297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3194.1 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3194.1  peptide transporter  100 
 
 
324 aa  652  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2545  amino acid/peptide transporter  95.69 
 
 
501 aa  620  1e-176  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1468  amino acid/peptide transporter  87.08 
 
 
501 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00129299  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3037  amino acid/peptide transporter  87.08 
 
 
501 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.64206e-06  normal  0.191533 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2895  amino acid/peptide transporter  86.77 
 
 
501 aa  587  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  5.44318e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1393  amino acid/peptide transporter  87.08 
 
 
501 aa  587  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.825614  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2905  amino acid/peptide transporter  82.41 
 
 
500 aa  552  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  3.47826e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1373  amino acid/peptide transporter  79.38 
 
 
489 aa  523  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.02128e-07  hitchhiker  7.91426e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1380  amino acid/peptide transporter  79.38 
 
 
489 aa  523  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00016017  normal  0.180173 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1397  amino acid/peptide transporter  80.62 
 
 
489 aa  522  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000128075  normal  0.33376 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1313  amino acid/peptide transporter  79.38 
 
 
489 aa  523  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  6.07679e-08  normal  0.565693 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1649  amino acid/peptide transporter  79.69 
 
 
490 aa  518  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.1541e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1357  amino acid/peptide transporter  79.08 
 
 
489 aa  520  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  3.17071e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2266  amino acid/peptide transporter  77.57 
 
 
490 aa  505  1e-142  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.91592e-07  hitchhiker  0.00874925 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3034  alkaline phosphatase  77.06 
 
 
491 aa  503  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.513893  hitchhiker  0.00921345 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0825  di-/tripeptide transporter  62.94 
 
 
451 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01330  hypothetical protein  62.97 
 
 
462 aa  377  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004134  di-/tripeptide transporter  61.08 
 
 
462 aa  373  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3647  peptide/proton symporter family protein  54.57 
 
 
479 aa  342  6e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0669  proton/peptide symporter family protein  46.39 
 
 
461 aa  277  2e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.3578e-43 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0682  proton/peptide symporter family protein  46.71 
 
 
461 aa  277  2e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00298567  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0457  hypothetical protein  48.74 
 
 
446 aa  276  3e-73  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0463  hypothetical protein  48.74 
 
 
446 aa  276  3e-73  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0651  proton/peptide symporter family protein  46.39 
 
 
461 aa  274  1e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  9.84184e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0614  proton/peptide symporter family protein  47.02 
 
 
452 aa  271  1e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  3.52854e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0580  proton/peptide symporter family protein  47.02 
 
 
452 aa  271  1e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00403619  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0531  amino acid/peptide transporter  47.66 
 
 
463 aa  268  1e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0236293  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1927  amino acid/peptide transporter  48.75 
 
 
464 aa  263  4e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0604  amino acid/peptide transporter  46.32 
 
 
461 aa  262  5e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  1.92962e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0599  peptide symporter family protein  45.85 
 
 
461 aa  261  1e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.79304e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0655  proton/peptide symporter family protein  45.85 
 
 
461 aa  261  1e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  3.9773e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0600  peptide symporter family protein  46.01 
 
 
461 aa  261  1e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  8.22499e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0689  proton/peptide symporter family protein  45.85 
 
 
461 aa  261  1e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.79263e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0757  proton/peptide symporter family protein  45.71 
 
 
461 aa  260  2e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  3.69558e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4615  proton/peptide symporter family protein  45.54 
 
 
461 aa  259  5e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  7.40471e-06  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0744  proton/peptide symporter family protein  45.54 
 
 
461 aa  259  5e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.87987e-11 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0817  proton/peptide symporter family protein  45.4 
 
 
461 aa  258  1e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.67379e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0721  proton/peptide symporter family protein  45.4 
 
 
461 aa  256  2e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  8.79332e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0742  proton/peptide symporter family protein  47.04 
 
 
395 aa  254  2e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.14111e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0524  POT family peptide transport protein  47.04 
 
 
449 aa  254  2e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  2.99815e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0524  POT family peptide transport protein  47.04 
 
 
449 aa  254  2e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.21919e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0528  amino acid/peptide transporter  46.62 
 
 
449 aa  252  6e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000146171  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4686  peptide transport protein, POT family  46.25 
 
 
449 aa  252  7e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.38038e-07  hitchhiker  8.70422e-24 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0523  amino acid/peptide transporter  44.76 
 
 
463 aa  249  6e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562889  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1845  amino acid/peptide transporter  41.98 
 
 
504 aa  248  7e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.241988 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0834  amino acid/peptide transporter  47.42 
 
 
432 aa  245  9e-64  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.655453  normal  0.033682 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1505  amino acid/peptide transporter  45.11 
 
 
444 aa  243  3e-63  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000267924 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1058  amino acid/peptide transporter  47.45 
 
 
467 aa  241  1e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0183593  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3596  amino acid/peptide transporter  38.5 
 
 
501 aa  235  6e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.161382  normal  0.0248648 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0510  permease  44.13 
 
