More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2472 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00864  23S rRNA m(5)U747-methyltransferase  97.87 
 
 		 375 aa  762    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2783  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  97.6 
 
 		 375 aa  756    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.720743  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1373  23S rRNA methyluridine methyltransferase  85.03 
 
 		 375 aa  666    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0887  23S rRNA methyluridine methyltransferase  97.6 
 
 		 375 aa  756    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.848351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0962  23S rRNA methyluridine methyltransferase  98.13 
 
 		 375 aa  763    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0931  23S rRNA methyluridine methyltransferase  98.4 
 
 		 375 aa  762    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1015  23S rRNA methyluridine methyltransferase  97.86 
 
 		 375 aa  755    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1016  23S rRNA methyluridine methyltransferase  87.97 
 
 		 375 aa  687    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0987  23S rRNA methyluridine methyltransferase  87.97 
 
 		 375 aa  689    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1035  23S rRNA methyluridine methyltransferase  87.43 
 
 		 375 aa  684    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0955  23S rRNA methyluridine methyltransferase  87.97 
 
 		 376 aa  689    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2737  23S rRNA methyluridine methyltransferase  98.13 
 
 		 375 aa  763    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.438081  normal  0.757831 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2472  23S rRNA methyluridine methyltransferase  100 
 
 		 375 aa  777    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.112425  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0919  23S rRNA methyluridine methyltransferase  88.5 
 
 		 375 aa  691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.983812  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00870  hypothetical protein  97.87 
 
 		 375 aa  762    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1650  23S rRNA methyluridine methyltransferase  73.6 
 
 		 375 aa  582  1.0000000000000001e-165  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.401467 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1568  23S rRNA methyluridine methyltransferase  73.99 
 
 		 376 aa  572  1.0000000000000001e-162  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2640  23S rRNA methyluridine methyltransferase  73.92 
 
 		 376 aa  570  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000831969  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2725  23S rRNA methyluridine methyltransferase  73.92 
 
 		 376 aa  570  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1963  23S rRNA methyluridine methyltransferase  70.59 
 
 		 375 aa  555  1e-157  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.333439  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1697  23S rRNA methyluridine methyltransferase  70.67 
 
 		 376 aa  556  1e-157  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2381  23S rRNA methyluridine methyltransferase  69.87 
 
 		 376 aa  553  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.624238  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0980  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.15 
 
 		 382 aa  433  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0630  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.23 
 
 		 384 aa  430  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3496  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.56 
 
 		 390 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3206  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.62 
 
 		 384 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.520782 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0801  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.35 
 
 		 379 aa  421  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0817  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.62 
 
 		 384 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000520531 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3424  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.83 
 
 		 390 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0868  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.3 
 
 		 390 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3619  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.83 
 
 		 390 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.934094 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3635  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.37 
 
 		 358 aa  421  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0579  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.87 
 
 		 377 aa  418  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.83 
 
 		 384 aa  421  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3054  23S rRNA methyluridine methyltransferase  52.91 
 
 		 389 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.6 
 
 		 375 aa  411  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1142  23S rRNA methyluridine methyltransferase  48.66 
 
 		 375 aa  371  1e-101  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000767516 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2390  23S rRNA methyluridine methyltransferase  48.16 
 
 		 382 aa  368  1e-100  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.437044 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1713  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  48.41 
 
 		 379 aa  363  2e-99  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3753  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.07 
 
 		 379 aa  362  4e-99  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1285  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  47.47 
 
 		 374 aa  358  9.999999999999999e-98  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00745486  normal  0.0225207 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3299  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  45.63 
 
 		 411 aa  348  1e-94  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4319  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.33 
 
 		 372 aa  328  8e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.255085 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1448  23S rRNA methyluridine methyltransferase  48.01 
 
 		 376 aa  324  2e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.305727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03620  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.65 
 
 		 388 aa  289  5.0000000000000004e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14750  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.49 
 
 		 413 aa  273  4.0000000000000004e-72  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.247567 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21720  23S rRNA methyluridine methyltransferase  43.35 
 
 		 403 aa  245  9.999999999999999e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1868  RNA methyltransferase, TrmA family  30.99 
 
 		 485 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2801  RNA methyltransferase  29.68 
 
 		 470 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  30.03 
 
 		 489 aa  178  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1452  RNA methyltransferase  31.05 
 
 		 495 aa  172  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2309  RNA methyltransferase  28.57 
 
 		 493 aa  170  4e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.12141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  27.46 
 
 		 458 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  27.46 
 
 		 458 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  27.2 
 
 		 460 aa  166  5e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  27.2 
 
 		 458 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1971  23S rRNA methyltransferase/RumA  29.1 
 
 		 493 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.209828  normal  0.0836094 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  27.2 
 
 		 458 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  27.2 
 
 		 458 aa  164  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  27.39 
 
 		 458 aa  161  2e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  26.94 
 
 		 458 aa  161  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  27.2 
 
 		 454 aa  161  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  26.94 
 
 		 454 aa  160  5e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  26.68 
 
 		 458 aa  159  9e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  27.78 
 
 		 572 aa  158  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  28.27 
 
 		 447 aa  157  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  24.74 
 
 		 458 aa  149  8e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  25.07 
 
 		 459 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  25.07 
 
 		 459 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  25.07 
 
 		 459 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  27.75 
 
 		 459 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0406  RNA methyltransferase  25.07 
 
 		 459 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  25.07 
 
 		 459 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  25.07 
 
 		 459 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  25.07 
 
 		 459 aa  146  6e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  27.16 
 
 		 460 aa  145  1e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  25 
 
 		 459 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  25 
 
 		 459 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.61 
 
 		 455 aa  144  2e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  28.19 
 
 		 457 aa  143  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4832  RNA methyltransferase, TrmA family  24.74 
 
 		 459 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000374128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  26.34 
 
 		 468 aa  139  6e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1654  RNA methyltransferase  24.73 
 
 		 554 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000278759  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  26.26 
 
 		 452 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  26.61 
 
 		 468 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  26.53 
 
 		 460 aa  134  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  25 
 
 		 446 aa  134  3e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2558  RNA methyltransferase, TrmA family  28.62 
 
 		 480 aa  133  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  24.35 
 
 		 453 aa  133  6e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0413  RNA methyltransferase  26.74 
 
 		 451 aa  132  6.999999999999999e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3654  TrmA family RNA methyltransferase  25.4 
 
 		 455 aa  132  9e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.412422  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2695  RNA methyltransferase  29.88 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2487  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  25.21 
 
 		 513 aa  131  2.0000000000000002e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0134453  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  24.8 
 
 		 454 aa  129  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2258  RNA methyltransferase, TrmA family  27.23 
 
 		 456 aa  129  7.000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0702589  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2557  RNA methyltransferase, TrmA family  27.16 
 
 		 466 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  26.54 
 
 		 479 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1235  RNA methyltransferase, TrmA family  30.28 
 
 		 462 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1951  RNA methyltransferase  24.74 
 
 		 453 aa  127  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.602794  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  24.55 
 
 		 471 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>