More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3329 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  100 
 
 		 428 aa  880    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  63.54 
 
 		 404 aa  516  1.0000000000000001e-145  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  70.23 
 
 		 390 aa  514  1.0000000000000001e-145  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  61.24 
 
 		 399 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  63.17 
 
 		 399 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  60.82 
 
 		 403 aa  474  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  59.89 
 
 		 399 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0398  radical SAM protein  61.05 
 
 		 414 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0578367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  61.56 
 
 		 398 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  58.19 
 
 		 427 aa  455  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  58.91 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  59.01 
 
 		 408 aa  456  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  59.95 
 
 		 425 aa  449  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4556  radical SAM protein  59.2 
 
 		 431 aa  449  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15006  decreased coverage  0.00152892 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0076  hypothetical protein  58.05 
 
 		 411 aa  449  1e-125  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1436  hypothetical protein  57.11 
 
 		 429 aa  448  1e-125  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  59.42 
 
 		 430 aa  448  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  59.78 
 
 		 425 aa  448  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4488  radical SAM enzyme, Cfr family  58.67 
 
 		 431 aa  449  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  59.78 
 
 		 399 aa  449  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0077  hypothetical protein  57.18 
 
 		 411 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3724  radical SAM enzyme, Cfr family  57.66 
 
 		 408 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2966  radical SAM enzyme, Cfr family  56.69 
 
 		 399 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.80573 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  59.68 
 
 		 425 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  56.19 
 
 		 402 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4047  radical SAM enzyme, Cfr family  57.7 
 
 		 409 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0090  radical SAM protein  56.67 
 
 		 411 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3068  radical SAM protein  57.64 
 
 		 413 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  59.16 
 
 		 404 aa  441  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  55.64 
 
 		 392 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1362  radical SAM protein  56.69 
 
 		 414 aa  435  1e-121  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.627333  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  55.64 
 
 		 392 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4168  Fe-S-cluster redox protein  55.47 
 
 		 410 aa  438  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.433493  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0703  hypothetical protein  55.67 
 
 		 420 aa  436  1e-121  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  58.15 
 
 		 396 aa  436  1e-121  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0759  radical SAM protein  56.84 
 
 		 391 aa  432  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  55.61 
 
 		 392 aa  431  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  55.13 
 
 		 410 aa  432  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  59.13 
 
 		 406 aa  431  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  56.58 
 
 		 391 aa  431  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3014  hypothetical protein  55.23 
 
 		 397 aa  415  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.327469 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1616  hypothetical protein  55.69 
 
 		 339 aa  404  1e-111  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.787812 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  55.26 
 
 		 362 aa  380  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3393  radical SAM enzyme, Cfr family  50.4 
 
 		 382 aa  365  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  51.58 
 
 		 384 aa  365  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  51.74 
 
 		 356 aa  364  1e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  52.34 
 
 		 364 aa  364  2e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2232  radical SAM protein  51.68 
 
 		 378 aa  364  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.750735  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1109  radical SAM protein  51.4 
 
 		 378 aa  363  3e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.545154  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2192  radical SAM protein  51.4 
 
 		 378 aa  363  3e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0838123  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1347  radical SAM protein  51.4 
 
 		 378 aa  363  3e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2357  radical SAM protein  51.4 
 
 		 378 aa  363  3e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0060  radical SAM protein  51.4 
 
 		 378 aa  363  3e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0447485  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2230  radical SAM protein  51.4 
 
 		 378 aa  363  3e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1837  radical SAM protein  51.4 
 
 		 378 aa  363  3e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.323888  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1838  radical SAM protein  50.55 
 
 		 379 aa  362  6e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.662917 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5115  hypothetical protein  50.55 
 
 		 379 aa  362  6e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159423  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6265  hypothetical protein  50.55 
 
 		 379 aa  362  6e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1814  radical SAM protein  50.55 
 
 		 379 aa  362  6e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  53.18 
 
 		 384 aa  362  1e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.25 
 
 		 373 aa  362  1e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1461  radical SAM protein  50.55 
 
 		 378 aa  359  5e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0453987  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1752  radical SAM protein  50.56 
 
 		 379 aa  359  5e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1725  radical SAM protein  50.56 
 
 		 379 aa  359  6e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.246342 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.52 
 
 		 373 aa  359  6e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  52.31 
 
 		 383 aa  358  9e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.56 
 
 		 373 aa  358  9e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  52.38 
 
 		 372 aa  358  9.999999999999999e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.25 
 
 		 373 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.25 
 
 		 373 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  49.56 
 
 		 382 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.69 
 
 		 373 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.69 
 
 		 373 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  50.42 
 
 		 366 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2543  radical SAM enzyme, Cfr family  50.83 
 
 		 383 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  hitchhiker  0.00648935 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.97 
 
 		 373 aa  356  5e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.14 
 
 		 373 aa  356  5e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.41 
 
 		 373 aa  355  7.999999999999999e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  50.44 
 
 		 365 aa  355  1e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  49.56 
 
 		 381 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  49.56 
 
 		 381 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  47.72 
 
 		 382 aa  354  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  51.16 
 
 		 383 aa  354  2e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1592  hypothetical protein  50.28 
 
 		 383 aa  353  2e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1422  radical SAM protein  50 
 
 		 382 aa  354  2e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12366  normal  0.0354941 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.14 
 
 		 373 aa  353  2e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  49.56 
 
 		 381 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  49.12 
 
 		 382 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  49.44 
 
 		 375 aa  353  2.9999999999999997e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  50.87 
 
 		 383 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.42 
 
 		 373 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.42 
 
 		 373 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.42 
 
 		 373 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  51.64 
 
 		 376 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  49.56 
 
 		 381 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.42 
 
 		 373 aa  353  4e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  47.47 
 
 		 403 aa  351  1e-95  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.42 
 
 		 373 aa  351  1e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  48.4 
 
 		 379 aa  351  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  48.69 
 
 		 369 aa  351  2e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>