More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1267 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1394  succinyldiaminopimelate transaminase  92.73 
 
 
417 aa  772  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1891  succinyldiaminopimelate transaminase  78.14 
 
 
399 aa  653  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1331  succinyldiaminopimelate transaminase  98.75 
 
 
399 aa  814  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.785266  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1267  succinyldiaminopimelate transaminase  100 
 
 
399 aa  822  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.589506  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1424  succinyldiaminopimelate transaminase  77.39 
 
 
410 aa  631  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000365494  normal  0.0284066 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6048  succinyldiaminopimelate transaminase  74.88 
 
 
410 aa  628  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2048  succinyldiaminopimelate transaminase  74.88 
 
 
410 aa  628  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2029  succinyldiaminopimelate transaminase  74.88 
 
 
410 aa  628  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1248  succinyldiaminopimelate transaminase  75.62 
 
 
410 aa  626  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1930  succinyldiaminopimelate transaminase  73.08 
 
 
420 aa  625  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.4255 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5338  succinyldiaminopimelate transaminase  74.38 
 
 
410 aa  626  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.271745 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2466  succinyldiaminopimelate transaminase  72.32 
 
 
405 aa  613  1e-174  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000138526 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1671  succinyldiaminopimelate transaminase  71.64 
 
 
405 aa  603  1e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2061  succinyldiaminopimelate transaminase  75.66 
 
 
387 aa  594  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1348  succinyldiaminopimelate transaminase  70.82 
 
 
434 aa  588  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.248718 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2017  succinyldiaminopimelate transaminase  71.05 
 
 
420 aa  583  1e-165  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3244  succinyldiaminopimelate transaminase  72.41 
 
 
410 aa  569  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667849  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1340  succinyldiaminopimelate transaminase  72.41 
 
 
410 aa  569  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2068  succinyldiaminopimelate transaminase  72.41 
 
 
410 aa  569  1e-161  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.854431  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2504  succinyldiaminopimelate transaminase  72.41 
 
 
410 aa  569  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181196  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2448  succinyldiaminopimelate transaminase  72.17 
 
 
410 aa  567  1e-160  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.805274  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1565  succinyldiaminopimelate transaminase  72.17 
 
 
415 aa  567  1e-160  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.155441  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1807  succinyldiaminopimelate transaminase  67.25 
 
 
400 aa  548  1e-155  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1813  succinyldiaminopimelate transaminase  66.33 
 
 
402 aa  540  1e-152  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1997  succinyldiaminopimelate transaminase  66.34 
 
 
405 aa  538  1e-152  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.356902 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1727  succinyldiaminopimelate transaminase  65.66 
 
 
396 aa  535  1e-151  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.963211  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2193  succinyldiaminopimelate transaminase  64.32 
 
 
397 aa  535  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2515  succinyldiaminopimelate transaminase  66 
 
 
407 aa  534  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2485  succinyldiaminopimelate transaminase  66.17 
 
 
400 aa  534  1e-150  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.354726  normal  0.111472 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1850  succinyldiaminopimelate transaminase  63.66 
 
 
397 aa  530  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0598613  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3617  succinyldiaminopimelate transaminase  63.84 
 
 
401 aa  521  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00115899  normal  0.0503817 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1386  succinyldiaminopimelate transaminase  62.12 
 
 
396 aa  518  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.849578 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0274  succinyldiaminopimelate transaminase  63.66 
 
 
409 aa  513  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1889  succinyldiaminopimelate transaminase  65.34 
 
 
404 aa  511  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2066  succinyldiaminopimelate transaminase  65.09 
 
 
404 aa  511  1e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.595829 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1221  succinyldiaminopimelate transaminase  60.9 
 
 
398 aa  503  1e-141  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2047  succinyldiaminopimelate transaminase  60.48 
 
 
409 aa  499  1e-140  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2720  succinyldiaminopimelate transaminase  61.85 
 
 
403 aa  473  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0250139  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2603  succinyldiaminopimelate transaminase  55.5 
 
 
407 aa  449  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3056  succinyldiaminopimelate transaminase  57.86 
 
 
398 aa  449  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.433541  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39020  succinyldiaminopimelate transaminase  57.25 
 
 
398 aa  446  1e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0524021  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2551  aminotransferase, class I and II  55.25 
 
 
400 aa  444  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.138065  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1098  succinyldiaminopimelate transaminase  55.78 
 
 
399 aa  442  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17030  succinyldiaminopimelate transaminase  55.8 
 
 
402 aa  441  1e-122  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1480  succinyldiaminopimelate transaminase  55.31 
 
 
402 aa  439  1e-122  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1340  succinyldiaminopimelate transaminase  55.36 
 
 
397 aa  440  1e-122  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.313049 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1531  aminotransferase, classes I and II  55.53 
 
 
397 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1588  succinyldiaminopimelate transaminase  54.98 
 
