More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0302 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0302  hydrogenase accessory protein HypB  100 
 
 		 296 aa  585  1e-166  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1274  hydrogenase accessory protein HypB  69.86 
 
 		 277 aa  318  6e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.388022  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1383  hydrogenase accessory protein HypB  63.2 
 
 		 268 aa  297  1e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0873622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1666  hydrogenase accessory protein HypB  60.71 
 
 		 268 aa  282  4.0000000000000003e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.742103  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1893  hydrogenase accessory protein HypB  49.66 
 
 		 295 aa  272  6e-72  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1096  hydrogenase accessory protein HypB  49.83 
 
 		 270 aa  271  1e-71  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.445318  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1602  hydrogenase accessory protein HypB  64.42 
 
 		 283 aa  268  7e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2488  hydrogenase accessory protein HypB  62.56 
 
 		 308 aa  261  8e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248349 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0175  hydrogenase nickel incorporation protein  60.28 
 
 		 279 aa  259  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1098  hydrogenase accessory protein HypB  50.86 
 
 		 278 aa  257  1e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0871  hydrogenase accessory protein HypB  46.42 
 
 		 283 aa  254  1.0000000000000001e-66  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0933  hydrogenase accessory protein HypB  47.26 
 
 		 262 aa  253  4.0000000000000004e-66  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1046  hydrogenase accessory protein HypB  55.92 
 
 		 246 aa  248  7e-65  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.432152  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0726  hydrogenase accessory protein HypB  55.09 
 
 		 247 aa  247  2e-64  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.932617  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1915  hydrogenase accessory protein HypB  50 
 
 		 281 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.228802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  52.38 
 
 		 250 aa  246  3e-64  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0652  hydrogenase accessory protein HypB  55.92 
 
 		 247 aa  246  4e-64  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0791  hydrogenase accessory protein HypB  54.88 
 
 		 244 aa  244  9.999999999999999e-64  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.557711  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00350  hydrogenase accessory protein HypB  57.14 
 
 		 248 aa  241  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7255  hydrogenase accessory protein HypB  46.15 
 
 		 292 aa  239  4e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal  0.351792 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2093  hydrogenase accessory protein HypB  52.92 
 
 		 264 aa  238  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3978  hydrogenase accessory protein HypB  43.03 
 
 		 352 aa  238  1e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1673  hydrogenase accessory protein HypB  52.89 
 
 		 258 aa  238  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2027  hydrogenase accessory protein HypB  49.59 
 
 		 253 aa  236  3e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0171  hydrogenase accessory protein HypB  45.3 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.452603  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1759  hydrogenase accessory protein HypB  56.6 
 
 		 277 aa  236  4e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  44.86 
 
 		 290 aa  235  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0101113 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  44.86 
 
 		 290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  44.86 
 
 		 290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  44.86 
 
 		 290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0585288 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  43.84 
 
 		 290 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  43.84 
 
 		 290 aa  233  3e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  43.84 
 
 		 290 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.84 
 
 		 290 aa  233  3e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.84 
 
 		 290 aa  233  3e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.84 
 
 		 290 aa  233  3e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3015  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.49 
 
 		 290 aa  233  3e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.84 
 
 		 290 aa  233  3e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2109  hydrogenase accessory protein HypB  53.22 
 
 		 239 aa  232  5e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.432968  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1902  hydrogenase accessory protein HypB  53.81 
 
 		 252 aa  231  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000389713 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  44.52 
 
 		 290 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3066  hydrogenase accessory protein HypB  49.58 
 
 		 286 aa  230  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.13732  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1430  hydrogenase accessory protein HypB  49.31 
 
 		 266 aa  230  2e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1908  hydrogenase accessory protein HypB  52.17 
 
 		 277 aa  229  3e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.121577  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.49 
 
 		 290 aa  229  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2552  hydrogenase accessory protein HypB  52.73 
 
 		 242 aa  229  5e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.146085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1536  hydrogenase accessory protein HypB  45.16 
 
 		 326 aa  229  6e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107781  normal  0.0565242 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2043  hydrogenase accessory protein HypB  52.07 
 
 		 253 aa  228  7e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1160  hydrogenase accessory protein HypB  47.99 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  48.28 
 
 		 312 aa  226  3e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3748  hydrogenase accessory protein HypB  42.44 
 
 		 319 aa  226  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1871  hydrogenase accessory protein HypB  54.75 
 
