238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0025 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0020  potassium uptake protein, TrkH family protein  74.58 
 
 
480 aa  731  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.76809  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0039  potassium uptake protein TrkH  79.38 
 
 
480 aa  789  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.169188 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0023  TrkH family potassium uptake protein  99.58 
 
 
480 aa  964  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0882974 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0025  TrkH family potassium uptake protein  100 
 
 
480 aa  967  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.053373  hitchhiker  0.00232056 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0023  TrkH family potassium uptake protein  95 
 
 
480 aa  897  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.991161  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0034  TrkH family potassium uptake protein  83.33 
 
 
480 aa  803  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0561968 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0031  TrkH family potassium uptake protein  81.67 
 
 
480 aa  780  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.979757  normal  0.0679192 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0027  TrkH family potassium uptake protein  81.67 
 
 
480 aa  750  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0027  TrkH family potassium uptake protein  95 
 
 
480 aa  897  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0149541 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0028  potassium uptake protein TrkH  95.21 
 
 
480 aa  901  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0027  potassium uptake protein, TrkH family  95 
 
 
480 aa  897  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  3.04543e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0028  TrkH family potassium uptake protein  95 
 
 
480 aa  897  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.172554  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0031  TrkH family potassium uptake protein  99.58 
 
 
480 aa  962  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000580956  hitchhiker  1.65872e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0020  TrkH family potassium uptake protein  93.54 
 
 
480 aa  894  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3740  TrkH family potassium uptake protein  83.12 
 
 
480 aa  800  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00227037 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2477  potassium uptake protein TrkH  58.21 
 
 
481 aa  565  1e-160  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00395  K+ transport system protein  57.5 
 
 
481 aa  559  1e-158  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002053  potassium uptake protein TrkH  57.71 
 
 
481 aa  561  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0082  potassium uptake protein TrkH  55.56 
 
 
481 aa  504  1e-141  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1826  TrkH family potassium uptake protein  54.31 
 
 
483 aa  501  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.634597  normal  0.612311 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15550  K+ transporter protein  53.54 
 
 
483 aa  478  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40470  TrkH family potassium uptake protein  53.8 
 
 
484 aa  465  1e-130  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3953  TrkH family potassium uptake protein  53.03 
 
 
484 aa  460  1e-128  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.433351 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3433  cation transport protein  53.16 
 
 
484 aa  460  1e-128  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1567  TrkH family potassium uptake protein  53.24 
 
 
484 aa  461  1e-128  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.120184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1869  cation transporter  53.44 
 
 
484 aa  460  1e-128  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3796  TrkH family potassium uptake protein  50.11 
 
 
484 aa  459  1e-128  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  2.85199e-10 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4507  TrkH family potassium uptake protein  50.22 
 
 
484 aa  453  1e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4013  cation transporter  50.22 
 
 
484 aa  452  1e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.398378  hitchhiker  0.000106015 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1404  TrkH family potassium uptake protein  50.44 
 
 
484 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0143112  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22690  potassium uptake protein TrkH  50 
 
 
484 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0159023 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1479  K+ transporter Trk  49.46 
 
 
484 aa  445  1e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0756741  normal  0.260835 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1916  potassium uptake protein TrkH  49.79 
 
 
484 aa  446  1e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3593  K+ transporter Trk  48.6 
 
 
484 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0183365  normal  0.751025 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1801  potassium uptake protein TrkH  48.6 
 
 
484 aa  441  1e-122  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.641993  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1614  cation transporter  48.94 
 
 
490 aa  416  1e-115  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  4.55151e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1427  cation transporter  47.22 
 
 
472 aa  408  1e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0037  cation transporter  48.54 
 
 
481 aa  404  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1935  cation transporter  42.71 
 
 
482 aa  397  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.27929 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2406  Trk system potassium uptake protein  41.82 
 
 
482 aa  376  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0517889  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2171  cation transporter  48.67 
 
 
493 aa  373  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1859  cation transporter  41.12 
 
 
482 aa  363  5e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00547678 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0490  cation transporter  40.83 
 
 
485 aa  362  9e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0469  cation transporter  42.36 
 
 
498 aa  350  4e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.261483  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_004310  BR1500  cation transport protein  40.73 
 
 
466 aa  340  3e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.649908  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1134  cation transporter  43.57 
 
 
498 aa  337  2e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.075109  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1451  cation transport protein  41.11 
 
 
466 aa  335  1e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1663  cation transporter  40.87 
 
 
500 aa  331  2e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0982  putative potassium uptake protein  41.21 
 
 
466 aa  320  3e-86  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.385005  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1063  K+ transporter Trk  35.62 
 