 
463 aa  235  7e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04805  proton/peptide symporter family protein  45.87 
 
 
533 aa  226  6e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0954  amino acid/peptide transporter  40 
 
 
527 aa  216  5e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.935259  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0093  di-tripeptide ABC transporter  38.02 
 
 
497 aa  214  1e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.569603  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0955  amino acid/peptide transporter  37.46 
 
 
510 aa  212  6e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.334898  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1074  di-tripeptide ABC transporter membrane protein  37.36 
 
 
510 aa  210  3e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0920  amino acid/peptide transporter  43.59 
 
 
436 aa  210  3e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  3.08736e-09  unclonable  5.10372e-19 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1737  amino acid/peptide transporter  36.36 
 
 
497 aa  208  1e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.824621  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3744  amino acid/peptide transporter  37.96 
 
 
499 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.971567 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2849  amino acid/peptide transporter  35.05 
 
 
498 aa  201  2e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2335  amino acid/peptide transporter  33.7 
 
 
524 aa  201  2e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0988959  normal  0.193339 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2274  amino acid/peptide transporter  35.04 
 
 
520 aa  200  2e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000484906 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3773  amino acid/peptide transporter  39.94 
 
 
471 aa  199  4e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3244  amino acid/peptide transporter  34.63 
 
 
495 aa  197  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.950565  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2903  amino acid/peptide transporter  41.57 
 
 
584 aa  196  5e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00422026 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0834  amino acid/peptide transporter  33.98 
 
 
499 aa  196  6e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  4.22142e-07 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4484  amino acid/peptide transporter  35.34 
 
 
516 aa  193  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0470977  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0922  amino acid/peptide transporter  34.64 
 
 
477 aa  193  4e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  3.22625e-05  unclonable  8.27442e-19 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2868  amino acid/peptide transporter  36.36 
 
 
495 aa  192  6e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00750801  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3942  amino acid/peptide transporter  34.4 
 
 
496 aa  191  1e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0547773  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0767  amino acid/peptide transporter  32.97 
 
 
501 aa  191  2e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0750  amino acid/peptide transporter  32.97 
 
 
501 aa  191  2e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.603499  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1444  proton/peptide symporter family protein  34.34 
 
 
490 aa  191  2e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000293034  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0521  dipeptide/tripeptide permease  34.51 
 
 
498 aa  189  4e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.67951e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1555  proton dependent peptide transporter  35.21 
 
 
512 aa  189  6e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1664  amino acid/peptide transporter  35.21 
 
 
512 aa  189  6e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.182008  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0277  amino acid/peptide transporter  33.24 
 
 
499 aa  188  8e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  2.59644e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0392  di-tripeptide transporter, putative  33.88 
 
 
501 aa  184  2e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1344  di-/tripeptide transporter  32.26 
 
 
507 aa  182  6e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.938084  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04219  di-tripeptide transporter  36.68 
 
 
502 aa  182  6e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.189754  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3303  amino acid/peptide transporter  32.51 
 
 
516 aa  182  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5954  hypothetical protein  33.79 
 
 
509 aa  179  6e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0911535  normal  0.0715474 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1105  alkaline phosphatase  34.7 
 
 
544 aa  177  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.377732 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0757  di-/tripeptide transporter  32.62 
 
 
517 aa  176  4e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.548363  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1420  amino acid/peptide transporter  34.71 
 
 
558 aa  176  7e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1345  di-/tripeptide transporter  32.7 
 
 
516 aa  172  5e-42  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0196  amino acid/peptide transporter  35.17 
 
 
566 aa  172  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03062  putative proton-dependent peptide transporter  31.37 
 
 
483 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000506345  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0734  di-/tripeptide transporter  32.88 
 
 
497 aa  167  2e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0279102  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3766  amino acid/peptide transporter  33.05 
 
 
482 aa  166  6e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  8.40749e-05  normal  0.111557 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1881  amino acid/peptide transporter  40.65 
 
 
517 aa  166  7e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0879055  hitchhiker  0.00292537 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0615  proton/peptide symporter family protein  32.78 
 
 
492 aa  165  8e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1572  di-/tripeptide transporter  32.78 
 
 
492 aa  165  1e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.827276  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0770  inner membrane transporter YbgH  29.91 
 
 
493 aa  165  1e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.493131 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0832  inner membrane transporter YbgH  29.43 
 
 
493 aa  164  2e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.582174  hitchhiker  0.00189799 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4613  amino acid/peptide transporter  33.01 
 
 
445 aa  164  2e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.196943  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0867  inner membrane transporter YbgH  29.43 
 
 
493 aa  164  2e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.591966 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0818  inner membrane transporter YbgH  29.43 
 
 
493 aa  164  2e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0757  inner membrane transporter YbgH  29.43 
 
 
493 aa  164  2e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0823  amino acid/peptide transporter  39.37 
 
 
517 aa  162  7e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3369  proton/peptide symporter family protein  32.12 
 
 
544 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>