 		 253 aa  226  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1836  hydrogenase accessory protein HypB  54.76 
 
 		 260 aa  225  7e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1883  hydrogenase accessory protein HypB  54.29 
 
 		 281 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2411  hydrogenase accessory protein HypB  54.29 
 
 		 285 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0449174  decreased coverage  0.00000969961 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4559  hydrogenase accessory protein HypB  53.7 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3922  hydrogenase accessory protein HypB  43.69 
 
 		 322 aa  223  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.320935  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1810  hydrogenase accessory protein HypB  41.81 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  45.77 
 
 		 266 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  45.77 
 
 		 267 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2744  hydrogenase accessory protein HypB  45.36 
 
 		 293 aa  220  3e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1169  hydrogenase accessory protein HypB  43.69 
 
 		 268 aa  219  6e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  50.9 
 
 		 276 aa  219  6e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1497  hydrogenase accessory protein HypB  50 
 
 		 222 aa  218  7e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0637666  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3881  hydrogenase accessory protein HypB  40.97 
 
 		 267 aa  217  1e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.675088  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0120  hydrogenase accessory protein HypB  52.75 
 
 		 244 aa  218  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000574081  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  50.43 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0802  hydrogenase accessory protein HypB  39.73 
 
 		 279 aa  218  1e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.287566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4608  hydrogenase accessory protein HypB  43.43 
 
 		 281 aa  217  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0756  hydrogenase accessory protein HypB  49.07 
 
 		 218 aa  217  2e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.901261  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0471  hydrogenase accessory protein HypB  50.93 
 
 		 281 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.881132  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1938  hydrogenase accessory protein HypB  50.63 
 
 		 283 aa  216  4e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.1209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0499  hydrogenase accessory protein HypB  51.71 
 
 		 284 aa  216  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312614  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0506  NI2+-binding GTPase protein HypB  45.89 
 
 		 289 aa  215  7e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2052  hydrogenase accessory protein HypB  45.07 
 
 		 269 aa  215  7e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.858375  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1417  hydrogenase accessory protein HypB  49.78 
 
 		 394 aa  215  8e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2157  hydrogenase accessory protein HypB  45.89 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126874  normal  0.122693 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0427  hydrogenase accessory protein HypB  41.5 
 
 		 284 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4012  hydrogenase accessory protein HypB  48.85 
 
 		 225 aa  214  1.9999999999999998e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.411512 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0438  hydrogenase accessory protein HypB  41.5 
 
 		 284 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.408549 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0534  hydrogenase accessory protein HypB  44.63 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3133  hydrogenase accessory protein HypB  53.33 
 
 		 282 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1458  hydrogenase accessory protein HypB  43.16 
 
 		 268 aa  211  9e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  49.03 
 
 		 220 aa  211  9e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3165  hydrogenase accessory protein HypB  48.13 
 
 		 218 aa  211  1e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0461052 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1213  hydrogenase accessory protein HypB  48.15 
 
 		 218 aa  211  1e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0929883  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1129  hydrogenase accessory protein HypB  51.14 
 
 		 273 aa  211  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1949  hydrogenase accessory protein HypB  42.66 
 
 		 253 aa  211  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0972  hydrogenase accessory protein HypB  50 
 
 		 235 aa  210  2e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.423618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0475  hydrogenase accessory protein HypB  42.37 
 
 		 288 aa  210  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.600099 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3807  hydrogenase accessory protein HypB  49.77 
 
 		 231 aa  210  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.907816 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2357  hydrogenase accessory protein HypB  47.29 
 
 		 254 aa  211  2e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142835 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2482  hydrogenase accessory protein HypB  54.46 
 
 		 239 aa  209  4e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0866  hydrogenase accessory protein HypB  44.11 
 
 		 305 aa  209  6e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2527  hydrogenase accessory protein HypB  48.09 
 
 		 407 aa  209  6e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.455957  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3200  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.54 
 
 		 287 aa  208  7e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.747467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2815  hydrogenase-3 accessory protein, assembly of metallocenter  41.88 
 
 		 345 aa  208  9e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1080  hydrogenase accessory protein HypB  50.93 
 
 		 234 aa  208  9e-53  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.130841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4493  hydrogenase accessory protein HypB  43.75 
 
 		 300 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0469  hydrogenase accessory protein HypB  49.77 
 
 		 230 aa  207  2e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.590808  normal  0.0381022 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>