 
478 aa  317  4e-85  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0536  cation transporter  36.36 
 
 
482 aa  315  1e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.306165  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2454  potassium uptake protein, TrkH family  37.45 
 
 
481 aa  313  4e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.172689  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0502  cation transporter  37.19 
 
 
482 aa  312  7e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1853  potassium uptake transporter, transmembrane component, TrkH  37.19 
 
 
482 aa  312  7e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385186  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1567  cation transporter  38.28 
 
 
510 aa  307  3e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0503  cation transporter  36.85 
 
 
484 aa  304  2e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3013  cation transporter  38.11 
 
 
484 aa  304  2e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.301904 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0640  cation transporter  37.68 
 
 
484 aa  303  4e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.831916  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1854  potassium uptake transporter, transmembrane component, TrkH  36.85 
 
 
484 aa  302  7e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3505  cation transporter  35.93 
 
 
485 aa  293  4e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5285  cation transporter  36.86 
 
 
484 aa  293  6e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0021  trk system potassium uptake membrane protein TrkH  37.93 
 
 
488 aa  291  1e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.432233  normal  0.139805 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0735  potassium uptake protein, TrkH family  37.3 
 
 
494 aa  290  5e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.832198  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0654  TrkH family potassium uptake protein  35.2 
 
 
481 aa  288  1e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.77805  normal  0.145227 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2041  TrkH family potassium uptake protein  36.19 
 
 
485 aa  287  3e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.505265  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1309  K+ transporter Trk  34.5 
 
 
479 aa  287  3e-76  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5998  cation transporter  36.66 
 
 
488 aa  286  4e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00443617 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0013  TrkH family potassium uptake protein  34.36 
 
 
482 aa  284  3e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0268571 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4543  cation transporter  35.58 
 
 
498 aa  283  5e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2912  TrkH family potassium uptake protein  33.26 
 
 
479 aa  283  6e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  7.31748e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0265  cation transporter  33.69 
 
 
466 aa  283  7e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0107  cation transporter  34.36 
 
 
485 aa  282  9e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00018  Trk system potassium uptake protein TrkH  33.33 
 
 
483 aa  280  5e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0016  potassium uptake protein TrkH  34.56 
 
 
483 aa  279  9e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0242  K+ transporter Trk  35.7 
 
 
483 aa  278  2e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2266  potassium uptake protein, TrkH family  36.21 
 
 
484 aa  276  5e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.644044  normal  0.0494123 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4081  cation transporter  34.77 
 
 
491 aa  276  7e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0202  potassium uptake protein, TrkH family  35.06 
 
 
483 aa  275  9e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0485488  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0087  cation transporter  32.3 
 
 
485 aa  275  1e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3436  cation transporter  36.32 
 
 
478 aa  275  1e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3217  TrkH family potassium uptake protein  34.38 
 
 
482 aa  271  1e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3429  sodium transport protein  35.53 
 
 
483 aa  272  1e-71  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000905163  normal  0.144349 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12238  putative potassium uptake protein  34.82 
 
 
498 aa  271  3e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.590421  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1374  cation transporter  37.92 
 
 
484 aa  270  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3423  trk system potassium uptake protein  34.17 
 
 
476 aa  268  1e-70  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.386129 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2029  K+ transporter Trk  34.8 
 
 
481 aa  268  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00911384  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0022  trk system potassium uptake membrane protein  35.97 
 
 
485 aa  268  2e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.78231  normal  0.131374 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3911  cation transporter  33.61 
 
 
488 aa  266  5e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.874012 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4071  cation transporter  37.16 
 
 
485 aa  266  5e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78231e-06 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3260  cation transporter  33.61 
 
 
488 aa  265  1e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.208251  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0186  K+ transporter Trk  34.5 
 
 
483 aa  264  2e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.568155  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5095  cation transporter  35.58 
 
 
491 aa  265  2e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1093  putative potassium uptake protein TrkH  34.88 
 
 
486 aa  264  3e-69  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1570  potassium uptake system protein  34.15 
 
 
487 aa  263  4e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.559966  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0026  TrkH family potassium uptake protein  34.84 
 
 
485 aa  262  9e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0293301  normal  0.0416133 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2905  cation transporter  32.85 
 
 
485 aa  262  9e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.313942  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0015  Trk system potassium uptake protein TrkH  36.6 
 
 
483 aa  262  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0017  potassium uptake protein TrkH  35.77 
 
 
482 aa  261  1e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  7.33585e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0022  TrkH family potassium uptake protein  35.38 
 
 
485 aa  261  2e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00747974  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1811  TrkH family potassium uptake protein  33.55 
 
 
486 aa  258  1e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  3.93317e-06  unclonable  5.82873e-08 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>