More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0006 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  577  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  98.58 
 
 		 282 aa  567  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  97.16 
 
 		 282 aa  560  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 281 aa  377  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05533  transcriptional regulator  47.62 
 
 		 276 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0413  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 302 aa  233  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 283 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 283 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 322 aa  175  8e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 322 aa  175  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  36.07 
 
 		 284 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 283 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  35.02 
 
 		 332 aa  172  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.07 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 284 aa  168  7e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 284 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 285 aa  165  8e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 285 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 294 aa  158  8e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 296 aa  158  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0368  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 285 aa  156  3e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  36.19 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 293 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 284 aa  152  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 317 aa  149  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  37.02 
 
 		 289 aa  148  9e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 299 aa  145  9e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 295 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 279 aa  142  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4068  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1269  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0299945  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 283 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 306 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 292 aa  135  7.000000000000001e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 283 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 282 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 282 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 316 aa  132  7.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 291 aa  132  9e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5090  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  30.85 
 
 		 312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  30.85 
 
 		 312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  30.85 
 
 		 312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  30.85 
 
 		 312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 		 290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  30.85 
 
 		 312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  30.85 
 
 		 312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  30.85 
 
 		 312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 312 aa  129  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  31.09 
 
 		 317 aa  129  6e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  30.4 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 288 aa  129  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>