 
 		 346 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0059  GDP-D-mannose dehydratase  50.14 
 
 		 370 aa  346  3e-94  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0291032 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0807  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.28 
 
 		 348 aa  346  4e-94  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  51.92 
 
 		 363 aa  346  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0703  GDP-mannose 4,6 dehydratase  52.28 
 
 		 348 aa  346  4e-94  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.12 
 
 		 347 aa  346  4e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.666066  normal  0.301311 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1701  GDP-mannose 4,6 dehydratase  51.79 
 
 		 346 aa  346  4e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.286403  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>