 
398 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.133702  normal  0.347765 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1143  succinyldiaminopimelate transaminase  54.73 
 
 
399 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.385883  normal  0.91788 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1491  succinyldiaminopimelate transaminase  55.25 
 
 
398 aa  434  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.997861  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4189  succinyldiaminopimelate transaminase  54.86 
 
 
398 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.199864  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4085  succinyldiaminopimelate transaminase  54.23 
 
 
398 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.930262 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2124  succinyldiaminopimelate transaminase  52.64 
 
 
399 aa  427  1e-118  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0252  succinyldiaminopimelate transaminase  53.98 
 
 
401 aa  423  1e-117  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1866  succinyldiaminopimelate transaminase  54.14 
 
 
396 aa  423  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.402909  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0560  succinyldiaminopimelate transaminase  53.48 
 
 
399 aa  415  1e-115  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.370858  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1153  succinyldiaminopimelate transaminase  52 
 
 
398 aa  410  1e-113  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1032  succinyldiaminopimelate transaminase  53.27 
 
 
397 aa  409  1e-113  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0439  succinyldiaminopimelate transaminase  50.49 
 
 
412 aa  400  1e-110  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0393  succinyldiaminopimelate transaminase  50.99 
 
 
408 aa  397  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205919 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1269  aminotransferase class I and II  47.5 
 
 
395 aa  392  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.58359 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0555  succinyldiaminopimelate transaminase  48.52 
 
 
409 aa  376  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147864 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1469  aminotransferase, class I and II  50.86 
 
 
399 aa  377  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0044  succinyldiaminopimelate transaminase  48.14 
 
 
405 aa  370  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1821  aminotransferase, classes I and II  50.62 
 
 
406 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1498  aminotransferase class I and II  50.62 
 
 
401 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.632779  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4601  aminotransferase class I and II  41.46 
 
 
398 aa  301  1e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0427  aminotransferase  39.8 
 
 
393 aa  279  7e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0059  aminotransferase  40.1 
 
 
392 aa  277  3e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.419945  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3706  aminotransferase  39.74 
 
 
460 aa  271  2e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0060  aminotransferase class I and II  39.43 
 
 
393 aa  271  2e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.119317  hitchhiker  3.2787e-06 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1494  aminotransferase  40.05 
 
 
392 aa  269  6e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0109617  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2899  aminotransferase, class I and II  39.64 
 
 
392 aa  269  7e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24547  normal  0.890178 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0144  aminotransferase, class I and II  39.54 
 
 
392 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.680923  normal  0.141638 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0759  hypothetical protein  39.23 
 
 
378 aa  261  2e-68  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0491  aminotransferase class I and II  36.99 
 
 
376 aa  259  8e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1301  aminotransferase class I and II  37.47 
 
 
413 aa  256  7e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.54822 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2672  aminotransferase, class I and II  37.76 
 
 
397 aa  245  1e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0132  aminotransferase  35.55 
 
 
404 aa  237  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.926406  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0376  aminotransferase, class I and II  38.11 
 
 
420 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0089  aminotransferase, class I and II  36.86 
 
 
423 aa  234  2e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.789487  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0445  aminotransferase, class I and II  36.99 
 
 
412 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.335861 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0275  aminotransferase, class I and II  35.88 
 
 
438 aa  225  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.224598 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0082  aminotransferase, class I and II  35.82 
 
 
423 aa  225  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0281  aminotransferase class I and II  36.64 
 
 
408 aa  219  4e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0769639  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1002  aminotransferase class I and II  33.5 
 
 
386 aa  219  5e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1842  aminotransferase class I and II  35.19 
 
 
416 aa  201  2e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.134959  normal  0.168146 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3971  aminotransferase class I and II  35 
 
 
396 aa  188  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.661843  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0361  LL-diaminopimelate aminotransferase  32.82 
 
 
389 aa  185  1e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0125788 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3893  aminotransferase class I and II  34.44 
 
 
396 aa  184  2e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3830  succinyldiaminopimelate aminotransferase  34.72 
 
 
383 aa  184  2e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0074  aminotransferase  32.65 
 
 
405 aa  181  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3944  aminotransferase class I and II  32.99 
 
 
388 aa  181  3e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.082916 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1431  LL-diaminopimelate aminotransferase  32.32 
 
 
388 aa  180  5e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379208  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0739  LL-diaminopimelate aminotransferase  31.44 
 
 
388 aa  177  2e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11560  LL-diaminopimelate aminotransferase  30.73 
 
 
389 aa  172  8e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1080  aminotransferase class I and II  30.58 
 
 
401 aa  170  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.695177  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0487  LL-diaminopimelate aminotransferase  31.81 
 
 
387 aa  170  5e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0801  aminotransferase, class I and II  30.15 
 
 
384 aa  169  1e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3257  aminotransferase class I and II  30.89 
 
 
387 aa  166  6e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.938487  normal  0.10619 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>