More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1771 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1771  methionine synthase I  100 
 
 
337 aa  682    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.379105  normal  0.0676063 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2547  methionine synthase I  54.52 
 
 
340 aa  337  1.9999999999999998e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.946299 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1468  methionine synthase I  55 
 
 
340 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.799153  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0709  methionine synthase I  54.18 
 
 
357 aa  330  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2124  methionine synthase I  53.87 
 
 
335 aa  324  2e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0799  methionine synthase I  53.87 
 
 
335 aa  324  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.640121 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1074  methionine synthase I  54.05 
 
 
341 aa  317  2e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.24236  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3952  methionine synthase I  45.16 
 
 
319 aa  269  4e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.225692  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  38.23 
 
 
800 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  36.75 
 
 
617 aa  184  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  37.41 
 
 
801 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  39.08 
 
 
839 aa  183  5.0000000000000004e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  36.55 
 
 
804 aa  178  9e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  36.49 
 
 
806 aa  177  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  37.1 
 
 
819 aa  175  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  37.02 
 
 
813 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  38.28 
 
 
801 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  36.65 
 
 
811 aa  169  9e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  34.95 
 
 
804 aa  168  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0238  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  35.43 
 
 
609 aa  167  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  36.24 
 
 
804 aa  166  4e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  33.92 
 
 
807 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  31.8 
 
 
804 aa  162  9e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1861  homocysteine S-methyltransferase  33.9 
 
 
434 aa  160  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000268518  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1187  homocysteine S-methyltransferase  36.39 
 
 
629 aa  160  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0324  homocysteine S-methyltransferase  33.33 
 
 
413 aa  159  9e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0073  homocysteine S-methyltransferase  34.51 
 
 
290 aa  151  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  31.45 
 
 
774 aa  149  5e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2492  methionine synthase (B12-dependent)  34.38 
 
 
1224 aa  149  5e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.494606  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  37.18 
 
 
816 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0843  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  34.04 
 
 
611 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  38.87 
 
 
804 aa  147  3e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  31.97 
 
 
768 aa  145  9e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  31.86 
 
 
768 aa  144  1e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  33.91 
 
 
818 aa  143  4e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0839  homocysteine S-methyltransferase  34.38 
 
 
285 aa  143  5e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  35.82 
 
 
841 aa  142  8e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1355  methionine synthase (B12-dependent)  34.39 
 
 
1208 aa  141  9.999999999999999e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.290102  normal  0.418289 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2495  methionine synthase  35.39 
 
 
1191 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3611  methionine synthase  35.39 
 
 
1191 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.134345  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  32.08 
 
 
793 aa  141  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  36.07 
 
 
820 aa  139  4.999999999999999e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0283  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  34.38 
 
 
615 aa  139  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  29.37 
 
 
841 aa  139  6e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4005  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  32.12 
 
 
1133 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4332  homocysteine S-methyltransferase  36.7 
 
 
302 aa  137  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.506353  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4274  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  32.12 
 
 
1132 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1123  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  34.78 
 
 
1208 aa  137  3.0000000000000003e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.00712875  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3230  methionine synthase  34.31 
 
 
1183 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4156  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  32.12 
 
 
1132 aa  137  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4478  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  32.12 
 
 
1132 aa  137  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4385  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  31.46 
 
 
1132 aa  137  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3503  methionine synthase  35.45 
 
 
1212 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.929135  normal  0.479801 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0333  putative methionine synthase  31.29 
 
 
1182 aa  136  5e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  30.28 
 
 
780 aa  136  5e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4332  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  31.46 
 
 
1132 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0868  methionine synthase  31.79 
 
 
1132 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2974  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  32.2 
 
 
605 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  30.67 
 
 
781 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3995  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  31.79 
 
 
1133 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4366  methionine synthase  31.46 
 
 
1132 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2133  methionine synthase  34.41 
 
 
1169 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10061  putative methionine synthase  31.29 
 
 
1182 aa  133  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0164665 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1661  methionine synthase  31.86 
 
 
1176 aa  133  5e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.158089  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08871  putative methionine synthase  28.61 
 
 
1191 aa  132  6.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369495 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2983  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  30.74 
 
 
1132 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2881  methionine synthase  32.58 
 
 
1168 aa  131  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0934972 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3052  methionine synthase (B12-dependent)  34.6 
 
 
1178 aa  130  3e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0613  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  33.56 
 
 
610 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1268  homocysteine S-methyltransferase  32.58 
 
 
320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.897971 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0325  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.62 
 
 
605 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3426  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  32.86 
 
 
617 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.41819  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0923  putative methionine synthase  30.77 
 
 
1188 aa  128  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.554379  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  34.15 
 
 
791 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1858  homocysteine S-methyltransferase  32.37 
 
 
803 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  35.34 
 
 
802 aa  126  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4108  methionine synthase  30.79 
 
 
1132 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1947  methionine synthase  31.56 
 
 
1223 aa  125  9e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0537124  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0627  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  32.87 
 
 
610 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.07944e-34 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1138  methionine synthase  31.86 
 
 
1215 aa  125  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.537288  normal  0.145457 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1372  methionine synthase (B12-dependent)  34 
 
 
1190 aa  124  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.477278 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14891  putative methionine synthase  33.55 
 
 
1214 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.123192 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  34.4 
 
 
604 aa  123  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.537957  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0504  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  32.54 
 
 
605 aa  123  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0120544  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4784  homocysteine S-methyltransferase  32.86 
 
 
643 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1700  methionine synthase  33.22 
 
 
1171 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09841  putative methionine synthase  30.3 
 
 
1188 aa  121  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0626  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  32.86 
 
 
599 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.490063  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2911  B12-dependent methionine synthase  30.16 
 
 
1257 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.588034  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09591  putative methionine synthase  28.75 
 
 
1187 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1523  methionine synthase  33.88 
 
 
1136 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2651  B12-dependent methionine synthase  30.16 
 
 
1257 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1336  B12-dependent methionine synthase  34.16 
 
 
1226 aa  120  3.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.262937  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1073  methionine synthase (B12-dependent)  33.33 
 
 
1197 aa  120  4.9999999999999996e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2211  methionine synthase  29.97 
 
 
1178 aa  119  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2048  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  30.1 
 
 
614 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_2998  methionine synthase  31.15 
 
 
359 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.639431  normal  0.326453 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4109  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  30.17 
 
 
610 aa  117  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1508  homocysteine S-methyltransferase  30.38 
 
 
334 aa  116  5e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1206  B12-dependent methionine synthase  29.88 
 
 
1232 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>