More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP2372 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP2372  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  100 
 
 
532 aa  1090  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  82.89 
 
 
532 aa  931  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  82.89 
 
 
532 aa  931  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  40.3 
 
 
530 aa  411  1e-113  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  39.56 
 
 
525 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2761  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  37.78 
 
 
524 aa  397  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0902479  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  38.1 
 
 
532 aa  374  1e-102  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0020  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  37.23 
 
 
539 aa  359  7e-98  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00232018  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  34.74 
 
 
526 aa  349  6e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1321  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  36.95 
 
 
513 aa  337  2e-91  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  4.77414e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  36.25 
 
 
538 aa  337  4e-91  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  34.15 
 
 
524 aa  337  4e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  35.44 
 
 
524 aa  337  4e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  33.52 
 
 
526 aa  336  8e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  35.44 
 
 
524 aa  336  8e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  35.44 
 
 
524 aa  336  8e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  33.52 
 
 
526 aa  336  8e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3845  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  35.23 
 
 
524 aa  334  3e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  35.23 
 
 
524 aa  333  3e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  35.23 
 
 
524 aa  333  3e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  35.03 
 
 
524 aa  333  6e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  35.23 
 
 
524 aa  333  6e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1834  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  34.01 
 
 
523 aa  325  1e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.250373  hitchhiker  0.0023879 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  34.53 
 
 
544 aa  309  6e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  5.91223e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2277  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding  33.9 
 
 
553 aa  307  4e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0883096  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  31.8 
 
 
524 aa  304  3e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3005  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  34.07 
 
 
488 aa  286  9e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.441724 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3342  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  34.53 
 
 
524 aa  282  8e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1518  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  31.92 
 
 
538 aa  277  4e-73  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000374669  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  30 
 
 
537 aa  203  6e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.578152 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0062  ABC nickel transporter, periplasmic ligand binding protein  27.08 
 
 
511 aa  184  2e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0473  nickel ABC transporter, solute-binding protein  27.41 
 
 
538 aa  175  2e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5619  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 
526 aa  170  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  30.7 
 
 
547 aa  166  9e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  30.7 
 
 
544 aa  165  2e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  27.65 
 
 
549 aa  164  4e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.59 
 
 
534 aa  150  6e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  26.55 
 
 
526 aa  147  4e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.32073e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  24.07 
 
 
532 aa  147  4e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.91 
 
 
516 aa  147  5e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.14 
 
 
524 aa  145  3e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 
522 aa  144  3e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.05 
 
 
535 aa  142  2e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.94 
 
 
545 aa  142  2e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 
512 aa  140  5e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1666  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 
501 aa  140  7e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  25.34 
 
 
519 aa  138  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.49 
 
 
505 aa  135  2e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  26.92 
 
 
509 aa  135  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.38 
 
 
524 aa  134  5e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.65 
 
 
566 aa  134  5e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.70881  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1600  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 
501 aa  134  5e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  31.03 
 
 
493 aa  133  8e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.62 
 
 
541 aa  132  1e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  6.66118e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1341  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 
500 aa  133  1e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.14 
 
 
520 aa  131  3e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  24.36 
 
 
521 aa  130  4e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  24.36 
 
 
521 aa  130  5e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.36 
 
 
521 aa  130  5e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  24.36 
 
 
521 aa  130  5e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  24.36 
 
 
521 aa  130  5e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 
546 aa  129  1e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.48 
 
 
525 aa  128  2e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.1 
 
 
520 aa  128  2e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  27.17 
 
 
517 aa  127  4e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 
542 aa  127  4e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2914  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 
543 aa  126  8e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  25.39 
 
 
535 aa  125  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0371  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  23.35 
 
 
543 aa  125  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3755  extracellular solute-binding protein family 5  26.06 
 
 
547 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  25.14 
 
 
532 aa  124  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  27.35 
 
 
537 aa  123  8e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  25.38 
 
 
562 aa  123  9e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 
575 aa  122  1e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.77 
 
 
535 aa  122  1e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 
537 aa  122  2e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2958  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
543 aa  122  2e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  26.02 
 
 
509 aa  122  2e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  26.57 
 
 
535 aa  121  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  26.57 
 
 
535 aa  121  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.57 
 
 
535 aa  121  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  26.57 
 
 
535 aa  121  3e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.57 
 
 
535 aa  121  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  26.57 
 
 
535 aa  121  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.29 
 
 
511 aa  121  3e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.57 
 
 
535 aa  121  4e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2505  extracellular solute-binding protein family 5  25.52 
 
 
531 aa  120  4e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 
555 aa  120  4e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 
528 aa  120  4e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  3.82125e-05  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.04 
 
 
511 aa  120  6e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2017  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 
523 aa  120  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0245155  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  27.34 
 
 
541 aa  120  6e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  27.81 
 
 
510 aa  120  7e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.75 
 
 
511 aa  120  8e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  4.30411e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.6 
 
 
511 aa  119  9e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
532 aa  119  1e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0216  extracellular solute-binding protein  25.92 
 
 
553 aa  119  1e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.923383 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  24.65 
 
 
531 aa  119  1e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  25.64 
 
 
531 aa  119  2e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0145  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.16 
 
 
521 aa  119  2e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>